Analiza i kompresja danych z urządzeń sekwencjonowania trzeciej generacji
2019/33/B/ST6/02040
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_006: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
- NZ2_007: Bioinformatyka
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
prof. Sebastian Tomasz Deorowicz
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs
OPUS 17 – ogłoszony 2019-03-15
- Przyznana kwota
- 488 040 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2020-02-28
- Zakończenie projektu
- 2024-12-27
- Planowany czas trwania projektu
- 58 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (6)
-
PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences
- Autorzy:
- Andrzej Zieleziński, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btab837 – link do publikacji
-
AGC: compact representation of assembled genomes with fast queries and updates
- Autorzy:
- Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek. Heng Li
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad097), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btad097 – link do publikacji
-
The Kmer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
- Autorzy:
- Y. Dufresne, T. Lemane, P. Marijon, P. Peterlongo, A. Rahman, Marek Kokot, P. Medvedev, Sebastian Deorowicz, R. Chikhi
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4423-4425), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btac528 – link do publikacji
-
Scalable, ultra-fast, and low-memory construction of compacted de Bruijn graphs with Cuttlefish 2
- Autorzy:
- Jamshed Khan, Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, Rob Patro
- Czasopismo:
- Genome Biology (rok: 2022, tom: 23, strony: 190), Wydawca: BMC
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13059-022-02743-6 – link do publikacji
-
CoLoRd: compressing long reads
- Autorzy:
- Marek Kokot, Adam Gudyś, Heng Li, Sebastian Deorowicz
- Czasopismo:
- Nature Methods (rok: 2022, tom: 19, strony: 441-444), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41592-022-01432-3 – link do publikacji
-
Illumina reads correction - evaluation and improvements
- Autorzy:
- Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2024, tom: 14, strony: Article no. 2232), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41598-024-52386-9 – link do publikacji