Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Typowanie gospodarzy wirusów na podstawie metagenomowych sekwencji wirusowych przy wykorzystaniu algorytmów "alignment-free"

2018/31/D/NZ2/00108

Słowa kluczowe:

wirus gospodarz metagenomika bioinformatyka bakteria genom sekwencja

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_8: Biologia obliczeniowa
  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Andrzej Zieleziński 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 14 - ogłoszony 2018-09-14

Przyznana kwota: 545 820 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2019-06-21

Zakończenie projektu: 2023-06-20

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (4)
  1. PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences IF: 6,937
    Autorzy:
    Andrzej Zielezinski, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
  2. Taxonomy-aware, sequence similarity ranking reliably predicts phage–host relationships IF: 7,431
    Autorzy:
    Andrzej Zielezinski, Jakub Barylski, Wojciech M. Karlowski
    Czasopismo:
    BMC Biology (rok: 2021, tom: 19, strony: 44575), Wydawca: BioMed Central (UK)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12915-021-01146-6 - link do publikacji
  3. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods IF: 13,586
    Autorzy:
    Andrzej Zielezinski, Hani Z. Girgis, Guillaume Bernard, Chris-Andre Leimeister, Kujin Tang, Thomas Dencker, Anna Katharina Lau, Sophie Röhling, Jae Jin Choi, Michael S. Waterman, Matteo Comin, Sung-Hou Kim, Susana Vinga, Jonas S. Almeida, Cheong Xin Chan, Benjamin T. James, Fengzhu Sun, Burkhard Morgenstern, Wojciech M. Karlowski
    Czasopismo:
    Genome Biology (rok: 2019, tom: 20, strony: 44579), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13059-019-1755-7 - link do publikacji
  4. RaFAH: Host prediction for viruses of Bacteria and Archaea based on protein content
    Autorzy:
    Felipe Coutinho, Asier Zaragoza-Solas, Mario López-Pérez, Jakub Barylski, Andrzej Zielezinski, Bas E. Dutilh, Robert Edwards, F Rodriguez-Valera
    Czasopismo:
    Patterns (rok: 2021, tom: 2, strony: 44569), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.patter.2021.100274 - link do publikacji