Typowanie gospodarzy wirusów na podstawie metagenomowych sekwencji wirusowych przy wykorzystaniu algorytmów "alignment-free"
2018/31/D/NZ2/00108
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
- NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii
woj. wielkopolskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 3
Konkurs
SONATA 14 – ogłoszony 2018-09-14
- Przyznana kwota
- 545 820 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2019-06-21
- Zakończenie projektu
- 2023-06-20
- Planowany czas trwania projektu
- 48 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Dysk twardy wewnętrzy.
- Komputer przenośny typu MacBook Pro z oprogramowaniem. Za kwotę 15 000 PLN
- Serwer plików typu NAS. Za kwotę 60 000 PLN
- Wysoko wydajna stacja robocza (2 szt.). Za kwotę 70 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (6)
-
Daily Reports on Phage-Host Interactions
- Autorzy:
- Kamil Albrycht, Adam A. Rynkiewicz, Michal Harasymczuk, Jakub Barylski, Andrzej Zielezinski
- Czasopismo:
- Frontiers in Microbiology (rok: 2022, tom: 13, strony: 46028), Wydawca: Frontiers Media S.A.
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3389/fmicb.2022.946070 – link do publikacji
-
Massive annotation of bacterial L-asparaginases reveals their puzzling distribution and frequent gene transfer events
- Autorzy:
- Andrzej Zielezinski, Joanna I. Loch, Wojciech M. Karlowski, Mariusz Jaskolski
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 46034), Wydawca: Nature Portfolio
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41598-022-19689-1 – link do publikacji
-
Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods
- Autorzy:
- Andrzej Zielezinski, Hani Z. Girgis, Guillaume Bernard, Chris-Andre Leimeister, Kujin Tang, Thomas Dencker, Anna Katharina Lau, Sophie Röhling, Jae Jin Choi, Michael S. Waterman, Matteo Comin, Sung-Hou Kim, Susana Vinga, Jonas S. Almeida, Cheong Xin Chan, Benjamin T. James, Fengzhu Sun, Burkhard Morgenstern, Wojciech M. Karlowski
- Czasopismo:
- Genome Biology (rok: 2019, tom: 20, strony: 46040), Wydawca: BioMed Central
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13059-019-1755-7 – link do publikacji
-
RaFAH: Host prediction for viruses of Bacteria and Archaea based on protein content
- Autorzy:
- Felipe Coutinho, Asier Zaragoza-Solas, Mario López-Pérez, Jakub Barylski, Andrzej Zielezinski, Bas E. Dutilh, Robert Edwards, F Rodriguez-Valera
- Czasopismo:
- Patterns (rok: 2021, tom: 2, strony: 46030), Wydawca: Cell Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.patter.2021.100274 – link do publikacji
-
Taxonomy-aware, sequence similarity ranking reliably predicts phage–host relationships
- Autorzy:
- Andrzej Zielezinski, Jakub Barylski, Wojciech M. Karlowski
- Czasopismo:
- BMC Biology (rok: 2021, tom: 19, strony: 46036), Wydawca: BioMed Central (UK)
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s12915-021-01146-6 – link do publikacji
-
PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences
- Autorzy:
- Andrzej Zielezinski, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2021, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btab837 – link do publikacji