Algorytmiczne wyzwania spektrometrii masowej.
2018/29/B/ST6/00681
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST1_18: Zastosowania matematyki w innych naukach
- ST6_11: Uczenie maszynowe, statystyczne przetwarzanie danych i zastosowanie w przetwarzaniu sygnałów
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs
OPUS 15 – ogłoszony 2018-03-15
- Przyznana kwota
- 711 600 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2019-01-14
- Zakończenie projektu
- 2022-04-13
- Planowany czas trwania projektu
- 39 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Projektor. Za kwotę 5 000 PLN
- karty graficzne. Za kwotę 50 930 PLN
- laptop (3 szt.). Za kwotę 31 780 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (5)
-
Alignstein: Optimal transport for improved LC-MS retention time alignment
- Autorzy:
- Grzegorz Skoraczynski , Anna Gambin, Błażej Miasojedow
- Czasopismo:
- Giga Science (rok: 2022, tom: 11, strony: 46031), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/gigascience/giac101 – link do publikacji
-
Masserstein: Linear regression of mass spectra by optimal transport
- Autorzy:
- Michał Aleksander Ciach, Błażej Miasojedow, Grzegorz Skoraczyński, Szymon Majewski, Michał Startek, Dirk Valkenborg, Anna Gambin
- Czasopismo:
- Rapid Communications in Mass Spectrometry (rok: 2020, tom: e8956, strony: e8956), Wydawca: Wiley Analytical Science
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/rcm.8956 – link do publikacji
-
Knot_pull—python package for biopolymer smoothing and knot detection
- Autorzy:
- Aleksandra I. Jarmolińska, Anna Gambin, Joanna I. Sułkowska
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36(3), strony: 953–955), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btz644 – link do publikacji
-
Envemind: Accurate Monoisotopic Mass Determination Based On Isotopic Envelope
- Autorzy:
- Piotr Radziński, Michał Startek, Dirk Valkenborg, Anna Gambin
- Czasopismo:
- Journal of the American Society for Mass Spectrometry (rok: 2022, tom: 33 (11), strony: 2063-2069), Wydawca: American Society for Mass Spectrometry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/jasms.2c00176 – link do publikacji
-
MIND: A Double-Linear Model To Accurately Determine Monoisotopic Precursor Mass in High-Resolution Top-Down Proteomics
- Autorzy:
- Lermyte F, Dittwald P, Claesen J, Baggerman G, Sobott F, O'Connor PB, Laukens K, Hooyberghs J, Gambin A, Valkenborg D
- Czasopismo:
- Analytical Chemistry (rok: 2019, tom: 91, strony: 10310-10319), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.analchem.9b02682 – link do publikacji