Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Modelowanie gruboziarniste procesów biochemicznych z udziałem białek przy uwzględnieniu ziarnistych struktur wody i lipidów.

2017/27/B/ST4/00926

Słowa kluczowe:

gruboziarniste pola siłowe UNRES woda i lipidy w formie jawnej

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Adam Sieradzan 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: OPUS 14 - ogłoszony 2017-09-15

Przyznana kwota: 570 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-07-01

Zakończenie projektu: 2023-07-12

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Dwa komputerów.
  2. Nod obliczeniowy (2 szt.). Za kwotę 34 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (14)
  • Publikacje książkowe (3)
  1. Investigation of Phosphorylation-Induced Folding of an IntrinsicallyDisordered Protein by Coarse-Grained Molecular Dynamics
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Anatolii Korneev, Alexander Begun, Khatuna Kachlishvili, Harold A. Scheraga, Alexander Molochkov, Patrick Senet, Antti J. Niemi, and Gia G. Maisuradze
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2021, tom: 17, strony: 3203-3220), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.1c00155 - link do publikacji
  2. On the need to introduce environmental characteristics in ab initio protein structure prediction using a coarse-grained UNRES force field
    Autorzy:
    Irena Roterman, Adam Sieradzan, Katarzyna Stapor, Piotr Fabian, Patryk Wesołowski, Leszek Konieczny
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2022, tom: 114, strony: 108166), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2022.108166 - link do publikacji
  3. The N-Terminal Proline Hinge Motif Controls the Structure of Bovine Herpesvirus 1-Encoded Inhibitor of the Transporter Associated with Antigen Processing Required for its Immunomodulatory Function
    Autorzy:
    Małgorzata Graul, Natalia Karska, Magda Wąchalska, Paweł Krupa, Magdalena J. Ślusarz, Krystyna Bieńkowska-Szewczyk, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Adam K. Sieradzan*, Andrea D. Lipińska*
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Biology (rok: 2023, tom: 435, strony: 167964), Wydawca: ScienceDirect
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmb.2023.167964 - link do publikacji
  4. Extension of the SUGRES-1P Coarse-Grained Model of Polysaccharides to Heparin
    Autorzy:
    Annemarie Danielsson, Sergey A. Samsonov, Adam Liwo, and Adam K. Sieradzan
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2023, tom: 19, strony: 6023-6036), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.3c00511 - link do publikacji
  5. Assessment of chemical-crosslink-assisted protein structure modeling in CASP13
    Autorzy:
    J. Eduardo Fajardo Rojan Shrestha Nelson Gil Adam Belsom Silvia N. Crivelli Cezary Czaplewski Krzysztof Fidelis Sergei Grudinin Mikhail Karasikov Agnieszka S. Karczyńska Andriy Kryshtafovych Alexander Leitner Adam Liwo Emilia A. Lubecka Bohdan Monastyrskyy Guillaume Pagès Juri Rappsilber Adam K. Sieradzan Celina Sikorska Esben Trabjerg Andras Fiser
    Czasopismo:
    PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 87, strony: 1283-1297), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25816 - link do publikacji
  6. Energy landscapes for proteins described by the UNRES coarse-grained potential
    Autorzy:
    Patryk A. Wesołowski , Adam K. Sieradzan, Michał J. Winnicki, John W.R. Morgan, David J. Wales
    Czasopismo:
    Biophysical Chemistry (rok: 2023, tom: 303, strony: 107107), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bpc.2023.107107 - link do publikacji
  7. Extension of the UNRES Coarse-Grained Force Field to Membrane Proteins in the Lipid Bilayer
    Autorzy:
    Karolina Ziȩba, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Adam Liwo, Cezary Czaplewsk, iAdam K. Sieradzan
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 7829-7839), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.9b06700 - link do publikacji
  8. Long-time scale simulations of virus-like particles from three human-norovirus strains
    Autorzy:
    Agnieszka G. Lipska , Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski,Andrea D. Lipinska , Krzysztof M. Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo
    Czasopismo:
    J. Comput. Chem. (rok: 2023, tom: 44, strony: 1470-1483), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.27087 - link do publikacji
  9. Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
    Autorzy:
    Anna Antoniak, Iga Biskupek, Krzysztof K. Bojarski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Małgorzata M. Kogut, Paweł Krupa, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo, Emilia A. Lubecka, Mateusz Marcisz, Martyna Maszota-Zieleniak, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Magdalena J. Slusarz, Rafał Slusarz, Patryk A. Wesołowski, Karolina Zięba
    Czasopismo:
    J Mol. Graph. Model. (rok: 2021, tom: 108, strony: 108008), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2021.108008 - link do publikacji
  10. Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse-grained simulations to treat large proteins
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Jordi Sans-Duñó, Emilia A. Lubecka, Cezary Czaplewski, Agnieszka G. Lipska, Henryk Leszczyński, Krzysztof M. Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo
    Czasopismo:
    J. Comput Chem. (rok: 2022, tom: 44, strony: 602-625), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.27026 - link do publikacji
  11. Theory and Practice of Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biologically Important Systems
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Sergey A. Samsonov and Rajesh K. Murarka
    Czasopismo:
    biomolecules (rok: 2021, tom: 11, strony: 1347), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11091347 - link do publikacji
  12. Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free prediction of protein structures in the CASP13 experiment
    Autorzy:
    Emilia A.Lubecka, Agnieszka S.Karczyńska, Agnieszka G.Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Ziȩba, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A.Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A.Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Silvia N.Crivelli, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2019, tom: 92, strony: 154-166), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2019.07.013 - link do publikacji
  13. Improved Consensus-Fragment Selection in Template-Assisted Prediction of Protein Structures with the UNRES Force Field in CASP13
    Autorzy:
    Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Ziȩba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, and Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 1844-1864), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.9b00864 - link do publikacji
  14. UNRES-GPU for physics-based coarse-grained simulations of protein systems at biological time- and size-scales
    Autorzy:
    Krzysztof M Ocetkiewicz, Cezary Czaplewski, Henryk Krawczyk, Agnieszka G Lipska, Adam Liwo, Jerzy Proficz, Adam K Sieradzan, Paweł Czarnul
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad391), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad391 - link do publikacji
  1. Modeling the Structure, Dynamics, and Transformations of Proteins with the UNRES Force Field
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka S. Karczyńska, Agnieszka G. Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Gołaś, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej & Adam Liwo
    Książka:
    Protein Folding (rok: 2021, tom: 2376, strony: 399-416), Wydawca: Springer Link
    Status:
    Opublikowana
  2. Chapter Two - Scale-consistent approach to the derivation of coarse-grained force fields for simulating structure, dynamics, and thermodynamics of biopolymers
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Łukasz Golon, Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska,, Mariusz Makowski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Maciej Maciejczyk
    Książka:
    Progress in Molecular Biology and Translational Science (rok: 2020, tom: 170, strony: 73-122), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
  3. Physics-Based Coarse-Grained Modeling in Bio- and Nanochemistry
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka S. Karczy ́nska, Emilia A. Lubecka, Sergey A. Samsonov, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, and Magdalena Mozolewska
    Książka:
    Practical Aspects of Computational Chemistry V (rok: 2022, tom: 1, strony: 31-69), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy