Wyszukiwarka projektów

Impact of water models on the structure and dynamics of enzyme tunnels

Autorzy:

Sethi A, Agrawal N, Brezovsky J

Czasopismo:

Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: 23, strony: 3946-3954), Wydawca: ELSEVIER

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.csbj.2024.10.051 – link do publikacji

Water migration through enzyme tunnels is sensitive to choice of explicit water model

Autorzy:

Thirunavukarasu AS, Szleper K, Tanriver G, Marchlewski I, Mitusinska K, Gora A, Brezovsky J

Czasopismo:

Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2025, tom: 65, strony: 326–337), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1021/acs.jcim.4c01177 – link do publikacji

Dynamics, a Powerful Component of Current and Future in Silico Approaches for Protein Design and Engineering

Autorzy:

Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Brezovsky J

Czasopismo:

International Journal of Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21(8), strony: 2713), Wydawca: MDPI

Status:

Opublikowana

DOI:

10.3390/ijms21082713 – link do publikacji

TransportTools: a library for high-throughput analyses of internal voids in biomolecules and ligand transport through them

Autorzy:

Brezovsky J, Thirunavukarasu AS, Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Mandal N, Sarkar DK, Dongmo Foumthuim CJ, Agrawal N

Czasopismo:

Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1752-1753), Wydawca: Oxford University Press

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/bioinformatics/btab872 – link do publikacji

Recent advances in user-friendly computational tools to engineer protein function

Autorzy:

Sequeiros-Borja CE, Surpeta B, Brezovsky J

Czasopismo:

Briefings in Bioinformatics (rok: 2020, tom: brak, strony: brak), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/bib/bbaa150 – link do publikacji

Water will find its way: transport through narrow tunnels in hydrolases

Autorzy:

Sequeiros-Borja C, Bartlomiej Surpeta, Thirunavukarasu AS, Dongmo Foumthuim CJ, Marchlewski I, Brezovsky J

Czasopismo:

Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2024, tom: 64, strony: 6014-6025), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1021/acs.jcim.4c00094 – link do publikacji

Reinforcing Tunnel Network Exploration in Proteins using Gaussian Accelerated Molecular Dynamics

Autorzy:

Mandal N, Surpeta B, Brezovsky J

Czasopismo:

Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2024, tom: 64, strony: 6623-6635), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1021/acs.jcim.4c00966 – link do publikacji

Incorporating prior knowledge in the seeds of adaptive sampling molecular dynamics simulations of ligand transport in enzymes with buried active sites

Autorzy:

Sarkar DK, Surpeta B, Brezovsky J

Czasopismo:

Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2024, tom: 20, strony: 5807-5819), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1021/acs.jctc.4c00452 – link do publikacji

Deciphering rare opening of gates in ligandtransport tunnels of enzymes using enhanced molecular dynamics simulations

Autorzy:

Mandal N, Surpeta B, Brezovsky J

Konferencja:

The Biochemistry Global Summit 25th IUBMB Congress, 46th FEBS Congress, 15th PABMB Congress (rok: 2022, strony: 249), Wydawca: FEBS Press

Data:

konferencja 9–14 Lipiec 2022r.

Status:

Opublikowana

Analysis of substrate exchange between bulk solvent and buried enzyme active site via multiple molecular tunnels using high-throughput simulations

Autorzy:

Sarkar DK, Brezovsky J

Konferencja:

45th FEBS Congress, Molecules of Life: Towards New Horizons (rok: 2021, strony: 353), Wydawca: FEBS Press

Data:

konferencja 3-8 Lipiec

Status:

Opublikowana