Projekty finansowane przez NCN
Opracowanie nowych metod projektowania cząsteczek RNA o zadanej strukturze oraz zastosowanie ich do konstruowania nowych funkcjonalnych RNA oraz przewidywania niekodujących RNA w sekwencjach transkryptomów.
2017/25/B/NZ2/01294
Słowa kluczowe:
RNA struktura przestrzenna biomakrocząsteczek modelowanie molekularne projektowanie sekwencji ryboprzełączniki
Deskryptory:
- NZ2_7: Bioinformatyka
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- NZ1_4: Biologia strukturalna
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej):
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs: OPUS 13 - ogłoszony 2017-03-15
Przyznana kwota: 1 494 250 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2018-04-03
Zakończenie projektu: 2021-12-02
Planowany czas trwania projektu: 44 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (2)
- Publikacje książkowe (2)
- RNAProbe: a web server for normalization and analysis of RNA structure probing dataAutorzy:Wirecki TK, Merdas K, Bernat A, Boniecki MJ, Bujnicki JM, Stefaniak FCzasopismo:Nucleic Acids Research (rok: 2020, tom: Vol. 48, strony: W292–W299), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkaa396 - link do publikacji
- DesiRNA: structure-based design of RNA sequences with a replica exchange Monte Carlo approachAutorzy:Wirecki TK, Lach G ,Badepally NG ,Moafinejad SN ,Jaryani F ,Klaudel G ,Nec K ,Baulin EF ,Bujnicki JMCzasopismo:Nucleic Acid Research (rok: 2025, tom: 53, strony: N/A), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkae1306 - link do publikacji
- Computational modeling methods for 3D structure prediction of ribozymesAutorzy:Ghosh P, Nithin C, Astha, Stefaniak F, Wirecki TK, Bujnick JM Editors: Mueller S, Masquida B and Winkler WKsiążka:Ribozymes (rok: 2020, tom: NA, strony: NA), Wydawca: Wiley-VCHStatus:Opublikowana
- Modeling of three-dimensional RNA structures using SimRNAAutorzy:Wirecki TK, Nithin C, Mukherjee S, Bujnicki JM, Bonieck MJKsiążka:Protein Structure Prediction (4th edition) (rok: 2020, tom: NA, strony: NA), Wydawca: SpringerStatus:Opublikowana