Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Opracowanie metody umożliwiającej rutynową i wiarygodną analizę tuneli transportowych w białkach

2017/25/B/NZ1/01307

Słowa kluczowe:

tunele dynamika transport molekularny funkcje białek

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Jan Brezovsky 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: OPUS 13 - ogłoszony 2017-03-15

Przyznana kwota: 1 375 050 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-10-01

Zakończenie projektu: 2022-11-30

Planowany czas trwania projektu: 50 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. GPU obliczeniowej stacji roboczych / węzłów. (3 szt.). Za kwotę 99 000 PLN
  2. Komputer przeznaczony do modelowania molekularnego.
  3. Oprogramowanie AMBER.
  4. Komputer przeznaczony do modelowania molekularnego. Za kwotę 10 000 PLN
  5. Macierz dyskowa. Za kwotę 16 352 PLN
  6. Serwer internetowy. Za kwotę 20 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (5)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  1. Divide-and-conquer approach to study protein tunnels in long molecular dynamics simulations
    Autorzy:
    Sequeiros-Borja C, Surpeta B, Marchlewski I, Brezovsky J
    Czasopismo:
    MethodsX (rok: 2023, tom: 10C, strony: 101968), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.mex.2022.101968 - link do publikacji
  2. Common Dynamic Determinants Govern Quorum Quenching Activity in N-Terminal Serine Hydrolases
    Autorzy:
    Surpeta B, Grulich M, Palyzová A, Marešová H, Brezovsky J
    Czasopismo:
    ACS Catalysis (rok: 2022, tom: 12, strony: 6359-6374), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acscatal.2c00569 - link do publikacji
  3. Dynamics, a Powerful Component of Current and Future inSilico Approaches for Protein Design and Engineering
    Autorzy:
    Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Brezovsky J
    Czasopismo:
    International Journal ofMolecular Sciences (rok: 2020, tom: 21(8), strony: 2713), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms21082713 - link do publikacji
  4. Recent advances in user-friendly computational tools to engineer protein function
    Autorzy:
    Sequeiros-Borja CE, Surpeta B, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2020, tom: brak, strony: brak), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbaa150 - link do publikacji
  5. TransportTools: a library for high-throughput analyses of internal voids in biomolecules and ligand transport through them
    Autorzy:
    Brezovsky J, Thirunavukarasu AS, Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Mandal N, Sarkar DK, Dongmo Foumthuim CJ, Agrawal N
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1752-1753), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinfo - link do publikacji
  1. Exploring rare events of water transport in and out of buried active sites of hydrolytic enzymes
    Autorzy:
    Thirunavukarasu AS, Dongmo Foumthuim CJ, Brezovsky J
    Konferencja:
    45th FEBS Congress, Molecules of Life: Towards New Horizons (rok: 2021, ), Wydawca: FEBS Press
    Data:
    konferencja 3-8 Lipiec
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy