Projekty finansowane przez NCN
Algorytmy dopasowania wielu sekwencji genomowych. Dopasowywanie sekwencji w kontekście rekonstrukcji filogenetycznej.
2016/21/D/ST6/02952
Słowa kluczowe:
analiza sekwencji dopasowanie wielu sekwencji sekwencjonowanie wysokiej przepustowości filogenetyka
Deskryptory:
- ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
Panel:
ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca:
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Konkurs: SONATA 11 - ogłoszony 2016-03-15
Przyznana kwota: 150 000 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2017-03-16
Zakończenie projektu: 2022-03-15
Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Oprogramowanie. Za kwotę 10 000 PLN
- Serwer obliczeniowy. Za kwotę 10 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequencesAutorzy:Andrzej Zielezinski, Sebastian Deorowicz, Adam GudyśCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38(5), strony: 1447–1449), Wydawca: Oxford AcademicStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
- Whisper: Read sorting allows robust mapping of sequencing dataAutorzy:Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Adam Gudyś, Szymon GrabowskiCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35(12), strony: 2043-2050), Wydawca: Oxford AcademicStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/bty927 - link do publikacji
- Towards the accurate alignment of over a million protein sequences: Current state of the artAutorzy:Santus, L., Garriga, E., Deorowicz, S., Gudyś, A., Notredame, C.Czasopismo:Current Opinion in Structural Biology (rok: 2023, tom: 80, strony: 102577), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.sbi.2023.102577 - link do publikacji