Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Nowe algorytmy do oceny struktur klonalnych oraz do modelowania niejednorodnych ewolucji dla zastosowań w genomice nowotworów

2016/21/B/ST6/02153

Słowa kluczowe:

modelowanie niejednorodnych ewolucji sekwencjonowanie DNA kompresja danych sekwencjonowania

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_11: Uczenie maszynowe, statystyczne przetwarzanie danych i zastosowanie w przetwarzaniu sygnałów
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Andrzej Polański 

Liczba wykonawców projektu: 9

Konkurs: OPUS 11 - ogłoszony 2016-03-15

Przyznana kwota: 836 620 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2017-02-01

Zakończenie projektu: 2020-08-05

Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Mobilna stacja robocza (3 szt.). Za kwotę 40 500 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (8)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (4)
  1. Coalescence computations for large samples drawn from populations of time-varying sizes
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Agnieszka Szczęsna, Mateusz Garbulowski, Marek Kimmel
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2017, tom: 12 (2), strony: 45313), Wydawca: ---
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0170701 - link do publikacji
  2. GaMRed – adaptive filtering of high-throughput biological data
    Autorzy:
    Michał Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska,
    Czasopismo:
    IEEE/ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS (rok: 2020, tom: 17 (1), strony: 149-157), Wydawca: IEEE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2018.2858825 - link do publikacji
  3. ADAPTIVE LOAD BALLANCING BASED ON DUTY-CYCLE OF THREAD CALCULATION TIME IN PARALLEL SIMULATIONS
    Autorzy:
    Krzysztof Szymiczek
    Czasopismo:
    STUDIA INFORMATICA (rok: 2018, tom: 39, strony: 19-26), Wydawca: Politechnika Śląska
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    brak - link do publikacji
  4. FaStore – a space-saving solution for raw sequencing data
    Autorzy:
    Łukasz Roguski, Idoia Ochoa, Mikel Hernaez, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2018, tom: 34 (16), strony: 2748-2756), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty205 - link do publikacji
  5. BatchI: Batch effect Identication in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm
    Autorzy:
    Anna Papiez, Michal Marczyk, Andrzej Polanski, Joanna Polanska,
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35(11), strony: 1885-1892), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty900 - link do publikacji
  6. The mutation profile of differentiated thyroid cancer coexisting with undifferentiated anaplastic cancer resembles that of anaplastic thyroid cancer but not that of archetypal differentiated thyroid cancer.
    Autorzy:
    Justyna Mika; Wojciech Łabaj; Mykola Chekan; Agata Abramowicz; Monika Pietrowska; Andrzej Polański; Piotr Widłak
    Czasopismo:
    Journal of Applied Genetics (rok: 2021, tom: 62, strony: 115-120), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s13353-020-00594-0 - link do publikacji
  7. Initializing the EM Algorithm for Univariate Gaussian, Multi-Component, Heteroscedastic Mixture Models by Dynamic Programming Partitions
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Michał Marczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widłak, Joanna Polańska
    Czasopismo:
    International Journal of Computational Methods (rok: 2017, tom: Vol.15, No.1, strony: 45312), Wydawca: ---
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S0219876218500123 - link do publikacji
  8. MicroRNA profile of exosomes and parental cells is differently affected by ionizing radiation.
    Autorzy:
    Agata Abramowicz, Justyna Mika, Wojciech Łabaj, Katarzyna Szołtysek, Izabella Ślęzak-Prochazka, Łukasz Mielańczyk, Michael Story, Andrzej Polański, Monika Pietrowska, Piotr Widłak
    Czasopismo:
    Radiation Research (rok: 2020, tom: 194, strony: 133-142), Wydawca: Radiation Research Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1667/RADE-20-00007 - link do publikacji
  1. Searching Through Scientific PDF Files Supported by Bi-clustering of Key Terms Matrices
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Paweł Foszner, Rafał Łańcucki
    Konferencja:
    5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer, Cham
    Data:
    konferencja 3-6.10.2017
    Status:
    Opublikowana
  2. CCES: Cancer Clonal Evolution Simulation Program
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Aleksandra Gruca, Krzysztof Szymiczek
    Konferencja:
    5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer, Cham
    Data:
    konferencja 3-6.10.2017
    Status:
    Opublikowana
  3. Consensus Approach for Detection of Cancer Somatic Mutations
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Katarzyna Sieradzka, Kinga Leszczorz, Mateusz Garbulowski
    Konferencja:
    5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer, Cham
    Data:
    konferencja 3-6.10.2017
    Status:
    Opublikowana
  4. Improving peak detection by Gaussian mixture modeling of mass spectral signa
    Autorzy:
    Andrzej Polański, Michał MArczyk, Joanna Polańska
    Konferencja:
    3rd International Conference on Frontiers of Signal Processing (ICFSP) (rok: 2017, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 6-8.09.2017
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy