Nowe algorytmy do oceny struktur klonalnych oraz do modelowania niejednorodnych ewolucji dla zastosowań w genomice nowotworów
2016/21/B/ST6/02153
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_11: Uczenie maszynowe, statystyczne przetwarzanie danych i zastosowanie w przetwarzaniu sygnałów
- NZ2_7: Bioinformatyka
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 9
Konkurs
OPUS 11 – ogłoszony 2016-03-15
- Przyznana kwota
- 836 620 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2017-02-06
- Zakończenie projektu
- 2020-08-05
- Planowany czas trwania projektu
- 42 miesiące (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Mobilna stacja robocza (3 szt.). Za kwotę 40 500 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (8)
-
FaStore – a space-saving solution for raw sequencing data
- Autorzy:
- Łukasz Roguski, Idoia Ochoa, Mikel Hernaez, Sebastian Deorowicz
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2018, tom: 34 (16), strony: 2748-2756), Wydawca: Oxford Academic
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty205 – link do publikacji
-
GaMRed – adaptive filtering of high-throughput biological data
- Autorzy:
- Michał Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska,
- Czasopismo:
- IEEE/ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS (rok: 2020, tom: 17 (1), strony: 149-157), Wydawca: IEEE
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1109/TCBB.2018.2858825 – link do publikacji
-
Coalescence computations for large samples drawn from populations of time-varying sizes
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Agnieszka Szczęsna, Mateusz Garbulowski, Marek Kimmel
- Czasopismo:
- PLOS ONE (rok: 2017, tom: 12 (2), strony: 46044), Wydawca: ---
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pone.0170701 – link do publikacji
-
Initializing the EM Algorithm for Univariate Gaussian, Multi-Component, Heteroscedastic Mixture Models by Dynamic Programming Partitions
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Michał Marczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widłak, Joanna Polańska
- Czasopismo:
- International Journal of Computational Methods (rok: 2017, tom: Vol.15, No.1, strony: 46043), Wydawca: ---
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1142/S0219876218500123 – link do publikacji
-
BatchI: Batch effect Identication in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm
- Autorzy:
- Anna Papiez, Michal Marczyk, Andrzej Polanski, Joanna Polanska,
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35(11), strony: 1885-1892), Wydawca: Oxford Academic
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty900 – link do publikacji
-
MicroRNA profile of exosomes and parental cells is differently affected by ionizing radiation.
- Autorzy:
- Agata Abramowicz, Justyna Mika, Wojciech Łabaj, Katarzyna Szołtysek, Izabella Ślęzak-Prochazka, Łukasz Mielańczyk, Michael Story, Andrzej Polański, Monika Pietrowska, Piotr Widłak
- Czasopismo:
- Radiation Research (rok: 2020, tom: 194, strony: 133-142), Wydawca: Radiation Research Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1667/RADE-20-00007 – link do publikacji
-
ADAPTIVE LOAD BALLANCING BASED ON DUTY-CYCLE OF THREAD CALCULATION TIME IN PARALLEL SIMULATIONS
- Autorzy:
- Krzysztof Szymiczek
- Czasopismo:
- STUDIA INFORMATICA (rok: 2018, tom: 39, strony: 19-26), Wydawca: Politechnika Śląska
- Status:
- Opublikowana
-
The mutation profile of differentiated thyroid cancer coexisting with undifferentiated anaplastic cancer resembles that of anaplastic thyroid cancer but not that of archetypal differentiated thyroid cancer.
- Autorzy:
- Justyna Mika; Wojciech Łabaj; Mykola Chekan; Agata Abramowicz; Monika Pietrowska; Andrzej Polański; Piotr Widłak
- Czasopismo:
- Journal of Applied Genetics (rok: 2021, tom: 62, strony: 115-120), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/s13353-020-00594-0 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (4)
-
Consensus Approach for Detection of Cancer Somatic Mutations
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Katarzyna Sieradzka, Kinga Leszczorz, Mateusz Garbulowski
- Konferencja:
- 5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, strony: 163-171), Wydawca: Springer, Cham
- Data:
- konferencja 3-6.10.2017
- Status:
- Opublikowana
-
CCES: Cancer Clonal Evolution Simulation Program
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Aleksandra Gruca, Krzysztof Szymiczek
- Konferencja:
- 5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, strony: 172-181), Wydawca: Springer, Cham
- Data:
- konferencja 3-6.10.2017
- Status:
- Opublikowana
-
Improving peak detection by Gaussian mixture modeling of mass spectral signa
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Michał MArczyk, Joanna Polańska
- Konferencja:
- 3rd International Conference on Frontiers of Signal Processing (ICFSP) (rok: 2017, strony: 39-43), Wydawca: IEEE
- Data:
- konferencja 6-8.09.2017
- Status:
- Opublikowana
-
Searching Through Scientific PDF Files Supported by Bi-clustering of Key Terms Matrices
- Autorzy:
- Andrzej Polański, Paweł Foszner, Rafał Łańcucki
- Konferencja:
- 5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017; Man-Machine Interactions 5 (rok: 2017, strony: 144-153), Wydawca: Springer, Cham
- Data:
- konferencja 3-6.10.2017
- Status:
- Opublikowana