Projekty finansowane przez NCN
Rekonstrukcja ścieżek dyfuzji liganda z białka
2016/20/T/ST3/00488
Słowa kluczowe:
Deskryptory:
- ST3_4: Transport w materii skondensowanej
- ST3_17: Fizyka statystyczna (materii skondensowanej)
- NZ1_3: Biofizyka
Panel:
ST3 - Fizyka fazy skondensowanej: struktura, własności elektronowe, płyny, nano-nauka
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
woj. kujawsko-pomorskie
Konkurs: ETIUDA 4 - ogłoszony 2015-12-15
Przyznana kwota: 91 352 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2016-10-01
Zakończenie projektu: 2017-09-30
Planowany czas trwania projektu: 12 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (5)
- Ligand diffusion in proteins via enhanced sampling in molecular dynamicsAutorzy:J Rydzewski, W NowakCzasopismo:Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22-23, strony: 58-74), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.plrev.2017.03.003 - link do publikacji
- Thermodynamics of camphor migration in cytochrome P450cam by atomistic simulationsAutorzy:J. Rydzewski & W. NowakCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 7736), Wydawca: NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41598-017-07993-0 - link do publikacji
- maze: Heterogeneous ligand unbinding along transient protein tunnelsAutorzy:Jakub RydzewskiCzasopismo:Computer Physics Communications (rok: 2020, tom: 247, strony: 106865), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.cpc.2019.106865 - link do publikacji
- Rare-event sampling in ligand diffusion: Reply to comments on Ligand diffusion in proteins via enhanced sampling in molecular dynamics"Autorzy:J. Rydzewski, W. NowakCzasopismo:Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22-23, strony: 85-87), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.plrev.2017.08.011 - link do publikacji
- Kinetics of Huperzine A Dissociation from Acetylcholinesterase via Multiple Unbinding PathwaysAutorzy:J. Rydzewski , R. Jakubowski, W. Nowak, and H. GrubmüllerCzasopismo:J. Chem. Theory Comput. (rok: 2018, tom: 14, strony: 2843-2851), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jctc.8b00173 - link do publikacji