Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Genomika Obliczeniowa: Problemy, Algorytmy i Modele

2015/19/B/ST6/00726

Słowa kluczowe:

uzgadnianie drzew genomika metagenomika algorytmika duplikacje genów transfer genów limfocyty B białaczka

Deskryptory:

  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Paweł Górecki 

Liczba wykonawców projektu: 7

Konkurs: OPUS 10 - ogłoszony 2015-09-15

Przyznana kwota: 580 740 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-06-28

Zakończenie projektu: 2020-02-27

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Ipad Pro 12.9. Za kwotę 6 203 PLN
  2. Komputer osobisty (2 szt.). Za kwotę 4 738 PLN
  3. Drukarka wielofunkcyjna. Za kwotę 2 500 PLN
  4. Komputer osobisty. Za kwotę 4 000 PLN
  5. Przenośny komputer osobisty (laptop) (2 szt.). Za kwotę 6 002 PLN
  6. Serwer obliczeniowy. Za kwotę 75 000 PLN
  7. Monitor DELL.
  8. Przenośny komputer osobisty (ultrabook). Za kwotę 7 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (12)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (7)
  1. Exact Median-tree Inference for Unrooted Reconciliation Costs IF: 3,05
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2020, tom: 20, strony: 136), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12862-020-01700-w - link do publikacji
  2. Inferring gene-species assignments in the presence of horizontal gene transfer IF: 2,428
    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Paweł Szczęsny, and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1571-1578), Wydawca: 1,8IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2017.2707083 - link do publikacji
  3. Mathematical properties of the gene duplication cost IF: 0,932
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Agnieszka Mykowiecka, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Discrete Applied Mathematics (rok: 2019, tom: 258, strony: 114-122), Wydawca: North-Holland
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.dam.2018.11.014 - link do publikacji
  4. The Unconstrained Diameters of the Duplication-Loss Cost and the Loss Cost IF: 2,428
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein and Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 2125 - 2135), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2019.2919617 - link do publikacji
  5. Consensus of all Solutions for Intractable Phylogenetic Tree Inference IF: 2,428
    Autorzy:
    Paweł Tabaszewski, Paweł Górecki, Alexey Markin, Tavis Anderson, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 149 - 161), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2019.2947051 - link do publikacji
  6. Inferring duplication episodes from unrooted gene trees IF: 3,73
    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2018, tom: 19, strony: 288), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12864-018-4623-z - link do publikacji
  7. Locus-aware decomposition of gene trees with respect to polytomous species trees IF: 3,02
    Autorzy:
    Michał Aleksander Ciach, Anna Muszewska and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Algorithms for Molecular Biology (rok: 2018, tom: 13/1, strony: 11), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13015-018-0128-1 - link do publikacji
  8. Minimizing the deep coalescence cost IF: 0,991
    Autorzy:
    Dawid Dąbkowski; Paweł Tabaszewski; Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology (rok: 2018, tom: 16/5, strony: 1840021), Wydawca: Imperial College Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S0219720018400218 - link do publikacji
  9. Bijective Diameters of Gene Tree Parsimony Costs IF: 2,428
    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1723-1727), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2017.2735968 - link do publikacji
  10. Cophenetic Distances in Near-linear Time IF: 2,353
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of ACM (rok: 2020, tom: n/a, strony: n/a), Wydawca: ACM
    Status:
    Złożona
  11. Credibility of Evolutionary Events in Gene Trees IF: 2,428
    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 16/3, strony: 713 - 726), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2017.2788888 - link do publikacji
  12. Efficient Algorithms for Genomic Duplication Models IF: 2,428
    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1515 - 1524), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
  1. Detecting Locus Acquisition Events in Gene Trees
    Autorzy:
    Michał Aleksander Ciach, Anna Muszewska,Paweł Górecki
    Konferencja:
    WABI 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer Informatik
    Data:
    konferencja 2017
    Status:
    Opublikowana
  2. New Algorithms for the Genomic Duplication Problem
    Autorzy:
    Jarosław Paszek and Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB Comparative Genomics 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 4-6 October
    Status:
    Opublikowana
  3. Phylogenetic Consensus for Exact Median Trees
    Autorzy:
    Pawel Tabaszewski, Pawel Górecki, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (rok: 2018, ), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja 2018/8
    Status:
    Opublikowana
  4. Phylogenetic Tree Reconciliation: Mean Values for Fixed Gene Tree
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Agnieszka Mykowiecka, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    ISBRA 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 29 May - 2 June
    Status:
    Opublikowana
  5. Inferring time-consistent and well-supported horizontal gene transfers
    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Anna Muszewska, Paweł Górecki
    Konferencja:
    IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) (rok: 2018, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 2018/12
    Status:
    Opublikowana
  6. Varcatch: an efficient method to reduce preferential alignment of reference over alternative alleles in next-generation sequencing data
    Autorzy:
    Szymon M. Kiełbasa, Ramin Monajemi, Harmen H.M. Draisma, Kristina Gagalova, Paweł Górecki, BIOS Consortium, Lude Franke, and Peter A.C. Hoen
    Konferencja:
    BIOSB 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: n/a
    Data:
    konferencja 2017
    Status:
    Opublikowana
  7. Minimising the Deep Coalescence
    Autorzy:
    Dawid Dąbkowski and Paweł Górecki
    Konferencja:
    BICOB 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: n/a
    Data:
    konferencja Marzec 2018
    Status:
    Opublikowana