Change language

Wyszukiwarka projektów

Genomika Obliczeniowa: Problemy, Algorytmy i Modele

2015/19/B/ST6/00726

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel

ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

dr hab. Paweł Piotr Górecki

Liczba wykonawców projektu: 7

Konkurs

OPUS 10 – ogłoszony 2015-09-15

Przyznana kwota
580 740 PLN
Rozpoczęcie projektu
2016-06-28
Zakończenie projektu
2020-02-27
Planowany czas trwania projektu
44 miesiące (z wniosku)
Status projektu
Projekt rozliczony

Opis projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Drukarka wielofunkcyjna. Za kwotę 2 500 PLN
  2. Ipad Pro 12.9. Za kwotę 6 203 PLN
  3. Komputer osobisty. Za kwotę 4 000 PLN
  4. Komputer osobisty (2 szt.). Za kwotę 4 738 PLN
  5. Monitor DELL.
  6. Przenośny komputer osobisty (laptop) (2 szt.). Za kwotę 6 002 PLN
  7. Przenośny komputer osobisty (ultrabook). Za kwotę 7 000 PLN
  8. Serwer obliczeniowy. Za kwotę 75 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (11)

  1. The Unconstrained Diameters of the Duplication-Loss Cost and the Loss Cost

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein and Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 2125 - 2135), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2019.2919617 – link do publikacji

  2. Mathematical properties of the gene duplication cost

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Agnieszka Mykowiecka, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Discrete Applied Mathematics (rok: 2019, tom: 258, strony: 114-122), Wydawca: North-Holland
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.dam.2018.11.014 – link do publikacji

  3. Consensus of all Solutions for Intractable Phylogenetic Tree Inference

    Autorzy:
    Paweł Tabaszewski, Paweł Górecki, Alexey Markin, Tavis Anderson, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 149 - 161), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2019.2947051 – link do publikacji

  4. Inferring duplication episodes from unrooted gene trees

    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2018, tom: 19, strony: 288), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s12864-018-4623-z – link do publikacji

  5. Credibility of Evolutionary Events in Gene Trees

    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 16/3, strony: 713 - 726), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2017.2788888 – link do publikacji

  6. Efficient Algorithms for Genomic Duplication Models

    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1515 - 1524), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana

  7. Minimizing the deep coalescence cost

    Autorzy:
    Dawid Dąbkowski; Paweł Tabaszewski; Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology (rok: 2018, tom: 16/5, strony: 1840021), Wydawca: Imperial College Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1142/S0219720018400218 – link do publikacji

  8. Locus-aware decomposition of gene trees with respect to polytomous species trees

    Autorzy:
    Michał Aleksander Ciach, Anna Muszewska and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Algorithms for Molecular Biology (rok: 2018, tom: 13/1, strony: 11), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s13015-018-0128-1 – link do publikacji

  9. Exact Median-tree Inference for Unrooted Reconciliation Costs

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2020, tom: 20, strony: 136), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s12862-020-01700-w – link do publikacji

  10. Bijective Diameters of Gene Tree Parsimony Costs

    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1723-1727), Wydawca: IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2017.2735968 – link do publikacji

  11. Inferring gene-species assignments in the presence of horizontal gene transfer

    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Paweł Szczęsny, and Paweł Górecki
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 15/5, strony: 1571-1578), Wydawca: 1,8IEEE Computer Society, Association for Computing Machinery, IEEE Computational Intelligence Society, and the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2017.2707083 – link do publikacji

Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (7)

  1. Inferring time-consistent and well-supported horizontal gene transfers

    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Anna Muszewska, Paweł Górecki
    Konferencja:
    IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) (rok: 2018, strony: 79-83), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 2018/12
    Status:
    Opublikowana

  2. Phylogenetic Tree Reconciliation: Mean Values for Fixed Gene Tree

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Agnieszka Mykowiecka, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    ISBRA 2017 (rok: 2017, strony: 234-245), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 29 May - 2 June
    Status:
    Opublikowana

  3. Minimising the Deep Coalescence

    Autorzy:
    Dawid Dąbkowski and Paweł Górecki
    Konferencja:
    BICOB 2018 (rok: 2018, strony: n/a), Wydawca: n/a
    Data:
    konferencja Marzec 2018
    Status:
    Opublikowana

  4. New Algorithms for the Genomic Duplication Problem

    Autorzy:
    Jarosław Paszek and Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB Comparative Genomics 2017 (rok: 2017, strony: 101-115), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 4-6 October
    Status:
    Opublikowana

  5. Varcatch: an efficient method to reduce preferential alignment of reference over alternative alleles in next-generation sequencing data

    Autorzy:
    Szymon M. Kiełbasa, Ramin Monajemi, Harmen H.M. Draisma, Kristina Gagalova, Paweł Górecki, BIOS Consortium, Lude Franke, and Peter A.C. Hoen
    Konferencja:
    BIOSB 2017 (rok: 2017, strony: n/a), Wydawca: n/a
    Data:
    konferencja 2017
    Status:
    Opublikowana

  6. Phylogenetic Consensus for Exact Median Trees

    Autorzy:
    Pawel Tabaszewski, Pawel Górecki, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (rok: 2018, strony: 366-375), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja 2018/8
    Status:
    Opublikowana

  7. Detecting Locus Acquisition Events in Gene Trees

    Autorzy:
    Michał Aleksander Ciach, Anna Muszewska,Paweł Górecki
    Konferencja:
    WABI 2017 (rok: 2017, strony: 5:1--5:13), Wydawca: Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer Informatik
    Data:
    konferencja 2017
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski