Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Lingwistyka formalna w proteomice - modelowanie, analiza i porównywanie hipotez

2015/17/D/ST6/04054

Słowa kluczowe:

sekwencje białkowe gramatyki probabilistyczne gramatyki bezkontekstowe uczenie maszynowe

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

woj. dolnośląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Witold Dyrka 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: SONATA 9 - ogłoszony 2015-03-16

Przyznana kwota: 472 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-02-15

Zakończenie projektu: 2019-06-14

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Zestaw komputerowy (wydajny komputer stacjonarny + monitor) (2 szt.). Za kwotę 12 000 PLN
  2. Komputer przenośny. Za kwotę 6 000 PLN
  3. 2 monitory.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (4)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars IF: 3,242
    Autorzy:
    Witold Dyrka, Marlena Gąsior-Głogowska, Natalia Szulc
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-021-04139-y - link do publikacji
  2. Identification of NLR-associated Amyloid Signaling Motifs in Bacterial Genomes IF: 4,76
    Autorzy:
    Witold Dyrka, Virginie Coustou, Asen Daskalov, Alons Lends, Thierry Bardin, Mélanie Berbon, Brice Kauffmann, Corinne Blancard, Bénédicte Salin, Antoine Loquet, Sven J Saupe
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Biology (rok: 2020, tom: 432, strony: 6005-6027), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
  3. Quantiprot - a Python package for quantitative analysis of protein sequences IF: 2,448
    Autorzy:
    Bogumił M. Konopka, Marta Marciniak, Witold Dyrka
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2017, tom: 18, strony: 339), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-017-1751-4 - link do publikacji
  4. Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints IF: 2,118
    Autorzy:
    Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2019, tom: 7, strony: e6559), Wydawca: PeerJ, Inc
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.6559 - link do publikacji
  1. How to measure the topological quality of protein parse trees?
    Autorzy:
    Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
    Konferencja:
    The 14th International Conference on Grammatical Inference (ICGI 2018) (rok: 2018, ), Wydawca: PMLR
    Data:
    konferencja 39940
    Status:
    Opublikowana
  2. How to measure the topological quality of protein grammars?
    Autorzy:
    Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Łukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
    Konferencja:
    The 13th International Conference on Grammatical Inference (ICGI 2016) (rok: 2016, ), Wydawca: arXiv.org
    Data:
    konferencja 40305
    Status:
    Opublikowana
  3. Towards Improved Evolutionary Learning of Probabilistic Context-Free Grammars for Protein Sequences
    Autorzy:
    Robert Kowalski, Mateusz Pyzik, Witold Dyrka
    Konferencja:
    EVO* 2019 -- Late-Breaking Abstracts Volume (rok: 2019, ), Wydawca: arXiv.org
    Data:
    konferencja 24-26/04
    Status:
    Opublikowana
  1. NLR Function in Fungi as Revealed by the Study of Self/Non-self Recognition Systems
    Autorzy:
    Asen Daskalov, Witold Dyrka, Sven J. Saupe
    Książka:
    Genetics and Biotechnology. The Mycota (A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research) (rok: 2020, tom: 2, strony: 123-141), Wydawca: Springer, Cham.
    Status:
    Opublikowana