Lingwistyka formalna w proteomice - modelowanie, analiza i porównywanie hipotez
2015/17/D/ST6/04054
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- NZ2_7: Bioinformatyka
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki
woj. dolnośląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 8
Konkurs
SONATA 9 – ogłoszony 2015-03-16
- Przyznana kwota
- 472 200 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2016-02-15
- Zakończenie projektu
- 2019-06-14
- Planowany czas trwania projektu
- 40 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- 2 monitory.
- Komputer przenośny. Za kwotę 6 000 PLN
- Zestaw komputerowy (wydajny komputer stacjonarny + monitor) (2 szt.). Za kwotę 12 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (4)
-
Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
- Autorzy:
- Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
- Czasopismo:
- PeerJ (rok: 2019, tom: 7, strony: e6559), Wydawca: PeerJ, Inc
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.7717/peerj.6559 – link do publikacji
-
Quantiprot - a Python package for quantitative analysis of protein sequences
- Autorzy:
- Bogumił M. Konopka, Marta Marciniak, Witold Dyrka
- Czasopismo:
- BMC Bioinformatics (rok: 2017, tom: 18, strony: 339), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s12859-017-1751-4 – link do publikacji
-
Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
- Autorzy:
- Witold Dyrka, Marlena Gąsior-Głogowska, Natalia Szulc
- Czasopismo:
- BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s12859-021-04139-y – link do publikacji
-
Identification of NLR-associated Amyloid Signaling Motifs in Bacterial Genomes
- Autorzy:
- Witold Dyrka, Virginie Coustou, Asen Daskalov, Alons Lends, Thierry Bardin, Mélanie Berbon, Brice Kauffmann, Corinne Blancard, Bénédicte Salin, Antoine Loquet, Sven J Saupe
- Czasopismo:
- Journal of Molecular Biology (rok: 2020, tom: 432, strony: 6005-6027), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.jmb.2020.10.004 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
-
Towards Improved Evolutionary Learning of Probabilistic Context-Free Grammars for Protein Sequences
- Autorzy:
- Robert Kowalski, Mateusz Pyzik, Witold Dyrka
- Konferencja:
- EVO* 2019 -- Late-Breaking Abstracts Volume (rok: 2019, strony: 46306), Wydawca: arXiv.org
- Data:
- konferencja 24-26/04
- Status:
- Opublikowana
-
How to measure the topological quality of protein grammars?
- Autorzy:
- Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Łukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
- Konferencja:
- The 13th International Conference on Grammatical Inference (ICGI 2016) (rok: 2016, strony: n.d.), Wydawca: arXiv.org
- Data:
- konferencja 40305
- Status:
- Opublikowana
-
How to measure the topological quality of protein parse trees?
- Autorzy:
- Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
- Konferencja:
- The 14th International Conference on Grammatical Inference (ICGI 2018) (rok: 2018, strony: 118-138), Wydawca: PMLR
- Data:
- konferencja 39940
- Status:
- Opublikowana
Publikacje książkowe (1)
-
NLR Function in Fungi as Revealed by the Study of Self/Non-self Recognition Systems
- Autorzy:
- Asen Daskalov, Witold Dyrka, Sven J. Saupe
- Książka:
- Genetics and Biotechnology. The Mycota (A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research) (rok: 2020, tom: 2, strony: 123-141), Wydawca: Springer, Cham.
- Status:
- Opublikowana