Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Mechanizmy naprawdze DNA: od gruboziarnistego do pełnoatomowego opisu

2015/17/D/ST4/00509

Słowa kluczowe:

DNA gruboziarniste pole siłowe pełnoatomowe pole siłowe

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Adam Sieradzan 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: SONATA 9 - ogłoszony 2015-03-16

Przyznana kwota: 314 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-01-25

Zakończenie projektu: 2018-01-24

Planowany czas trwania projektu: 24 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Komputer biurowy. Za kwotę 5 000 PLN
  2. Nod obliczeniowy do klastra (2 szt.). Za kwotę 50 000 PLN
  3. Tablet.
  4. Akcesoria komputerowe do budowy komputera do klastra. Za kwotę 5 623 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Artur Gie ldoń, Yanping Yin, Yi He, Harold A. Scheraga, Adam Liwo
    Czasopismo:
    J. Comput Chem. (rok: 2018, tom: 39, strony: 2360-2370), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.2557 - link do publikacji
  2. Introduction of Steered Molecular Dynamics into UNRES Coarse-Grained Simulations Package
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan* and Rafał Jakubowski
    Czasopismo:
    J. Comput. Chem. (rok: 2017, tom: 38, strony: 553-562), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.24685 - link do publikacji
  3. Shielding effect in protein folding
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Emilia A. Lubecka
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2018, tom: 79, strony: 118-132), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.018 - link do publikacji
  4. Computational Studies of the Mechanical Stability of Single-Strand Break DNA
    Autorzy:
    Pawel Krupa, David Wales, Adam Sieradzan
    Czasopismo:
    J. Phys Chem. B (rok: 2018, tom: 122, strony: 8166-8173), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.8b05417 - link do publikacji
  5. Prediction of DNA and RNA structure with the NARES-2P force field and conformational space annealing
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Łukasz Golon, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2018, tom: 20, strony: 19656-19663), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c8cp03018a - link do publikacji
  6. What Makes Telomeres Unique?
    Autorzy:
    Adam Kazimierz Sieradzan, Pawel Krupa, and David J. Wales
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B, (rok: 2017, tom: 121, strony: 2207-2219), Wydawca: ACS Publication
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.6b08780 - link do publikacji
  1. Formation of Secondary and Supersecondary Structure of Proteins as a Result of Coupling Between Local and Backbone-Electrostatic Interactions: A View Trough Cluster-Cumulant Scope
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski
    Książka:
    Protein Supersecondary Structures (rok: 2019, ), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  2. Modeling the structure, dynamics, and transformations of proteins with the UNRES force field
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka Karczyńska, Agnieszka Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Gołaś, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo
    Książka:
    Methods in molecular biology (rok: 2018, ), Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy