Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

iCell: przetwarzania informacji w organizmach żywych. Rola struktury przestrzennej i hierarchii skal w sterowaniu procesami biofizycznymi w komórce.

2014/15/B/ST6/05082

Słowa kluczowe:

bioinformatyka biologia systemowa cyfrowa i analogowa informacja genetyka modelowanie komputerowe i matematyczne modelowanie wielko-skalowe wielo-skalowość struktura trójwymiarowa

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Dariusz Plewczyński 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 8 - ogłoszony 2014-09-15

Przyznana kwota: 975 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2015-08-11

Zakończenie projektu: 2019-08-10

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. komputery przenośne (3 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  2. dysk zewnętrzny.
  3. stacje robocze (4 szt.). Za kwotę 80 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (46)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (6)
  • Publikacje książkowe (6)
  1. 3DFlu: database of sequence and structural variability of the influenza hemagglutinin at population scale IF: 4,2
    Autorzy:
    Mazzocco G, Lazniewski M, Migdał P, Szczepińska T, Radomski JP, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Database (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/database/baw130 - link do publikacji
  2. 3gClust: Human Protein Cluster Analysis IF: 2,428
    Autorzy:
    Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Plewczynski D, Basu S.
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform (rok: 2018, tom: 1, strony: 1), Wydawca: IEEE Computer Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2018.2840996 - link do publikacji
  3. A Multivariate Negative-Binomial Model with Random Effects for Differential Gene-Expression Analysis of Correlated mRNA Sequencing Data IF: 1,191
    Autorzy:
    Denis Kazakiewicz, Jürgen Claesen, Katarzyna Górczak, Dariusz Plewczynski, Tomasz Burzykowski
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2019, tom: 26, strony: 44571), Wydawca: Mary Ann Liebert Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2019.0168 - link do publikacji
  4. An integrated 3-Dimensional Genome Modeling Engine for data-driven simulation of spatial genome organization IF: 11,351
    Autorzy:
    Szałaj P, Tang Z, Michalski P, Pietal MJ, Luo OJ, Sadowski M, Li X, Radew K, Ruan Y, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Genome Res (rok: 2016, tom: 26(12), strony: 1697-1709), Wydawca: CSH Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/gr.205062.116 - link do publikacji
  5. Computational Approach to Dendritic Spine Taxonomy and Shape Transition Analysis IF: 2,653
    Autorzy:
    Bokota G, Magnowska M, Kuśmierczyk T, Łukasik M, Roszkowska M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Front Comput Neurosci (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: Frontiers Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fncom.2016.00140 - link do publikacji
  6. Novel COL12A1 variant as a cause of mild familial extraecllular matrix - related myopathy IF: 4,104
    Autorzy:
    Aleksandra Jezela‐Stanek, Anna Walczak, Michał Łaźniewski, Joanna Kosińska, Piotr Stawiński, Victor Murcia Pienkowski, Anna Biernacka, Małgorzata Rydzanicz, Grażyna Kostrzewa, Paweł Krajewski, Dariusz Plewczynski, Rafał Płoski
    Czasopismo:
    Clinical Genetics (rok: 2019, tom: 95(6), strony: 736-738), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1111/cge.13534 - link do publikacji
  7. PDP-CON: prediction of domain/linker residues in protein sequences using a consensus approach. IF: 1,438
    Autorzy:
    Chatterjee P, Basu S, Zubek J, Kundu M, Nasipuri M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    J Mol Model (rok: 2016, tom: 22(4), strony: 22-72), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-016-2933-0 - link do publikacji
  8. Spatial chromatin architecture alteration by structural variations in human genomes at the population scale IF: 18,358
    Autorzy:
    Michal Sadowski, Agnieszka Kraft, Przemyslaw Szalaj, Michal Wlasnowolski, Zhonghui Tang, Yijun Ruan, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Genome Biology (rok: 2019, tom: 20(1), strony: 148), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13059-019-1728-x - link do publikacji
  9. SupeRNAlign: a new tool for flexible superposition of homologous RNA structures and inference of accurate structure-based sequence alignments IF: 11,147
    Autorzy:
    Pawel Piatkowski, Jagoda Jablonska, Adriana Zyla, Dorota Niedzialek, Dorota Matelska, Elzbieta Jankowska, Tomasz Walen, Wayne K. Dawson and Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45(16), strony: e150), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx631 - link do publikacji
  10. The Proline-Rich Region of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Human Sperm May Bind SH3 Domains, as Revealed by a Bioinformatic Study of Low-Complexity Protein Segments IF: 2,812
    Autorzy:
    Marcin Tatjewski, Aleksandra Gruca, Dariusz Plewczynski, Marcin Grynberg
    Czasopismo:
    Molecular Reproduction & Development (rok: 2016, tom: 83, strony: 144-148), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/mrd.22606 - link do publikacji
  11. 3D-GNOME: an integrated web service for structural modeling of the 3D genome IF: 9,202
    Autorzy:
    Szalaj P, Michalski PJ, Wróblewski P, Tang Z, Kadlof M, Mazzocco G, Ruan Y, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res (rok: 2016, tom: 44(W1), strony: 288-293), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw437 - link do publikacji
  12. Complexity curve: a graphical measure of data complexity and classifier performance IF: 2,35
    Autorzy:
    Julian Zubek and Dariusz M. Plewczynski
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2016, tom: 2, strony: e76), Wydawca: PeerJ
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj-cs.76 - link do publikacji
  13. Ideal free distribution of Daphnia under predation risk—model predictions and experimental verification IF: 2,209
    Autorzy:
    Piotr Maszczyk, Ewa Babkiewicz, Marta Czarnocka-Cieciura, Maciej Gliwicz, Janusz Uchmański and Paulina Urban
    Czasopismo:
    J. Plankton Res. (rok: 2018, tom: 40(4), strony: 471-485), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/plankt/fby024 - link do publikacji
  14. Mixture of Forward-Directed and Backward-Directed Autoregressive Hidden Markov Models for Time Series Modeling IF: 1,949
    Autorzy:
    Vahid Rezaei Tabar, Hosna Fathipor, Horacio Pérez-Sánchez, Farzad Eskandari, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of The Iranian Statistical Society (rok: 2019, tom: 18(1), strony: 89-112), Wydawca: Iranian Statistical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.29252/jirss.18.1.89 - link do publikacji
  15. Three-dimensional organization and dynamics of the genome IF: 3,39
    Autorzy:
    Przemyslaw Szalaj, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Cell Biology and Toxicology (rok: 2018, tom: 34(5), strony: 381–404), Wydawca: Springer Netherlands
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s10565-018-9428-y - link do publikacji
  16. 2dSpAn: semiautomated 2-d segmentation, classification and analysis of hippocampal dendritic spine plasticity IF: 5,766
    Autorzy:
    Basu S, Plewczynski D, Saha S, Roszkowska M, Magnowska M, Baczynska E, Wlodarczyk J
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32(16), strony: 2490-2498), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btw172 - link do publikacji
  17. Biologically sound formal model of Hsp70 heat induction IF: 1,875
    Autorzy:
    Dudziuk G, Wronowska W, Gambin A, Szymańska Z, Rybiński M
    Czasopismo:
    J Theor Biol (rok: 2019, tom: 478, strony: 74-101), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jtbi.2019.05.022 - link do publikacji
  18. Clinical and molecular characteristics of newly reported mitochondrial disease entity caused by biallelic PARS2 mutations IF: 2,471
    Autorzy:
    Ciara E, Rokicki D, Lazniewski M, Mierzewska H, Jurkiewicz E, Bekiesińska-Figatowska M, Piekutowska-Abramczuk D, Iwanicka-Pronicka K, Szymańska E, Stawiński P, Kosińska J, Pollak A, Pronicki M, Plewczyński D, Płoski R, Pronicka E
    Czasopismo:
    J Hum Genet (rok: 2018, tom: -, strony: -), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s10038-017-0401-z - link do publikacji
  19. Computational inference of H3K4me3 and H3K27ac domain length. IF: 2,1
    Autorzy:
    Zubek J, Stitzel ML, Ucar D, Plewczynski D
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: PeerJ Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.1750 - link do publikacji
  20. FunPred 3.0: improved protein function prediction using protein interaction network IF: 2,35
    Autorzy:
    Sovan Saha, Piyali Chatterjee, Subhadip Basu, Mita Nasipuri, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2019, tom: eCollection, strony: e6830), Wydawca: PeerJ
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.6830 - link do publikacji
  21. GapRepairer: a server to model a structural gap and validate it using topological analysis IF: 4,531
    Autorzy:
    Aleksandra I Jarmolinska, Michal Kadlof, Pawel Dabrowski-Tumanski, Joanna I Sulkowska
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2018, tom: 34(19), strony: 3300-3307), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty334 - link do publikacji
  22. Implementation of an Agent-Based Parallel Tissue Modelling Framework for the Intel MIC Architecture IF: 0,455
    Autorzy:
    Maciej Cytowski, Zuzanna Szymanska, Piotr Uminski, Grzegorz Andrejczuk and Krzysztof Raszkowski
    Czasopismo:
    Scientific Programming (rok: 2017, tom: -, strony: -), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2017/8721612 - link do publikacji
  23. Inhibition Of Protein Disulfide Isomerase Induces Differentiation Of Acute Myeloid Leukemia Cells IF: 9,09
    Autorzy:
    Justyna Chlebowska-Tuz, Olga Sokolowska, Pawel Gaj, Michal Lazniewski, Malgorzata Firczuk, Karolina Borowiec, Hanna Sas-Nowosielska, Malgorzata Bajor, Agata Malinowska, Angelika Muchowicz, Kavita Ramji, Piotr Stawinski, Mateusz Sobczak, Zofia Pilch, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Malgorzata Zajac, Krzysztof Giannopoulos, Przemyslaw Juszczynski, Grzegorz W. Basak, Dariusz Plewczynski, Rafal Ploski, Jakub Golab, Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Haematologica (rok: 2018, tom: 103, strony: 1843-1852), Wydawca: Ferrata Storti Foundation
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3324/haematol.2018.190231 - link do publikacji
  24. Intermingling of chromosome territories IF: 2,94
    Autorzy:
    Teresa Szczepińska Anna Maria Rusek Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Genes Chromosomes Cancer (rok: 2019, tom: 58(7), strony: 500-506), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/gcc.22736 - link do publikacji
  25. Novel neuro-audiological findings and further evidence for TWNK involvement in Perrault syndrome IF: 3,694
    Autorzy:
    Ołdak M, Oziębło D, Pollak A, Stępniak I, Lazniewski M, Lechowicz U, Kochanek K, Furmanek M, Tacikowska G, Plewczynski D, Wolak T, Płoski R, Skarżyński H
    Czasopismo:
    J Trans Med (rok: 2017, tom: 15(1), strony: -), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12967-017-1129-4 - link do publikacji
  26. RNA structure interactions and ribonucleoprotein processes of the influenza A virus IF: 4,098
    Autorzy:
    Dawson WK, Lazniewski M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Brief Funct Genomics (rok: 2017, tom: -, strony: -), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elx028 - link do publikacji
  27. ShapeGTB: the role of local DNA shape in prioritization of functional variants in human promoters with machine learning IF: 2,2
    Autorzy:
    Maja Malkowska, Julian Zubek, Dariusz Plewczynski, Lucjan S. Wyrwicz
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2018, tom: -, strony: -), Wydawca: PeerJ
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.5742 - link do publikacji
  28. Social adaptation in multi-agent model of linguistic categorization is affected by network information flow IF: 2,806
    Autorzy:
    J. Zubek, M. Denkiewicz, J. Barański, P. Wróblewski, J. Rączaszek-Leonardi, D. Plewczynski
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2017, tom: 12(8), strony: e0182490), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0182490 - link do publikacji
  29. Three-Dimensional Segmentation and Reconstruction of Neuronal Nuclei in Confocal Microscopic Images IF: 2,923
    Autorzy:
    Ruszczycki B, Pels KK, Walczak A, Zamłyńska K, Such M, Szczepankiewicz AA, Hall MH, Magalska A, Magnowska M, Wolny A, Bokota G, Basu S, Pal A, Plewczynski D, Wilczyński GM
    Czasopismo:
    Frontiers in Neuroanatomy (rok: 2019, tom: 13, strony: 81), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fnana.2019.00081 - link do publikacji
  30. An empirical Bayes approach for learning directed acyclic graph using MCMC algorithm IF: 0,741
    Autorzy:
    Vahid Rezaei Tabar, Hamid Zareifard, Selva Salimi, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Statistical Analysis and Data Mining (rok: 2019, tom: eCollection, strony: 44571), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/sam.11430 - link do publikacji
  31. Dendritic Spines Taxonomy: The Functional and Structural Classification • Time-Dependent Probabilistic Model of Neuronal Activation IF: 1,191
    Autorzy:
    Paulina Urban, Vahid Rezaei, Grzegorz Bokota, Michał Denkiewicz, Subhadip Basu, and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2019, tom: 26(4), strony: 44575), Wydawca: Mary Ann Liebert Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2018.0155 - link do publikacji
  32. Detecting reliable non interacting proteins (NIPs) significantly enhancing the computational prediction of protein-protein interactions using machine learning methods IF: 3,21
    Autorzy:
    Srivastava A, Mazzocco G, Kel A, Wyrwicz LS, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Molecular BioSystems (rok: 2016, tom: 12, strony: 778-785), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C5MB00672D - link do publikacji
  33. Electron Transport in a Dioxygenase-Ferredoxin Complex: Long Range Charge Coupling between the Rieske and Non-Heme Iron Center IF: 2,776
    Autorzy:
    Wayne K. Dawson, Ryota Jono, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2016, tom: 11(9), strony: e0162031), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0162031 - link do publikacji
  34. Intracellular protein dynamics as a mathematical problem IF: 1,227
    Autorzy:
    Lachowicz, M., Parisot, M., Szymańska, Z
    Czasopismo:
    Discrete Cont Dyn-B (rok: 2016, tom: 21(8), strony: 2551-2556), Wydawca: AIMS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3934/dcdsb.2016060 - link do publikacji
  35. Machine learning polymer models of three-dimensional chromatin organization in human lymphoblastoid cells IF: 3,782
    Autorzy:
    Ziad Al Bkhetan, Michal Kadlof, Agnieszka Kraft, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2019, tom: 166, strony: 83-90), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2019.03.002 - link do publikacji
  36. Oncogenes expand during evolution to withstand somatic amplification IF: 13,926
    Autorzy:
    X Wang, X Li, L Zhang, S H Wong, M H T Wang, G Tse, R Z W Dai, G Nakatsu, O O Coker, Z Chen, H Ko, J Y K Chan, T Liu, C H K Cheng, A S L Cheng, K F To, D Plewczynski, J J Y Sung, J Yu, T Gin, M T V Chan, W K K Wu
    Czasopismo:
    Annals of Oncology (rok: 2018, tom: 29 (11), strony: 2254–2260), Wydawca: European Society for Medical Oncology and Japanese Society of Medical Oncology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/annonc/mdy397 - link do publikacji
  37. One protein to rule them all: The role of CCCTC-binding factor in shaping human genome in health and disease IF: 6,273
    Autorzy:
    Michal Lazniewski, Wayne K.Dawson, Anna Maria Rusek, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2018, tom: S1084-9521(17), strony: 30591-8), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.semcdb.2018.08.003 - link do publikacji
  38. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme IF: 4,94
    Autorzy:
    Miao, Zhichao; Adamiak, Ryszard W.; Antczak, Maciej; et al.
    Czasopismo:
    RNA 2017 May;23(5):655-672 (rok: 2017, tom: 23(5), strony: 655-672), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.060368.116 - link do publikacji
  39. The structural variability of the influenza A hemagglutinin receptor-binding site IF: 4,098
    Autorzy:
    Michal Lazniewski, Wayne K Dawson, Teresa Szczepińska, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Briefings in Functional Genomics (rok: 2017, tom: -, strony: -), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elx042 - link do publikacji
  40. Upregulation of MLK4 promotes migratory and invasive potential of breast cancer cells IF: 6,933
    Autorzy:
    Anna A. Marusiak, Monika K. Prelowska, Dawid Mehlich, Michal Lazniewski, Klaudia Kaminska, Adam Gorczynski, Aleksandra Korwat, Olga Sokolowska, Hanna Kedzierska, Jakub Golab, Wojciech Biernat, Dariusz Plewczynski, John Brognard & Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Oncogene (rok: 2018, tom: -, strony: -), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41388-018-0618-0 - link do publikacji
  41. CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription IF: 35,532
    Autorzy:
    Tang Z, Luo OJ, Li X, Zheng M, Zhu JJ, Szalaj P, Trzaskoma P, Magalska A, Wlodarczyk J, Ruszczycki B, Michalski P, Piecuch E, Wang P, Wang D, Tian SZ, Penrad-Mobayed M, Sachs LM, Ruan X, Wei CL, Liu ET, Wilczynski GM, Plewczynski D, Li G, Ruan Y.
    Czasopismo:
    Cell (rok: 2015, tom: 163, strony: 1611-1627), Wydawca: Elsevier Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.cell.2015.11.024 - link do publikacji
  42. Computational modelling of cancer development and growth: Modelling at multiple scales and multiscale modelling IF: 1,326
    Autorzy:
    Szymańska, Z., Cytowski, M., Michell, E., Macnamara, C.K., Chaplain, M.A.J
    Czasopismo:
    Bulletin of Mathematical Biology (rok: 2018, tom: 80, strony: 1366-1403), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s11538-017-0292-3 - link do publikacji
  43. Generalized Baum-Welch and Viterbi Algorithms Based on the Direct Dependency among Observations IF: 1,949
    Autorzy:
    Vahid Rezaei Tabar, Dariusz Plewczynski, Hosna Fathipor
    Czasopismo:
    Journal of The Iranian Statistical Society (rok: 2018, tom: 17(2), strony: 205-225), Wydawca: Iranian Statistical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.29252/jirss.17.2.10 - link do publikacji
  44. Learning directed acyclic graphs by determination of candidate causes for discrete variables IF: 0,767
    Autorzy:
    Vahid Rezaei Tabar, Hamid Zareifard, Selva Salimi, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2019, tom: 89, strony: 1957-1970), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/00949655.2019.1604709 - link do publikacji
  45. Quantitative 3-D morphometric analysis of individual dendritic spines IF: 4,609
    Autorzy:
    Basu S, Saha PK, Roszkowska M, Magnowska M, Baczynska E, Das N, Plewczynski D, Wlodarczyk J
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8(1), strony: 3545), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-21753-8 - link do publikacji
  46. Three-dimensional Epigenome Statistical Model: Genome-wide Chromatin Looping Prediction IF: 4,609
    Autorzy:
    Ziad Al Bkhetan, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8(1), strony: 5217), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-23276-8 - link do publikacji
  1. Multi-levels 3D Chromatin Interactions Prediction Using Epigenomic Profiles
    Autorzy:
    Ziad Al Bkhetan, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    23rd International Symposium on Methodologies for Intelligent Systems, ISMIS 2017, Foundations of Intelligent Systems (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 26-29/6/2017
    Status:
    Opublikowana
  2. Analysis of Next-Generation Sequencing Data of miRNA for the Prediction of Breast Cancer
    Autorzy:
    Indrajit Saha, Shib Sankar Bhowmick, Filippo Geraci, Marco Pellegrini, Debotosh Bhattacharjee, Ujjwal Maulik, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    International Conference on Swarm, Evolutionary, and Memetic Computing (rok: 2015, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 18-19 December
    Status:
    Opublikowana
  3. Evaluating multi-level machine learning prediction of protein-protein interactions
    Autorzy:
    Julian Zubek, Marcin Tatjewski, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    2nd Conference of the Project Information Technologies: research and their interdisciplinary applications" (rok: 2015, ), Wydawca: Instytut Podstaw Informatyki PAN
    Data:
    konferencja 22-24.10.2015
    Status:
    Opublikowana
  4. Enabling Large Scale Individual-Based Modelling through High Performance Computing
    Autorzy:
    Cytowski M, Szymanska Z
    Konferencja:
    Workshop on Multiscale and Hybrid Modelling in Cell and Cell Population Biology (rok: 2015, ), Wydawca: ITM Web of Conferences EDP Sciences
    Data:
    konferencja 16-18 March 2015
    Status:
    Opublikowana
  5. Deep Learning for Integrated Analysis of Breast Cancer Subtype Specific Multi-omics Data
    Autorzy:
    Somnath Rakshit, Indrajit Saha, Subha Shankar Chakraborty, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    TENCON 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 28-31 October
    Status:
    Opublikowana
  6. Distributional Proteomics: Modelling amino acid relationships by measuring their patterns of statistical occurrence across proteins
    Autorzy:
    Marcin Tatjewski, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    2nd Conference of the Project Information Technologies: research and their interdisciplinary applications" (rok: 2015, ), Wydawca: Instytut Podstaw Informatyki PAN
    Data:
    konferencja 22-24.10.2015
    Status:
    Opublikowana
  1. Chromatin: A Semi-Structured Polymer
    Autorzy:
    Dawson, Lazniewski, Plewczynski
    Książka:
    Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: ABC of Bioinformatics (rok: 2019, tom: 2, strony: 288-307), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
  2. PDP-RF: Protein Domain Boundary Prediction Using Random Forest Classifier
    Autorzy:
    Piyali Chatterjee, Subhadip Basu, Julian Zubek, Mahantapas Kundu, Mita Nasipuri, Dariusz Plewczynski
    Książka:
    Pattern Recognition and Machine Intelligence in the series of Lecture Notes in Computer Science (rok: 2015, tom: 9124, strony: 441-450), Wydawca: Springer International Publishing
    Status:
    Opublikowana
  3. Predicting Post-Translational Modifications from Local Sequence Fragments Using Machine Learning Algorithms: Overview and Best Practices
    Autorzy:
    Tatjewski M, Kierczak M, Plewczynski D
    Książka:
    Prediction of Protein Secondary Structure (rok: 2016, tom: 1484, strony: 275-300), Wydawca: Springer Protocols
    Status:
    Opublikowana
  4. The World Color Survey: Data Analysis and Simulations
    Autorzy:
    Peter Lewinski, Michal Lukasik, Konrad Kurdej, Filip Leonarski, Natalia Bielczyk, Franciszek Rakowski, Dariusz Plewczynski
    Książka:
    Complexity Applications in Language and Communication Sciences (rok: 2019, tom: 1, strony: 289-311), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  5. Divide and Conquer Ensemble Method for Time Series Forecasting
    Autorzy:
    Jan Kostrzewa, Giovanni Mazzocco, Dariusz Plewczynski
    Książka:
    Transactions on Computational Collective Intelligence XXIV (rok: 2016, tom: 9770, strony: 134-152), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  6. Analysis of Structural Chromosome Variants by Next Generation Sequencing Methods
    Autorzy:
    Dariusz Plewczynski, Sławomir Gruca, Przemysław Szałaj, Krystian Gulik, Silviene Fabiana de Oliveira, Ankit Malhotra
    Książka:
    Clinical Applications For Next-Generation Sequencing (rok: 2015, tom: 1, strony: 39-61), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana