Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Genomiczne i transkryptomiczne konsekwencje różnych metod generowania zmienności u ogórka.

2013/11/B/NZ9/00814

Słowa kluczowe:

sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) genomy transkryptomy transgeneza mutageneza zmienność somaklonalna

Deskryptory:

  • NZ9_4: Naukowe podstawy ogrodnictwa

Panel:

NZ9 - Stosowane nauki o życiu: rolnictwo, leśnictwo, ogrodnictwo, rybactwo, żywienie i żywność, biotechnologia środowiskowa

Jednostka realizująca:

Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Wojciech Pląder 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 6 - ogłoszony 2013-09-16

Przyznana kwota: 1 240 227 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-09-11

Zakończenie projektu: 2018-09-10

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (4)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (18)
  1. Expression of the thaumatin II transgene in cucumber plants has minimal influence on the fruit transcriptomes IF: 1,817
    Autorzy:
    MagdalenaPawełkowicz, Agnieszka Skarzyńska, Małgorzata Sroka, Maria Szwacka, Tomasz Pniewski, WOjciech Pląder
    Czasopismo:
    Trangenic Research (rok: 2019, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona
  2. Biological significance, computational analysis, and applications of plant microRNAs IF: 1,681
    Autorzy:
    Maria Szwacka, Magdalena Pawełkowicz, Agnieszka Skarzyńska, Paweł Osipowski, Michał Wojcieszek, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
    Czasopismo:
    ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM (rok: 2018, tom: 40/8, strony: 146 (0-30)), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s11738-018-2718-4 - link do publikacji
  3. A high-quality cucumber genome assembly enhances computational comparative genomics IF: 2,879
    Autorzy:
    Paweł Osipowski, Magdalena Pawełkowicz, Michał Wojcieszek, Agnieszka Skarzyńska, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
    Czasopismo:
    Molecular Genetics and Genomics (rok: 2019, tom: nd, strony: 44943), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00438-019-01614-3 - link do publikacji
  4. Genome-wide discovery of DNA variants in cucumber somaclonal lines IF: 2,638
    Autorzy:
    Agnieszka Skarzyńska; Magdalena Pawełkowicz; Wojciech Pląder
    Czasopismo:
    Gene (rok: 2019, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  1. Assembly of cucumber (Cucumis sativus L.) somaclones.
    Autorzy:
    SKARZYŃSKA A., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM.
    Konferencja:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Opublikowana
  2. Comparison of bioinformatics programs for analysis of single nucleotide variants
    Autorzy:
    Agnieszka Skarzyńska, Magdalena Pawełkowicz, Wojciech Pląder
    Konferencja:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Opublikowana
  3. CuGene as tool to view and explore genomic data.
    Autorzy:
    HAPONIUK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., NOWAK RM
    Konferencja:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Opublikowana
  4. Identification and bioinformatics comparison of two novel phosphatases in monoecious and gynoecious cucumber lines
    Autorzy:
    Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Krzywkowski T., Pląder W., Przybecki Z.,
    Konferencja:
    XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016, (rok: 2016, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 30.05 – 05.06.2016
    Status:
    Opublikowana
  5. Identification of hypothetical changes caused by in vitro regeneration process
    Autorzy:
    SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Konferencja:
    Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, ), Wydawca: Elseviere
    Data:
    konferencja 01-03.11.17
    Status:
    Opublikowana
  6. Is an in Vitro Regeneration Process a Source of Genomic Changes?
    Autorzy:
    Agnieszka Skarzynska, Magdalena Pawelkowicz, Wojciech Plader
    Konferencja:
    Plant Genetics and Breeding Technologies III (rok: 2018, ), Wydawca: VISCEA, Viena, Austria
    Data:
    konferencja 12.07 - 13.07.18
    Status:
    Opublikowana
  7. Is trangenesis significantly altering the cucumber genome?
    Autorzy:
    SKARZYŃSKA A., SZWACKA M., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Konferencja:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Opublikowana
  8. Transcriptome analysis of flower buds of cucumber to identify potential genes involved in sex differentiation
    Autorzy:
    Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Pląder W., Przybecki Z.
    Konferencja:
    17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, ), Wydawca: New Biotechnology
    Data:
    konferencja 03 – 06.06.2016
    Status:
    Opublikowana
  9. Interaction analysis of genes potentially involved in sex differentiation in cucumber.
    Autorzy:
    PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
    Konferencja:
    Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, ), Wydawca: Elseviere
    Data:
    konferencja 01-03.11.17
    Status:
    Opublikowana
  10. The utility of optical detection system (qPCR) and bioinformatics methods in reference gene expression analysis
    Autorzy:
    Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Pląder W., Przybecki Z.
    Konferencja:
    XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016 (rok: 2016, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 30.05 – 05.06.2016
    Status:
    Opublikowana
  11. Comparative genomics of homozygous B10 cucumber line individuals show dynamics within functional loci
    Autorzy:
    OSIPOWSKI P., WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
    Konferencja:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Opublikowana
  12. Detection of genomic rearrangement in cucumber using genomecmp software.
    Autorzy:
    KULAWIK M., PAWEŁKOWICZ M., WOJCIESZEK M., PLĄDER W., NOWAK RM.
    Konferencja:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Opublikowana
  13. Different approaches of NGS reads correction for structural variant calling of cucumber somaclonal lines.
    Autorzy:
    SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Konferencja:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Opublikowana
  14. Transcriptome based annotation for new version of C. sativus genome
    Autorzy:
    Wojcieszek M., Osipowski P., Pawełkowicz M., Skarzyńska A., Borodowsky M., Pląder W., Przybecki Z
    Konferencja:
    17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, ), Wydawca: New Biotechnology
    Data:
    konferencja 03 – 06.06.2016.
    Status:
    Opublikowana
  15. Genomic comparison of cucumber growth type mutants.
    Autorzy:
    WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., PLĄDER W.
    Konferencja:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Opublikowana
  16. Application of bioinformatics techniques for protein interaction analysis
    Autorzy:
    Jowita Grzędzicka, Agnieszka Skarzyńska, Kacper Posyniak, Tomasz Mróz, Wojciech Pląder
    Konferencja:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Opublikowana
  17. Comparison of de novo assembly statistics of Cucumis sativus L.
    Autorzy:
    WOJCIESZEK M., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM
    Konferencja:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017, Wilga, 28.05-04.06.17 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.2017
    Status:
    Opublikowana
  18. The construction of genomic libraries in BAC and its practical application and bioinformatic usage
    Autorzy:
    Agnieszka Skarzyńska, Kohei Yagi, Maciej Kiełek, Wojciech Gutman, Wojciech Pląder, Zbigniew Przybecki
    Konferencja:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Opublikowana