Genomiczne i transkryptomiczne konsekwencje różnych metod generowania zmienności u ogórka.
2013/11/B/NZ9/00814
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ9_4: Naukowe podstawy ogrodnictwa
Panel
NZ9 – Stosowane nauki o życiu: rolnictwo, leśnictwo, ogrodnictwo, rybactwo, żywienie i żywność, biotechnologia środowiskowa
Jednostka realizująca
Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
dr hab. Wojciech Wawrzyniec Pląder
Liczba wykonawców projektu: 6
Konkurs
OPUS 6 – ogłoszony 2013-09-16
- Przyznana kwota
- 1 240 227 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2014-09-11
- Zakończenie projektu
- 2018-09-10
- Planowany czas trwania projektu
- 48 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (2)
-
Biological significance, computational analysis, and applications of plant microRNAs
- Autorzy:
- Maria Szwacka, Magdalena Pawełkowicz, Agnieszka Skarzyńska, Paweł Osipowski, Michał Wojcieszek, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
- Czasopismo:
- ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM (rok: 2018, tom: 40/8, strony: 146 (0-30)), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/s11738-018-2718-4 – link do publikacji
-
A high-quality cucumber genome assembly enhances computational comparative genomics
- Autorzy:
- Paweł Osipowski, Magdalena Pawełkowicz, Michał Wojcieszek, Agnieszka Skarzyńska, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
- Czasopismo:
- Molecular Genetics and Genomics (rok: 2019, tom: nd, strony: 46039), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/s00438-019-01614-3 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (18)
-
Identification of hypothetical changes caused by in vitro regeneration process
- Autorzy:
- SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
- Konferencja:
- Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, strony: P2.08), Wydawca: Elseviere
- Data:
- konferencja 01-03.11.17
- Status:
- Opublikowana
-
Interaction analysis of genes potentially involved in sex differentiation in cucumber.
- Autorzy:
- PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
- Konferencja:
- Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, strony: P2.09), Wydawca: Elseviere
- Data:
- konferencja 01-03.11.17
- Status:
- Opublikowana
-
Comparative genomics of homozygous B10 cucumber line individuals show dynamics within functional loci
- Autorzy:
- OSIPOWSKI P., WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
- Konferencja:
- 6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, strony: P3.29, s 93), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
- Data:
- konferencja 11-14.09.17
- Status:
- Opublikowana
-
Genomic comparison of cucumber growth type mutants.
- Autorzy:
- WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., PLĄDER W.
- Konferencja:
- 6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, strony: P3.30, s 93), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
- Data:
- konferencja 11-14.09.17
- Status:
- Opublikowana
-
The construction of genomic libraries in BAC and its practical application and bioinformatic usage
- Autorzy:
- Agnieszka Skarzyńska, Kohei Yagi, Maciej Kiełek, Wojciech Gutman, Wojciech Pląder, Zbigniew Przybecki
- Konferencja:
- XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, strony: 46033), Wydawca: Proc of SPIE
- Data:
- konferencja 03.06 - 10.06.18
- Status:
- Opublikowana
-
Application of bioinformatics techniques for protein interaction analysis
- Autorzy:
- Jowita Grzędzicka, Agnieszka Skarzyńska, Kacper Posyniak, Tomasz Mróz, Wojciech Pląder
- Konferencja:
- XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, strony: 46033), Wydawca: Proc of SPIE
- Data:
- konferencja 03.06 - 10.06.18
- Status:
- Opublikowana
-
Comparison of bioinformatics programs for analysis of single nucleotide variants
- Autorzy:
- Agnieszka Skarzyńska, Magdalena Pawełkowicz, Wojciech Pląder
- Konferencja:
- XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, strony: 46032), Wydawca: Proc of SPIE
- Data:
- konferencja 03.06 - 10.06.18
- Status:
- Opublikowana
-
Is an in Vitro Regeneration Process a Source of Genomic Changes?
- Autorzy:
- Agnieszka Skarzynska, Magdalena Pawelkowicz, Wojciech Plader
- Konferencja:
- Plant Genetics and Breeding Technologies III (rok: 2018, strony: 16), Wydawca: VISCEA, Viena, Austria
- Data:
- konferencja 12.07 - 13.07.18
- Status:
- Opublikowana
-
Is trangenesis significantly altering the cucumber genome?
- Autorzy:
- SKARZYŃSKA A., SZWACKA M., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
- Konferencja:
- 6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, strony: P3.36, s 96), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
- Data:
- konferencja 11-14.09.17
- Status:
- Opublikowana
-
Assembly of cucumber (Cucumis sativus L.) somaclones.
- Autorzy:
- SKARZYŃSKA A., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM.
- Konferencja:
- XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, strony: 46030), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 28.05-04.06.17
- Status:
- Opublikowana
-
Detection of genomic rearrangement in cucumber using genomecmp software.
- Autorzy:
- KULAWIK M., PAWEŁKOWICZ M., WOJCIESZEK M., PLĄDER W., NOWAK RM.
- Konferencja:
- XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, strony: 46029), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 28.05-04.06.17
- Status:
- Opublikowana
-
Transcriptome based annotation for new version of C. sativus genome
- Autorzy:
- Wojcieszek M., Osipowski P., Pawełkowicz M., Skarzyńska A., Borodowsky M., Pląder W., Przybecki Z
- Konferencja:
- 17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, strony: 33:S178), Wydawca: New Biotechnology
- Data:
- konferencja 03 – 06.06.2016.
- Status:
- Opublikowana
-
Comparison of de novo assembly statistics of Cucumis sativus L.
- Autorzy:
- WOJCIESZEK M., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM
- Konferencja:
- XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017, Wilga, 28.05-04.06.17 (rok: 2017, strony: 46030), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 28.05-04.06.2017
- Status:
- Opublikowana
-
CuGene as tool to view and explore genomic data.
- Autorzy:
- HAPONIUK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., NOWAK RM
- Konferencja:
- XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium (rok: 2017, strony: 46031), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 28.05-04.06.17
- Status:
- Opublikowana
-
Identification and bioinformatics comparison of two novel phosphatases in monoecious and gynoecious cucumber lines
- Autorzy:
- Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Krzywkowski T., Pląder W., Przybecki Z.,
- Konferencja:
- XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016, (rok: 2016, strony: 100312S), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 30.05 – 05.06.2016
- Status:
- Opublikowana
-
Different approaches of NGS reads correction for structural variant calling of cucumber somaclonal lines.
- Autorzy:
- SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
- Konferencja:
- 6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, strony: P3.35, s 96), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
- Data:
- konferencja 11-14.09.17
- Status:
- Opublikowana
-
The utility of optical detection system (qPCR) and bioinformatics methods in reference gene expression analysis
- Autorzy:
- Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Pląder W., Przybecki Z.
- Konferencja:
- XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016 (rok: 2016, strony: 1003130), Wydawca: Proc. of SPIE
- Data:
- konferencja 30.05 – 05.06.2016
- Status:
- Opublikowana
-
Transcriptome analysis of flower buds of cucumber to identify potential genes involved in sex differentiation
- Autorzy:
- Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Pląder W., Przybecki Z.
- Konferencja:
- 17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, strony: 33:S177), Wydawca: New Biotechnology
- Data:
- konferencja 03 – 06.06.2016
- Status:
- Opublikowana