Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Super-rozdzielcza optyczna wizualizacja wysokorzędowych struktur chromatyny w jądrach komórek ludzkich, podczas replikacji i naprawy DNA

2013/11/B/NZ3/00189

Słowa kluczowe:

struktura chromatyny DNA optyczna mikroskopia super-rozdzielcza nanoskopia barwniki DNA Hoechst DAPI fotokonwersja

Deskryptory:

  • NZ3_1: Biologia komórki
  • NZ3_2: Fizjologia komórki

Panel:

NZ3 - Biologia na poziomie komórki: biologia komórkowa, biologia rozwoju i starzenia, neurobiologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Jagielloński w Krakowie, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Jerzy Dobrucki 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 6 - ogłoszony 2013-09-16

Przyznana kwota: 909 400 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-07-16

Zakończenie projektu: 2018-07-15

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Elementy optyczne, mechaniczne, filtry do mikroskopu wysokorozdzielczego. Za kwotę 12 861 PLN
  2. Układ laserow diodowych z światłowodem (405, 445, 488, 532, 640nm), np. Topteca ICHROME MLE FFC wraz z IBEAM-SMART-PT-445, lub podobny układ laserowy. Za kwotę 211 000 PLN
  3. Laser diodowy 488nm. Za kwotę 31 951 PLN
  4. Obiektyw imersyjny do detekcji migotania pojedynczych molekul fotokonwertowanych znacznikow fluorescencyjnych związanych z DNA w jądrach komorek, np. Leica HCX PlanApo 100x NA 1.47 lub podobny. Za kwotę 51 000 PLN
  5. Piezoelektryczny silnik krokowy do obiektywu mikroskopowego. Za kwotę 27 366 PLN
  6. Podpory antywstrząsowe pod stół optyczny. Za kwotę 14 530 PLN
  7. Układ laserów diodowych (647 nm, 561 nm).

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (16)
  1. Molecular determinants of Drosophila immunophilin FKBP39 nuclear localization IF: 3,022
    Autorzy:
    Orłowski M, Popławska K, Pieprzyk J, Szczygieł-Sommer A, Więch A, Zarębski M, Tarczewska A, Dobrucki J, Ożyhar A
    Czasopismo:
    Biological Chemistry (rok: 2018, tom: 399(5), strony: 467-484), Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1515/hsz-2017-0251 - link do publikacji
  2. Activation of new replication foci under conditions of replication stress IF: 4,565
    Autorzy:
    Rybak P, Waligórska A, Bujnowicz Ł, Hoang A, Dobrucki JW.
    Czasopismo:
    Cell Cycle (rok: 2015, tom: 14(16), strony: 2634-47), Wydawca: Landes Bioscience / Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15384101 - link do publikacji
  3. Aqueous mounting media increasing tissue translucence improve image quality in Structured Illumination Microscopy of thick biological specimen IF: 4,609
    Autorzy:
    Szczurek A, Contu F, Hoang A, Dobrucki J, Mai S.
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 13971), Wydawca: Springer Nature Publishing
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-32191-x - link do publikacji
  4. Imaging chromatin nanostructure with binding-activated localization microscopy based on DNA structure fluctuations IF: 10,162
    Autorzy:
    Szczurek A, Klewes L, Xing J, Gourram A, Birk U, Knecht H, Dobrucki JW, Mai S, Cremer C.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45(8), strony: e56), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw1301 - link do publikacji
  5. Localization microscopy of DNA in situ using Vybrant® DyeCycle™ Violet fluorescent probe: A new approach to study nuclear nanostructure at single molecule resolution IF: 3,246
    Autorzy:
    Żurek-Biesiada D, Szczurek AT, Prakash K, Mohana GK, Lee HK, Roignant JY, Birk U, Dobrucki JW, Cremer C.
    Czasopismo:
    Experimental Cell Research (rok: 2015, tom: 343, strony: 97-106), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.yexcr.2015.08.020 - link do publikacji
  6. The 4D nucleome in Kraków - Prospects for an emerging field IF: 2,387
    Autorzy:
    Dobrucki J, Saitoh N
    Czasopismo:
    Nucleus (rok: 2017, tom: 8(5), strony: 447-448), Wydawca: Taylor and Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/19491034 - link do publikacji
  7. Changes in lipid membrane mechanics induced by di- and tri-phenyltins. IF: 3,498
    Autorzy:
    Przybyło M, Drabik D, Szostak K, Borowik T, Klösgen B, Dobrucki J, Sikorski AF, Langner M.
    Czasopismo:
    Biochimica Biophysica Acta - Biomembranes (rok: 2017, tom: 1859(8), strony: 1301-1309), Wydawca: Elsevier Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbamem.2017.04.025 - link do publikacji
  8. Low level phosphorylation of histone H2AX on serine 139 (γH2AX) is not associated with DNA double-strand breaks IF: 5,008
    Autorzy:
    Rybak P, Hoang A, Bujnowicz L, Bernas T, Berniak K, Zarębski M, Darzynkiewicz Z, Dobrucki J
    Czasopismo:
    Oncotarget (rok: 2016, tom: 7(31), strony: 49574-49587), Wydawca: Impact Journals
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.18632/oncotarget.10411 - link do publikacji
  9. Quantitative super-resolution localization microscopy of DNA in situ using Vybrant® DyeCycle™ Violet fluorescent probe
    Autorzy:
    Żurek-Biesiada D, Szczurek AT, Prakash K, Best G, Mohana GK, Lee HK, Roignant JY, Dobrucki JW, Cremer C, Birk U.
    Czasopismo:
    Data in Brief (rok: 2016, tom: 7, strony: 157-71), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.dib.2016.01.041 - link do publikacji
  10. Toll-Like Receptor 4, but Not Neutrophil Extracellular Traps, Promote IFN Type I Expression to Enhance Th2 Responses to Nippostrongylus brasiliensis IF: 6,429
    Autorzy:
    Pellefigues C, Tang SC, Schmidt A, White RF, Lamiable O, Connor LM, Ruedl C, Dobrucki J, Le Gros G, Ronchese F
    Czasopismo:
    Frontiers in Immunology (rok: 2017, tom: 8, strony: 1575), Wydawca: Frontiers Media S.A.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fimmu.2017.01575 - link do publikacji
  11. Two stages of XRCC1 recruitment and two classes of XRCC1 foci formed in response to low level DNA damage induced by visible light, or stress triggered by heat shock IF: 3,929
    Autorzy:
    Solarczyk KJ, Kordon M, Berniak K, Dobrucki JW.
    Czasopismo:
    DNA Repair (rok: 2016, tom: 37, strony: 44916), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
  12. PML-like subnuclear bodies, containing XRCC1, juxtaposed to DNA replication-based single-strand breaks IF: 5,595
    Autorzy:
    Magdalena M. Kordon, Aleksander Szczurek, Krzysztof Berniak, Oskar Szelest, Kamil Solarczyk, Magdalena Tworzydło, Sebastian Wachsmann-Hogiu, Anne Vaahtokari, Christoph Cremer, Thoru Pederson, Jurek W. Dobrucki
    Czasopismo:
    FASEB Journal (rok: 2019, tom: 33(2), strony: 2301-2313), Wydawca: Federation of American Societies For Experimental Biology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1096/fj.201801379R - link do publikacji
  13. UV-induced spectral shift and protonation of DNA fluorescent dye Hoechst 3325 IF: 1,927
    Autorzy:
    Żurek-Biesiada D, Waligórski P, Dobrucki JW.
    Czasopismo:
    Journal of Fluorescence (rok: 2014, tom: 24(6), strony: 1791-1801), Wydawca: Spinger
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s10895-014-1468-y - link do publikacji
  14. Human SUV3 helicase regulates growth rate of the HeLa cells and can localize in the nucleoli. IF: 1,159
    Autorzy:
    Szewczyk M, Fedoryszak-Kuśka N, Tkaczuk K, Dobrucki J, Waligórska A, Stępień PP.
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2017, tom: 64(1), strony: 177-181), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.18388/abp.2016_1419 - link do publikacji
  15. Subnuclear localization, rates and effectiveness of UVC-induced unscheduled DNA synthesis visualized by fluorescence widefield, confocal and super-resolution microscopy IF: 3,952
    Autorzy:
    Pierzyńska-Mach A, Szczurek A, Cella Zanacchi F, Pennacchietti F, Drukała J, Diaspro A, Cremer C, Darzynkiewicz Z, Dobrucki JW
    Czasopismo:
    Cell Cycle (rok: 2016, tom: 15(8), strony: 1156-67), Wydawca: Taylor and Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15384101.2016.1158377 - link do publikacji
  16. Super-resolution binding activated localization microscopy through reversible change of DNA conformation IF: 3,13
    Autorzy:
    Szczurek A, Birk U, Knecht H, Dobrucki J, Mai S, Cremer C
    Czasopismo:
    Nucleus (rok: 2018, tom: 9 (1), strony: 182-189), Wydawca: Taylor and Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/19491034.2017.1419846 - link do publikacji