Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Projektowanie, parametryzacja i wprowadzenie potencjałów oddziaływań łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie z zastosowaniem wieloskalowych symulacji białek

2013/10/E/ST4/00755

Słowa kluczowe:

potencjał średniej siły dynamika molekularna łańcuchy boczne białek model UNRES łańcucha polipetydowego O-fosforylowane aminokwasy siła jonowa

Deskryptory:

  • ST4_4: Struktura i architektura molekularna
  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Mariusz Makowski 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA BIS 3 - ogłoszony 2013-06-14

Przyznana kwota: 595 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-05-05

Zakończenie projektu: 2018-05-04

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. 20 nodów z 12-rdzeniowym procesorem Intel Xenon. Za kwotę 200 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (10)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water IF: 3,337
    Autorzy:
    M. Wiśniewska, E. Sobolewski, S. Ołdziej, A. Liwo, H.A. Scheraga, M. Makowski
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2015, tom: 119, strony: 8526-8534), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.5b04782 - link do publikacji
  2. A Unified Coarse-Grained Model of Biological Macromolecules Based on Mean-Field Multipole-Multipole Interactions IF: 1,687
    Autorzy:
    A. Liwo, M. Baranowski, C. Czaplewski, E. Gołaś, Y. He, D. Jagieła, P. Krupa, M. Maciejczyk, M. Makowski, M. Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, A.K. Sieradzan, R. Ślusarz, T. Wirecki, Y. Yin, B. Zaborowski
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Modelling (rok: 2014, tom: 20, strony: 2306), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-014-2306-5 - link do publikacji
  3. Introduction of Phosphorylated Residues into the UNRES Coarse- Grained Model: Toward Modeling of Signaling Processes IF: 3,337
    Autorzy:
    A. K. Sieradzan, M. Bogunia, P. Mech, R. Ganzynkowicz, A. Giełdoń, A. Liwo, M. Makowski
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 5721-5729), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.9b03799 - link do publikacji
  4. Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. VII. Charged – hydrophobic/polar and polar – hydrophobic/polar side chains. IF: 3,337
    Autorzy:
    M. Makowski, A. Liwo, H.A, Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 379-390), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.6b08541 - link do publikacji
  5. Theoretical studies on the anionic association of phenol and its derivatives in acetonitrile IF: 1,602
    Autorzy:
    M. Wiśniewska, M. Makowski
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Strcuture (rok: 2014, tom: 1076, strony: 165-173), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.molstruc.2014.07.056 - link do publikacji
  6. A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. I. Backbone potentials of coarse-grained polypeptide chains IF: 2,965
    Autorzy:
    A. K. Sieradzan, M. Makowski, A. Augustynowicz, A. Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2017, tom: 146, strony: 124106), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4978680 - link do publikacji
  1. Physics-based interaction potentials of O-phosphorylated serine and hydrophobic side-chains of amino acids for coarse-grained force-fields
    Autorzy:
    M. Wiśniewska, A. Bartosik, M. Ogryzek, M. Makowski
    Konferencja:
    The First Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches", KIAS, Seoul, Korea (rok: 2015, ), Wydawca: KIAS
    Data:
    konferencja 24-28 May
    Status:
    Opublikowana
  2. Side chain – side chain interaction potentials
    Autorzy:
    M. Makowski, A. Liwo, H. A. Scheraga
    Konferencja:
    The First Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches, KIAS, Seoul, Korea (rok: 2015, ), Wydawca: KIAS
    Data:
    konferencja 24-28 May
    Status:
    Opublikowana
  3. Poszukiwania analitycznych wyrażeń opisujących oddziaływania O-fosforylowanych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych z aminokwasami
    Autorzy:
    M. Makowski, A. Liwo, H. A. Scheraga
    Konferencja:
    58 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Gdańsku, Gdańsk (rok: 2015, ), Wydawca: PTCH
    Data:
    konferencja 21-25 wrzesień
    Status:
    Opublikowana
  4. "On the Development of Side Chain - Side Chain Interaction Potentials in Amino Acids to Be Used for Protein-Folding."
    Autorzy:
    Mariusz Makowski
    Konferencja:
    BIT's 6th Annual Conference of AnalytiX-2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Analytix
    Data:
    konferencja 26-28.03
    Status:
    Opublikowana
  5. ODDZIAŁYWANIA POMIĘDZY O-FOSFORYLOWANYMI AMINOKWASAMI A MODELAMI ŁAŃCUCHÓW BOCZNYCH RESZT AMINOKWASOWYCH W WODZIE - STUDIA TEORETYCZNE
    Autorzy:
    Robert Ganzynkowicz, Adam Liwo, Mariusz Makowski
    Konferencja:
    60. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego (rok: 2017, ), Wydawca: PTCH
    Data:
    konferencja 17-21 września
    Status:
    Opublikowana
  6. Potencjał oddziaływań pomiędzy O-fosforylowaną tyrozyną a modelami polarnych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie.
    Autorzy:
    R. Ganzynkowicz, A. Głębocka, A. Liwo, M. Makowski
    Konferencja:
    59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Poznaniu (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Data:
    konferencja 19-23 wrzesień
    Status:
    Opublikowana
  7. Analytical Formulas for the Potentials of Mean Force of the Interaction of O-phosphorylated and Hydrophobic Amino-Acid Side Chains in Water
    Autorzy:
    M. Wiśniewska, A. Liwo, M. Makowski
    Konferencja:
    19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – RECOMB 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: RECOMB
    Data:
    konferencja April 12-15
    Status:
    Opublikowana
  8. Simple analytical formulas for the potentials of mean force of interactions between O-phosphorylated and hydrphobic amino-acid side-chain models in water
    Autorzy:
    R. Ganzynkowicz, A. Głębocka, A. Liwo, M. Makowski
    Konferencja:
    Second Polish-Korean Conference on Protein Folding, "Theoretical and Experimental Approaches" (rok: 2016, ), Wydawca: UG
    Data:
    konferencja 28.05-01.06
    Status:
    Opublikowana
  9. Potencjał opisujący oddziaływania pomiędzy O-fosforylowanymi aminokwasami z modelami hydrofobowych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie.
    Autorzy:
    M. Makowski, A. Głębocka, R. Ganzynkowicz, A. Liwo
    Konferencja:
    59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Poznaniu (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Data:
    konferencja 19-23 wrzesień
    Status:
    Opublikowana
  10. Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. Polar-polar/hydrophobic side-chains
    Autorzy:
    A. Głębocka, P. Mech, M. Bogunia, M. Ogryzek, A. Chylewska, A. Liwo, M. Makowski
    Konferencja:
    Central European School on Physical Organic Chemistry "Movement in Chemistry" (rok: 2016, ), Wydawca: UWr
    Data:
    konferencja 6-10 June
    Status:
    Opublikowana
  1. Physics-based modeling of side chain –side chain interactions in the UNRES force field".
    Autorzy:
    Mariusz Makowski
    Książka:
    Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2019, ), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Przyjęta do publikacji