Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zostosowanie wysoko wydajnych metod obliczeniowych do modelowania dynamiki dywersyfikacji hemaglutyniny wirusa grypy

2013/09/B/NZ2/00121

Słowa kluczowe:

bioinformatyka genomika grypa epidemiologia struktura białek analiza sekwencyjna

Deskryptory:

  • NZ2_1: Genetyka molekularna
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_11: Epidemiologia genetyczna

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Dariusz Plewczyński 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 5 - ogłoszony 2013-03-15

Przyznana kwota: 987 900 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-02-17

Zakończenie projektu: 2017-09-16

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Jednostka obliczeniowa, który będzie używana jako serwer internetowy oraz prototyp rozwiązania w większej skali.. Za kwotę 20 000 PLN
  2. komputery robocze dla wykonawców projektu.
  3. Oprogramowanie biomolekularne do dokowania: GOLD lub podobne, o tej samej, porównywalnej lub lepszej funkcjonalności.. Za kwotę 24 000 PLN
  4. Komputery robocze dla wykonawców projektu (3 szt.). Za kwotę 45 000 PLN
  5. Komputery mobilne dla wykonawców projektu (3 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  6. Oprogramowanie biomolekularne Schrodiner lub podobne, o tej samej, porównywalnej lub lepszej funkcjonalności.. Za kwotę 29 000 PLN
  7. oprogramowanie biomolekularne Tripos Sybyl i/lub Accelrys Discovery Studio lub podobne, o tej samej, porównywalnej lub lepszej funkcjonalności.. Za kwotę 25 000 PLN
  8. oprogramowanie biomolekularne eHiTS lub podobne, o tej samej, porównywalnej lub lepszej funkcjonalności.. Za kwotę 31 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (20)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
  • Publikacje książkowe (4)
  1. An integrated 3-Dimensional Genome Modeling Engine for data-driven simulation of spatial genome organization IF: 11,351
    Autorzy:
    Szałaj P, Tang Z, Michalski P, Pietal MJ, Luo OJ, Sadowski M, Li X, Radew K, Ruan Y, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Genome Res (rok: 2016, tom: 26(12), strony: 1697-1709), Wydawca: CSH Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/gr.205062.116 - link do publikacji
  2. Binding Activity Prediction of Cyclin-Dependent Inhibitors IF: 3,738
    Autorzy:
    Saha I, Rak B, Bhowmick SS, Maulik U, Bhattacharjee D, Koch U, Lazniewski M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2015, tom: 55, strony: 1469-1482), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ci500633c - link do publikacji
  3. Role of the host genetic variability in the influenza A virus susceptibility IF: 1,595
    Autorzy:
    Ana Carolina Arcanjo, Giovanni Mazzocco, Silviene Fabiana de Oliveira, Dariusz Plewczynski and Jan P. Radomski
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2014, tom: 61, strony: 403-419), Wydawca: The Journal of the Polish Biochemical Society and of the Committee of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
  4. Computational Approach to Dendritic Spine Taxonomy and Shape Transition Analysis IF: 2,653
    Autorzy:
    Bokota G, Magnowska M, Kuśmierczyk T, Łukasik M, Roszkowska M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Front Comput Neurosci (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: Frontiers Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fncom.2016.00140 - link do publikacji
  5. Detecting reliable non interacting proteins (NIPs) significantly enhancing the computational prediction of protein-protein interactions using machine learning methods IF: 3,21
    Autorzy:
    Srivastava A, Mazzocco G, Kel A, Wyrwicz LS, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Molecular BioSystems (rok: 2016, tom: 12, strony: 778-785), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C5MB00672D - link do publikacji
  6. Mapping of the influenza A hemagglutinin serotypes evolution by the ISSCOR method IF: 1,595
    Autorzy:
    Jan Radomski ,Piotr Słonimski ,Włodzimierz Zagórski-Ostoja ,Piotr Borowicz
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2014, tom: 61, strony: 441-451), Wydawca: The Journal of the Polish Biochemical Society and of the Committee of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
  7. RNA structure interactions and ribonucleoprotein processes of the influenza A virus IF: 4,098
    Autorzy:
    Dawson W, Lazniewski M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Brief Funct Genomics (rok: 2018, tom: 17(6), strony: 402-414), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elx028 - link do publikacji
  8. Social adaptation in multi-agent model of linguistic categorization is affected by network information flow IF: 2,806
    Autorzy:
    Julian Zubek, Michał Denkiewicz, Juliusz Barański, Przemysław Wróblewski, Joanna Rączaszek-Leonardi, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2017, tom: 12(8), strony: e0182490), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0182490 - link do publikacji
  9. The structural variability of the influenza A hemagglutinin receptor binding site IF: 4,098
    Autorzy:
    Michal Lazniewski, Wayne K Dawson, Teresa Szczepińska , Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Briefings in Functional Genomics (rok: 2018, tom: 17(6), strony: 415-427), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elx042 - link do publikacji
  10. 3D-GNOME: an integrated web service for structural modeling of the 3D genome IF: 9,202
    Autorzy:
    Szalaj P, Michalski PJ, Wróblewski P, Tang Z, Kadlof M, Mazzocco G, Ruan Y, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res (rok: 2016, tom: 44, strony: 288-293), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw437 - link do publikacji
  11. 3DFlu: database of sequence and structural variability of the influenza hemagglutinin at population scale IF: 4,2
    Autorzy:
    Mazzocco G, Lazniewski M, Migdał P, Szczepińska T, Radomski JP, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Database (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/database/baw130 - link do publikacji
  12. CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription IF: 35,532
    Autorzy:
    Tang Z, Luo OJ, Li X, Zheng M, Zhu JJ, Szalaj P, Trzaskoma P, Magalska A, Wlodarczyk J, Ruszczycki B, Michalski P, Piecuch E, Wang P, Wang D, Tian SZ, Penrad-Mobayed M, Sachs LM, Ruan X, Wei CL, Liu ET, Wilczynski GM, Plewczynski D, Li G, Ruan Y.
    Czasopismo:
    Cell (rok: 2015, tom: 163, strony: 1611-1627), Wydawca: Elsevier Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.cell.2015.11.024 - link do publikacji
  13. Computational inference of H3K4me3 and H3K27ac domain length IF: 2,1
    Autorzy:
    Zubek J, Stitzel ML, Ucar D, Plewczynski D
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2016, tom: -, strony: -), Wydawca: PeerJ Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.1750 - link do publikacji
  14. Ensemble learning prediction of protein-protein interactions using proteins functional annotations IF: 3,183
    Autorzy:
    Saha I, Zubek J, Klingström T, Forsberg S, Wikander J, Kierczak M, Maulik U, Plewczynski D.
    Czasopismo:
    Mol Biosyst (rok: 2014, tom: 10, strony: 820), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c3mb70486f - link do publikacji
  15. Novel neuro-audiological findings and further evidence for TWNK involvement in Perrault syndrome IF: 3,694
    Autorzy:
    Ołdak M, Oziębło D, Pollak A, Stępniak I, Lazniewski M, Lechowicz U, Kochanek K, Furmanek M, Tacikowska G, Plewczynski D, Wolak T, Płoski R, Skarżyński H
    Czasopismo:
    J Trans Med (rok: 2017, tom: 15(1), strony: -), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12967-017-1129-4 - link do publikacji
  16. 3gClust: Human Protein Cluster Analysis IF: 2,428
    Autorzy:
    Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Plewczynski D, Basu S.
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform (rok: 2018, tom: -, strony: 44562), Wydawca: IEEE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2018.2840996 - link do publikacji
  17. A combined systems and structural modeling approach repositions antibiotics for Mycoplasma genitalium IF: 1,441
    Autorzy:
    Kazakiewicz D, Karr JR, Langner KM, Plewczynski D
    Czasopismo:
    Computational Biology and Chemistry (rok: 2015, tom: 59, strony: 91-97), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiolchem.2015.07.007 - link do publikacji
  18. Multi-level machine learning prediction of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae IF: 2,1
    Autorzy:
    Zubek J, Tatjewski M, Boniecki A, Mnich M, Basu S, Plewczynski D.
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2015, tom: -, strony: -), Wydawca: PeerJ Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.1041 - link do publikacji
  19. PDP-CON: prediction of domain/linker residues in protein sequences using a consensus approach. IF: 1,438
    Autorzy:
    Chatterjee P, Basu S, Zubek J, Kundu M, Nasipuri M, Plewczynski D
    Czasopismo:
    J Mol Model (rok: 2016, tom: 22(4), strony: 22-72), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-016-2933-0 - link do publikacji
  20. The Proline-Rich Region of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Human Sperm May Bind SH3 Domains, as Revealed by a Bioinformatic Study of Low-Complexity Protein Segments IF: 2,812
    Autorzy:
    Marcin Tatjewski, Aleksandra Gruca, Dariusz Plewczynski, Marcin Grynberg
    Czasopismo:
    Molecular Reproduction & Development (rok: 2016, tom: 83, strony: 144-148), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/mrd.22606 - link do publikacji
  1. Evaluating multi-level machine learning prediction of protein-protein interactions
    Autorzy:
    Julian Zubek, Marcin Tatjewski, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    2nd Conference of the Project Information Technologies: research and their interdisciplinary applications" (rok: 2015, ), Wydawca: Instytut Podstaw Informatyki PAN
    Data:
    konferencja 22-24.10.2015
    Status:
    Opublikowana
  2. MaER: A New Multiclass Classifier for BindingActivity Prediction of HLA Class II Proteins
    Autorzy:
    Mazzocco G, Bhowmick S.S., Saha I., Maulik U., Bhattacharjee D., and Plewczynski D.
    Konferencja:
    PReMI: 6th International Conference on Pattern Recognition and Machine Intelligence (rok: 2015, ), Wydawca: Springer in Lecture Notes in Computer Science
    Data:
    konferencja 30/6-3/7
    Status:
    Opublikowana
  3. Distributional Proteomics: Modelling amino acid relationships by measuring their patterns of statistical occurrence across proteins
    Autorzy:
    Marcin Tatjewski, Dariusz Plewczynski
    Konferencja:
    2nd Conference of the Project Information Technologies: research and their interdisciplinary applications" (rok: 2015, ), Wydawca: Instytut Podstaw Informatyki PAN
    Data:
    konferencja 22-24.10.2015
    Status:
    Opublikowana
  1. Analysis of Structural Chromosome Variants by Next Generation Sequencing Methods
    Autorzy:
    Plewczynski D, Gruca S, Szałaj P, Gulik K, de Oliveira SF and Malhotra A.
    Książka:
    Clinical Applications for Next-Generation Sequencing (rok: 2015, tom: -, strony: 39-61), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
  2. PDP-RF: Protein Domain Boundary Prediction Using Random Forest Classifier
    Autorzy:
    Piyali Chatterjee, Subhadip Basu, Julian Zubek, Mahantapas Kundu, Mita Nasipuri, Dariusz Plewczynski
    Książka:
    Pattern Recognition and Machine Intelligence in the series of Lecture Notes in Computer Science (rok: 2015, tom: 9124, strony: 441-450), Wydawca: Springer International Publishing
    Status:
    Opublikowana
  3. Analysis of Next-Generation Sequencing Data of miRNA for the Prediction of Breast Cancer
    Autorzy:
    Indrajit Saha, Shib Sankar Bhowmick, Filippo Geraci, Marco Pellegrini, Debotosh Bhattacharjee, Ujjwal Maulik, Dariusz Plewczynski
    Książka:
    SEMCCO 2015: Swarm, Evolutionary, and Memetic Computing in Lecture Notes in Computer Science book series (LNCS) (rok: 2015, tom: 9873, strony: 116-127), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  4. Predicting Post-Translational Modifications from Local Sequence Fragments Using Machine Learning Algorithms: Overview and Best Practices
    Autorzy:
    Tatjewski M, Kierczak M, Plewczynski D
    Książka:
    Prediction of Protein Secondary Structure (rok: 2016, tom: 1484, strony: 275-300), Wydawca: Springer Protocols
    Status:
    Opublikowana