Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Strukturalnie zdefiniowane oligonukleotydy. Badania struktury oraz uwarunkowań strukturalnych oddziaływań i funkcji RNA

2013/08/A/ST5/00295

Słowa kluczowe:

modyfikowane oligonukleotydy struktura i funkcja RNA NMR rybozymy termodynamika RNA powtórzenia RNA mapowanie RNA

Deskryptory:

  • ST5_16: Chemia biologiczna
  • ST5_11: Synteza biomateriałów
  • ST5_23: Chemia organiczna

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Ryszard Kierzek 

Liczba wykonawców projektu: 14

Konkurs: MAESTRO 4 - ogłoszony 2012-12-15

Przyznana kwota: 2 997 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-08-28

Zakończenie projektu: 2019-08-27

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Ph-metr z elektoodą.
  2. Termomikser.
  3. Spektrofotometr Nanodrop One.
  4. pakiet oprogramowania do przewidywania widm NMR (C/H/N/P/F - 1D i H/C/N - 2D). Za kwotę 60 000 PLN
  5. termomikser z blokiem wymiennym (2 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  6. aparat sekwencyjny do elektoforezy z zasilaczem. Za kwotę 25 000 PLN
  7. wirówka z chłodzeniem i rotorami. Za kwotę 35 000 PLN
  8. zasilacz do elektroforezy wysokonapięciowej. Za kwotę 9 000 PLN
  9. zestaw komputerowy (komputer, monitor, drukarka). (2 szt.). Za kwotę 14 000 PLN
  10. aparat do pomiaru suchości rozpszczalników organicznych (kulometr). Za kwotę 55 000 PLN
  11. kaseta z ekranem do fosforimigera firmy Fuji (2 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  12. komora inkubacyjna.
  13. naczynie do przechowywania ciekłego azotu typu dewar. Za kwotę 8 000 PLN
  14. pompa olejowa wysokiej próżni. Za kwotę 10 000 PLN
  15. spektrofotometr typu nanodrop. Za kwotę 70 000 PLN
  16. sterownik do syntetyzera RNA/DNA. Za kwotę 20 000 PLN
  17. system próżniowy z pompą membranową (2 szt.). Za kwotę 50 000 PLN
  18. Zasilacz do elektroforezy niskonapięciowe. Za kwotę 9 000 PLN
  19. gradientowy aparat typu PCR. Za kwotę 60 000 PLN
  20. laboratoryjna waga analityczna. Za kwotę 7 000 PLN
  21. wyparka rotacyjna (typu speed-vac), z rotorami, wymrażalnikiem i pompą olejową. Za kwotę 80 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (27)
  1. Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biology, 12, 330-342 (2015) IF: 4,974
    Autorzy:
    J. Lisowiec, D. Magner, E. Kierzek, E. Lenatrowicz, R. Kierzek RNA. RNA Biology, 12, 330-342 (2015)
    Czasopismo:
    RNA Biology, 12, 330-342 (2015) (rok: 2015, tom: 12, strony: 330-342), Wydawca: TAYLOR & FRANCIS INC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15476286.2015.1017214 - link do publikacji
  2. A Disease-Causing Intronic Point Mutation C19G Alters Tau Exon 10 Splicing via RNA Secondary Structure Rearrangement. IF: 2,952
    Autorzy:
    J. Tan, L. Yang, A.L. Ong, J. Shi, Z. Zhong, M.L. Lye, S. Liu, J. Lisowiec-Wachnicka, R. Kierzek, X. Roca, G. Chen,
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2019, tom: 58, strony: 1565-1578), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.9b00001 - link do publikacji
  3. Distinctive structural motifs of RNA G-quadruplexes composed of AGG, CGG and UGG trinucleotide repeats. IF: 8,808
    Autorzy:
    M. Malgowska, D. Gudanis, R. Kierzek, E. Wyszko, V. Gabelica, Z. Gdaniec
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 10196-10207), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku710 - link do publikacji
  4. Influence of mismatched and bulged nucleotides on SNP preferential RNase H cleavage of RNA-antisense gapmer heteroduplexes. IF: 4,847
    Autorzy:
    D. Magner, E. Biala, J. Lisowiec-Wachnicka, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 12532), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-15317-5 - link do publikacji
  5. RNA Secondary Structure Motifs of the Influenza A Virus as Targets for siRNA-Mediated RNA Interference. IF: 7,032
    Autorzy:
    J. Piasecka, E. Lenartowicz, M. Soszynska-Jozwiak, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Molecular Therapy-Nucleic Acids (rok: 2020, tom: 19, strony: 627-642), Wydawca: CELL PRESS, 50 HAMPSHIRE ST, FLOOR 5, CAMBRIDGE, MA 02139 USA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.omtn.2019.12.018 - link do publikacji
  6. The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs. IF: 8,808
    Autorzy:
    E. Kierzek, M.Malgowska, J. Lisowiec, D.H. Turner, Z. Gdaniec and R. Kierzek
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 3492-3501), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkt1330 - link do publikacji
  7. Thermodynamic Features of Structural Motifs Formed by beta-L-RNA IF: 3,535
    Autorzy:
    Szabat M, Gudanis D, Kotkowiak W, Gdaniec Z, Kierzek R, Pasternak A
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0149478), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0149478 - link do publikacji
  8. Thermodynamic and structural contributions of the 6-thioguanosine residue to helical properties of RNA. IF: 4,525
    Autorzy:
    M. Gładysz, W. Andralojc, T. Czapik, Z. Gdaniec, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 4385), Wydawca: Nature Publishing group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-40715-2 - link do publikacji
  9. A Tandem Oligonucleotide Approach for SNP-Selective RNA Degradation Using Modified Antisense Oligonucleotides IF: 3,234
    Autorzy:
    D. Magner, E. Biala, J. Lisowiec-Wachnicka, E. Kierzek, R. Kierzek,
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0142139 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0142139), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0142139 - link do publikacji
  10. Influenza virus segment 5 (+) RNA - secondary structure and new targets for antiviral strategies. IF: 4,847
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, J. Kesy, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 15041), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s44598-017-15317-5 - link do publikacji
  11. A Conserved Secondary Structural Element in the Coding Region of the Influenza A Virus Nucleoprotein (NP) mRNA Is Important for the Regulation of Viral Proliferation IF: 3,234
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, E. Kierzek,
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0141132 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0141132), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0141132 - link do publikacji
  12. Modified RNA triplexes: Thermodynamics, structure and biological potential IF: 4,609
    Autorzy:
    Szabat, M; Kierzek, E; Kierzek, R
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 13023), Wydawca: NATURE PUBLISHING GROUP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-31387-5 - link do publikacji
  13. Secondary structure model of the naked segment 7 influenza A virus genomic RNA IF: 4,116
    Autorzy:
    Ruszkowska A, Lenartowicz E, Moss WN, Kierzek R, Kierzek E
    Czasopismo:
    Biochemical Journal (rok: 2016, tom: 473, strony: 4327-4348), Wydawca: PORTLAND PRESS LTD
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BCJ20160651 - link do publikacji
  14. Secondary structure of the segment 5 genomic RNA of influenza A virus and its application for designing antisense oligonucleotides. IF: 4,525
    Autorzy:
    P. Michalak, M. Soszyńska-Jozwiak, E. Biała, W.N. Moss, J. Kęsy, B. Szutkowska, E. Lenartowicz, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 3801), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-40443-7 - link do publikacji
  15. Structural Aspects of the Antiparallel and Parallel Duplexes Formed by DNA, 2'-O-Methyl RNA and RNA Oligonucleotides IF: 3,234
    Autorzy:
    M. Szabat; T. Pedzinski, T. Czapik, E. Kierzek, R. Kierzek
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0143354 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0143354), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0143354 - link do publikacji
  16. Structural characterization of a dimer of RNA duplexes composed of 8-bromoguanosine modified CGG trinucleotide repeats: a novel architecture of RNA quadruplexes IF: 8,647
    Autorzy:
    Gudanis D, Popenda L, Szpotkowski K, Kierzek R, Gdaniec Z
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 2409-2416), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkv1534 - link do publikacji
  17. Unraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3' terminus. IF: 4,979
    Autorzy:
    W. Andralojc, M. Malgowska, J. Sarzynska, K. Pasternak, K. Szpotkowski, R. Kierzek, Z. Gdaniec
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2019, tom: 25, strony: 121-134), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.068163.118 - link do publikacji
  18. The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing IF: 4,932
    Autorzy:
    N. Bartys, R. Kierzek, J. Lisowiec-Wachnicka
    Czasopismo:
    Biochimica Biophysica Acta (rok: 2019, tom: 1862, strony: 194401), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbagrm.2019.07.002 - link do publikacji
  19. Microarrays for identifying binding sites and probing structure of RNAs. IF: 9,112
    Autorzy:
    R. Kierzek, D.H. Turner, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2015, tom: 43, strony: 44573), Wydawca: Oxford Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku1303 - link do publikacji
  20. Antisense Oligonucleotides Targeting Influenza A Segment 8 Genomic RNA Inhibit Viral Replication IF: 3,041
    Autorzy:
    Lenartowicz E, Nogales A, Kierzek E, Kierzek R, Martinez-Sobrido L, Turner DH,
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Therapeutics (rok: 2016, tom: 26, strony: 277-285), Wydawca: MARY ANN LIEBERT, INC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/nat.2016.0619 - link do publikacji
  21. Computational and NMR studies of RNA duplexes with an internal pseudouridine-adenosine base pair IF: 4,576
    Autorzy:
    I. Deb, L. Popenda, J. Sarzynska, M. Małgowska, A. Lahiri, Z. Gdaniec, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 16278), Wydawca: ATURE PUBLISHING GROUP, MACMILLAN BUILDING, 4 CRINAN ST, LONDON N1 9XW, ENGLAND
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-52637-0 - link do publikacji
  22. High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr(3+) cations. IF: 2,538
    Autorzy:
    P. Drożdżal, M. Gilski, R. Kierzek, L. Łomozik M. Jaskólski
    Czasopismo:
    J. Biol. Inorgan. Chem. (rok: 2015, tom: 20, strony: 595-602), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00775-015-1247-5 - link do publikacji
  23. Molecular dynamics correctly models the unusual major conformation of the GAGU RNA internal loop and with NMR reveals an unusual minor conformation IF: 4,874
    Autorzy:
    Spasic, A; Kennedy, SD; Needham, L; Manoharan, M; Kierzek, R; Turner, DH ; Mathews, DH
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2018, tom: 24, strony: 656-672), Wydawca: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.064527.117 - link do publikacji
  24. Parallel-stranded DNA and RNA duplexes - structural features and potential applications. IF: 4,129
    Autorzy:
    M. Szabat, R. Kierzek
    Czasopismo:
    FEBS Journal (rok: 2017, tom: 284, strony: 3986-3998), Wydawca: Wiley (FEBS Press)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1111/febs.14187 - link do publikacji
  25. Self-Folding of Naked Segment 8 Genomic RNA of Influenza A Virus IF: 3,535
    Autorzy:
    Lenartowicz E, Kesy J, Ruszkowska A, Soszynska-Jozwiak M, Michalak P, Moss WN, Turner DH, Kierzek R, Kierzek E
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0148281), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0148281 - link do publikacji
  26. Small Molecule Rescue and Glycosidic Conformational Analysis of the Twister Ribozyme IF: 2,865
    Autorzy:
    K.J. Messina, R. Kierzek, M.A. Tracey, P.C. Bevilacqua
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2019, tom: 58, strony: 4857-4868), Wydawca: AMER CHEMICAL SOC, 1155 16TH ST, NW, WASHINGTON, DC 20036 USA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.9b00742 - link do publikacji
  27. Stabilization of RNA hairpins using non-nucleotide linkers and circularization. IF: 9,338
    Autorzy:
    A. Kiliszek, L. Blaszczyk, R. Kierzek, W. Rypniewski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: e92), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx122 - link do publikacji