Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wpływ zawęźlonej struktury na funkcje białek i przewidywanie struktur białek

2012/07/E/NZ1/01900

Słowa kluczowe:

białka zawęźlone funkcja białek przywidywanie struktury białek ewolucja symulacje komputerowe

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • ST1_6: Topologia

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Joanna Sułkowska 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: SONATA BIS 2 - ogłoszony 2012-09-15

Przyznana kwota: 1 480 077 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-08-29

Zakończenie projektu: 2020-01-28

Planowany czas trwania projektu: 77 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Software - oprogramowanie. Za kwotę 3 300 PLN
  2. komputery stacjonarne (2 szt.). Za kwotę 11 000 PLN
  3. dodatkowe dyski. Za kwotę 1 836 PLN
  4. switch, UPS, dyski. Za kwotę 10 000 PLN
  5. wielordzeniowe jednostki obliczeniowe (10 szt.). Za kwotę 80 000 PLN
  6. Software - oprogramowanie. Za kwotę 2 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (24)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. Complex lasso: new entangled motifs in proteins
    Autorzy:
    W Niemyska, P Dabrowski-Tumanski, M Kadlof, E Haglund, P Sułkowski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2016, tom: 6, strony: 45301), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/srep36895 - link do publikacji
  2. DCA-MOL - a PyMOL plugin to analyze direct evolutionary couplings
    Autorzy:
    AI Jarmolinska, Q Zhou, JI Sulkowska, F Morcos
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2019, tom: 59, strony: 625-629), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.8b00690 - link do publikacji
  3. Determining Critical Amino Acid contacts for knotted protein
    Autorzy:
    P. Dabrowski-Tumanski, S. Niewieczerzal and J. I. Sulkowska
    Czasopismo:
    TASK Quarterly (rok: 2014, tom: 18 No 3, strony: 323–337), Wydawca: Scientific Bulletin of the Academic Computer Center in Gdansk
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    brak - link do publikacji
  4. GapRepairer – repair structures with topological care
    Autorzy:
    AI Jarmolinska*, M Kadlof*, P Dabrowski-Tumanski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Bioniformatics (rok: 2018, tom: 34, strony: 3300–3307), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty334 - link do publikacji
  5. Genus trace reveals the topological complexity and domain structure of biomolecules
    Autorzy:
    S Zajac, C Geary, E Andersen, P Dabrowski-Tumanski, JI Sulkowska, P Sułkowski
    Czasopismo:
    Scientifical Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 45300), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-35557-3 - link do publikacji
  6. Proteins' knotty problems
    Autorzy:
    AI Jarmolinska, AP Perlinska, R Runkel, B Trefz, P Virnau, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    J Mol Biol. (rok: 2018, tom: 43, strony: 244-257), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.012 - link do publikacji
  7. Current approaches to disentangle the mystery of knotted protein folding
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, M Sklodowski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    TASK Quarterly (rok: 2016, tom: 20, strony: 361–371), Wydawca: Scientific Bulletin of the Academic Computer Center in Gdansk
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.17466/tq2016/20.4/f - link do publikacji
  8. Knotting and unknotting proteins in the chaperonin cage: effects of the excluded volume
    Autorzy:
    Szymon Niewieczerzal, Joanna I Sulkowska
    Czasopismo:
    PloS One (rok: 2017, tom: 10, strony: 23), Wydawca: PloS One
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0176744 - link do publikacji
  9. LinkProt: database collecting information about biological links
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski*, AI Jarmolinska*, W Niemyska*, E Rawdon, KC Millett, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res. (rok: 2016, tom: 45, strony: 243-249), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw976 - link do publikacji
  10. Methyl Transfer by Substrate Signaling from a Knotted Protein Fold
    Autorzy:
    T Christian*, R Sakaguchi*, AP Perlinska*, G Lahoud, T Ito, EA Taylor, S Yokoyama, JI Sulkowska, Ya-Ming Hou
    Czasopismo:
    Nature Structure & Molecular Biology (rok: 2016, tom: 23, strony: 941-948), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/nsmb.3282 - link do publikacji
  11. The APS-bracket - a topological tool to classify lasso proteins, RNAs and other tadpole-like structures.
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Reactive and Functional Polymers (rok: 2018, tom: 132, strony: 19-25), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.reactfunctpolym.2018.09.005 - link do publikacji
  12. The exclusive effects of chaperonin on the behavior of the 52 knotted proteins
    Autorzy:
    Y Zhao*, S Niewieczerzal*, P Dabrowski-Tumanski*, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    PLoS Computational Biology (rok: 2018, tom: 14, strony: e1005970), Wydawca: PloS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1005970 - link do publikacji
  13. The exclusive effects of chaperonin on the behavior of the 52 knotted proteins
    Autorzy:
    Y Zhao, S Niewieczerzal, P Dabrowski-Tumanski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Plos Computational Biology (rok: 2018, tom: 14(3), strony: e1005970), Wydawca: PloS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1005970 - link do publikacji
  14. To Tie or Not to Tie? That Is the Question
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Polymers (rok: 2017, tom: 9, strony: 454-474), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/polym9090454 - link do publikacji
  15. Protein Knotting by Active Threading of Nascent Polypeptide Chain Exiting From the Ribosome Exit Channel
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, M Piejko, S Niewieczerzal, S Stasiak, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2018, tom: 122, strony: 11616-11625), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.8b07634 - link do publikacji
  16. Defining and detecting links in chromosomes
    Autorzy:
    S Niewieczerzal, W Niemyska, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 11753), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-47999-4 - link do publikacji
  17. LassoProt: server to analyze biopolymers with lassos
    Autorzy:
    P Dąbrowski-Tumanski, W Niemyska, P Pasznik, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res (rok: 2016, tom: 44, strony: 383-389), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw308 - link do publikacji
  18. Molecular dynamics and structural comparison approach to understanding the role of the knots in proteins
    Autorzy:
    AP Perlinska, JM Macnar, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    TASK Quarterly (rok: 2016, tom: 20, strony: 373-381), Wydawca: Scientific Bulletin of the Academic Computer Center in Gdansk
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.17466/tq2016/20.4/h - link do publikacji
  19. In search of functional advantages of knots in proteins
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, A Stasiak, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    PloS One (rok: 2016, tom: 2, strony: 45305), Wydawca: PloS One
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0165986 - link do publikacji
  20. KnotProt: a database of proteins with knots and slipknots
    Autorzy:
    M. Jamroz, W. Niemyska, EJ Rawdon, A. Stasiak, KC Millett, P. Sułkowski, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res. (rok: 2015, tom: 43, strony: D306-D314), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku1059 - link do publikacji
  21. PconsFam: An interactive database of structure predictions of Pfam families
    Autorzy:
    J Lamb, AI Jarmolinska, M Michel, D Menendez Hurtado, JI Sulkowska, A Elofsson
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Biology (rok: 2019, tom: 431, strony: 2442-2448), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmb.2019.01.047 - link do publikacji
  22. PyLasso – a PyMOL plugin to identify lassos
    Autorzy:
    Aleksandra Gierut, Wanda Niemyska, Pawel Dabrowski-Tumanski, Piotr Sułkowski, and Joanna I. Sulkowska
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2017, tom: 33, strony: 3819–3821), Wydawca: Oxford
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btx493 - link do publikacji
  23. KnotGenome: A server to analyze entanglements of chromosomes
    Autorzy:
    JI Sulkowska, S Niewieczerzal, AI Jarmolinska, JT Siebert, P Virnau, W Niemyska
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: 17-24), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gky511 - link do publikacji
  24. KnotProt 2.0: A database of proteins with knots and other entangled structures
    Autorzy:
    P Dabrowski-Tumanski, P Rubach, D Goundaroulis, J Dorier, P Sułkowski, KC Millett, EJ Rawdon, A Stasiak, JI Sulkowska
    Czasopismo:
    Nucleic Acid Research (rok: 2019, tom: 47, strony: D367–D375), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gky1140 - link do publikacji
  1. Entangled Proteins: Knots, Slipknots, Links, and Lassos
    Autorzy:
    P Sulkowski, JI Sulkowska
    Książka:
    The Role of Topology in Materials (rok: 2018, tom: 189, strony: 201-226), Wydawca: Sringer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  2. TrmD: A Methyl Transferase for tRNA Methylation With m1G37
    Autorzy:
    Ya-MIng Hou, Ryuma Matsubara, Ryuichi Takase, Isao Masuda, Joanna I. Sulkowska
    Książka:
    The Enzyme (rok: 2017, tom: 41, strony: 89-115), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy