Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Badanie możliwości i ograniczeń zastosowania sieci Petriego do modelowania i analizy złożonych systemów biologicznych na przykładzie procesu powstawania i rozwoju miażdżycy w organizmie człowieka

2012/07/B/ST6/01537

Słowa kluczowe:

sieci Petriego złożone systemy biologiczne modelowanie miażdżyca

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • NZ2_9: Biologia systemowa

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Piotr Formanowicz 

Liczba wykonawców projektu: 12

Konkurs: OPUS 4 - ogłoszony 2012-09-15

Przyznana kwota: 684 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-07-25

Zakończenie projektu: 2017-07-24

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Stacja robocza. Za kwotę 10 000 PLN
  2. Komputer przenośny. Za kwotę 6 000 PLN
  3. Komputer stacjonarny. Za kwotę 5 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (17)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  • Publikacje książkowe (9)
  1. The study of the influence of micro-environmental signals on macrophage differentiation using a quantitative Petri net based model IF: 0,705
    Autorzy:
    Katarzyna Rżosińska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Archives of Control Sciences (rok: 2017, tom: 27, strony: 331–349), Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1515/acsc-2017-0022 - link do publikacji
  2. Usefulness of serum interleukin-18 in predicting cardiovascular mortality in patients with chronic kidney disease - systems and clinical approach IF: 5,578
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2015, tom: 5, strony: 18322), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/srep18332 - link do publikacji
  3. Selected aspects of tobacco-induced prothrombotic state, inflammation and oxidative stress - modeled and analyzed using Petri nets IF: 1,246
    Autorzy:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Mathematical Biosciences , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  4. Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems IF: 7,307
    Autorzy:
    Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Bartłomiej Szawulak, Hubert Andrzejewski, Piotr Chabelski, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2017, ), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btx492 - link do publikacji
  5. Selected aspects of essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets IF: 0,658
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Fundamenta Informaticae , Wydawca: IOS Press
    Status:
    Przyjęta do publikacji
  6. A control-theoretic aggregated model of atherosclerosis progression with particular emphasis on the role of inflammation IF: 2,113
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Jacek B. Krawczyk, Bartłomiej Perek, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Journal of Theoretical Biology , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  7. Hemojuvelin-hepcidin axis modeled and analyzed using Petri nets IF: 2,482
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Tomasz Głowacki, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Journal of Biomedical Informatics (rok: 2013, tom: 46, strony: 1030-1043), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jbi.2013.07.013 - link do publikacji
  8. Petri net based approach to modeling and analysis of selected aspects of molecular regulation of angiogenesis IF: 3,234
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Zawierucha, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2017, tom: 12, strony: e0173020), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0173020 - link do publikacji
  9. The role of iron in mechanisms of ROS-induced toxicity underlying atherosclerosis - modeled and analyzed using a Petri net-based approach IF: 1,652
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    BioSystems , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  10. The Association Of Serum Thrombomodulin With Endothelial Injuring Factors In Abdominal Aortic Aneurysm IF: 2,134
    Autorzy:
    Magdalena Budzyń-Napierala, Bogna Gryszczyńska, Maria Iskra, Wacław Majewski, Zbigniew Krasiński, Magdalena Paulina Kasprzak, Dorota Formanowicz, Krzysztof Wojciech Strzyżewski
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: Article ID 2791082), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2017/2791082 - link do publikacji
  11. A role of inflammation and immunity in essential hypertension - modeled and analyzed using Petri nets IF: 2,213
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Agnieszka Rybarczyk, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    BMC Systems Biology , Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Złożona
  12. Some aspects of modeling and analysis of complex biological systems using time Petri nets IF: 1,156
    Autorzy:
    Jakub Olszak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Techical Sciences , Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Złożona
  13. Structural analysis of a Petri net based model of oxidative stress in atherosclerosis IF: 1,048
    Autorzy:
    Adam Kozak, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    IET Systems Biology , Wydawca: The Institution of Engineering and Technology
    Status:
    Złożona
  14. Modelowanie udziału żelaza w powstawaniu miażdżycy - podejście systemowe
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Kosmos (rok: 2014, tom: 63, strony: 331-344), Wydawca: Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Mikołaja Kopernika
    Status:
    Opublikowana
  15. Advanced Oxidation Protein Products and Carbonylated Proteins as Biomarkers of Oxidative Stress in Selected Atherosclerosis-Mediated Diseases IF: 2,476
    Autorzy:
    Bogna Gryszczyńska, Dorota Formanowicz, Magdalena Budzyń, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Piotr Formanowicz, Wacław Majewski, Krzysztof Wojciech Strzyżewski, Magdalena P. Kasprzak, Maria Iskra
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: Article ID 4975264), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2017/4975264 - link do publikacji
  16. The effect of cigarette smoking on endothelial damage and atherosclerosis development - modeled and analyzed using Petri nets
    Autorzy:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Archives of Control Sciences (rok: 2017, tom: 27, strony: 211-228), Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1515/acsc-2017-0013 - link do publikacji
  17. Evaluation of the usefulness of the serum interleukin-18 levels in predicting cardiovascular mortality in non-diabetic patients with chronic kidney disease IF: 2,824
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Czasopismo:
    Clinical and Experimental Medicine (rok: 2015, tom: -, strony: -), Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona
  1. Atherosclerosis development as a complex biological phenomenon studied using Petri nets
    Autorzy:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Konferencja:
    OR2017 International Conference on Operations Research , Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 6-8 września 2017 r.
    Status:
    Złożona
  1. Metody analizy modeli systemów biologicznych opartych na czasowych sieciach Petriego
    Autorzy:
    Marcin Radom, Jakub Olszak, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja Procesów Dyskretnych. Teoria i Zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 189-203), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  2. Modelowanie i analiza uszkodzeń śródbłonka za pomocą sieci Petriego
    Autorzy:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 41-56), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  3. Hamowanie procesów w opartych na sieciach Petriego modelach systemów technicznych oraz biologicznych
    Autorzy:
    Paulina Bogusławska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 31-39), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  4. Ilościowy model procesu różnicowania makrofagów oparty na sieciach Petriego
    Autorzy:
    Katarzyna Rżosinska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 205-216), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  5. Kombinatoryczne aspekty analizy t-niezmienników w modelach systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego
    Autorzy:
    Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 65-76), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  6. Metody analizy ilościowych modeli systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego
    Autorzy:
    Marcin Radom, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 197-205), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  7. Zastosowanie sieci Petriego do modelowania i analizy złożonych systemów biologicznych
    Autorzy:
    Piotr Formanowicz, Dorota Formanowicz
    Książka:
    Inzynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania (rok: 2014, tom: 10, strony: 117-139), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Opublikowana
  8. Wykorzystanie sieci Petriego do analizy stresu oksydacyjnego towarzyszącego miażdżycy
    Autorzy:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Książka:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 83-95), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  9. Mathematical Modeling of Aortic Aneurysm Progression
    Autorzy:
    Piotr Formanowicz, Michał Nowicki, Dorota Formanowicz
    Książka:
    New Approaches to the Aortic Disease from Valve to Abdominal Bifurcation (rok: 2017, tom: nie dotyczy, strony: ), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Przyjęta do publikacji