Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Modelowanie aktywności transpozonów indukowanej stresem

2012/06/M/ST6/00438

Słowa kluczowe:

transpozon stres środowiskowy proliferacja model stochastyczny

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_11: Uczenie maszynowe, statystyczne przetwarzanie danych i zastosowanie w przetwarzaniu sygnałów

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne, m.in.:

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Anna Gambin 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: HARMONIA 3 - ogłoszony 2012-06-15

Przyznana kwota: 396 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-03-27

Zakończenie projektu: 2016-09-26

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (9)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  1. Genomic parasites or symbionts? Modeling the effects of environmental pressure on transposition activity in asexual populations. IF: 1,877
    Autorzy:
    Startek M, Le Rouzic A, Capy P, Grzebelus D, Gambin A.
    Czasopismo:
    Theoretical Population Biology (rok: 2013, tom: 90, strony: 145-151), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.tpb.2013.07.004 - link do publikacji
  2. MuTAnT: a family of Mutator-like transposable elements targeting TA microsatellites in Medicago truncatula. IF: 1,4
    Autorzy:
    Stawujak K, Startek M, Gambin A, Grzebelus D
    Czasopismo:
    Genetica (rok: 2015, tom: 143(4), strony: 433-440), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s10709-015-9842-5 - link do publikacji
  3. Recurrent HERV-H-mediated 3q13.2-q13.31 deletions cause a syndrome of hypotonia and motor, language, and cognitive delays. IF: 5,213
    Autorzy:
    Shuvarikov A, Campbell IM, Dittwald P, Neill NJ, Bialer MG, Moore C, Wheeler PG, Wallace SE, Hannibal MC, Murray MF, Giovanni MA, Terespolsky D, Sodhi S, Cassina M, Viskochil D, Moghaddam B, Herman K, Brown CW, Beck CR, Gambin A, Cheung SW, Patel A, Lamb AN, Shaffer LG, Ellison JW, Ravnan JB, Stankiewicz P, Rosenfeld JA.
    Czasopismo:
    Human Mutation (rok: 2013, tom: 34(10), strony: 1415-1423.), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/humu.22384. - link do publikacji
  4. Leaf and Plant Age Affects Photosynthetic Performance and Photoprotective Capacity IF: 6,456
    Autorzy:
    Ludwik W. Bielczynski, Mateusz K. Łącki, Iris Hoefnagels, Anna Gambin, Roberta Croce
    Czasopismo:
    Plant Physiology (rok: 2017, tom: 175(4), strony: 1634-1648), Wydawca: American Society of Plant Biologists
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1104/pp.17.00904 - link do publikacji
  5. Genome-wide analyses of LINE-LINE-mediated nonallelic homologous recombination IF: 8,808
    Autorzy:
    Startek M, Szafranski P, Gambin T, Campbell IM, Hixson P, Shaw CA, Stankiewicz P, Gambin A.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Res (rok: 2015, tom: 43(4), strony: 2188-98), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gku1394 - link do publikacji
  6. Inferring transposons activity chronology by TRANScendence: TEs database and de-novo mining tool IF: 2,435
    Autorzy:
    M. Startek, J. Nogły, A. Gromadka, D. Grzebelus, A. Gambin
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2017, tom: 18 (suppl 12), strony: 422), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s12859-017-1824-4 - link do publikacji
  7. LINE and Alu genomic instability hotspot at 16q24.1 initiates recurrent DNA breaks leading to variably-sized CNV deletions causative for ACDMPV
    Autorzy:
    P. Szafranski E. Kośmider Q. Liu JA. Karolak L. Currie S. Parkash SG. Kahler E. Roeder RO. Littlejohn TS. DeNapoli FR. Shardonofsky C. Henderson G. Powers V. Poisson JL. Michaud S. Janssens K. De Coen Jo Van Dorpe A. Dheedene M.T. Harting M.D. Weaver A. M. Khan N. Tatevian J. Wambach E. Popek A. Gambin P. Stankiewicz
    Status:
    Złożone
  8. Modelling the proliferation of transposable elements in populations under environmental stress
    Autorzy:
    K. Gogolewski, M. Startek, A. Gambin, A. Le Rouzic
    Status:
    Złożone
  9. An asymptotically optimal, online algorithm for weighted random sampling with replacement
    Autorzy:
    Michał Startek
    Status:
    Złożone
  1. TRANScendence: transposable elements database and de-novo mining tool allows inferring TEs activity chronology
    Autorzy:
    Michał Startek, Jakub Nogł􏰀y, Dariusz Grzebelus, Anna Gambin
    Konferencja:
    The International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (rok: 2016, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja Jun 5, 2016 - Jun 8, 2016
    Status:
    Opublikowane