Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Stworzenie nowego warsztatu umożliwiającego kompleksową analizę degradomu RNA - opracowanie innowacyjnych metod identyfikacji degradantów RNA oraz oceny ich potencjału funkcjonalnego

2012/05/D/NZ2/02238

Słowa kluczowe:

degradom RNA regulatorowe RNA biblioteki głębokiego sekwencjonowania HCV

Deskryptory:

  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Paulina Jackowiak 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: SONATA 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 406 900 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-03-01

Zakończenie projektu: 2016-08-31

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Zasilacz wysokonapięciowy. Za kwotę 10 000 PLN
  2. Aparat do elektroforezy dwukierunkowej RNA (osobny moduł do rozdziału w jednym i drugim kierunku). Za kwotę 8 000 PLN
  3. Termostat chłodząco-grzejący z recyrkulatorem. Za kwotę 21 000 PLN
  4. laptop.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (7)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
  1. Small RNA fragments derived from multiple RNA classes – the missing element of multi-omics characteristics of the hepatitis C virus cell culture model IF: 4,284
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A, Hojka-Osinska, A. Philips, A. Zmienko, L. Budzko, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2017, tom: 18, strony: 502), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12864-017-3891-3 - link do publikacji
  2. RNA-Seq-based analysis of differential gene expression associated with hepatitis C virus infection in a cell culture IF: 1,159
    Autorzy:
    A. Hojka-Osinska, L. Budzko, A. Zmienko, A. Rybarczyk, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz, P. Jackowiak
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63(4), strony: 789-798), Wydawca: Polish Biochemical Society and Committee of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.18388/abp.2016_1343 - link do publikacji
  3. Identification of stable, high copy number, medium-sized RNA degradation intermediates that accumulate in plants under non-stress conditions IF: 4,072
    Autorzy:
    M. Nowacka, P. M. Strozycki, P. Jackowiak, A. Hojka-Osinska, M. Szymanski, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    Plant Molecular Biology (rok: 2013, tom: 83(3), strony: 191-204), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s11103-013-0079-3 - link do publikacji
  4. Mutations in human AID differentially affect its ability to deaminate cytidine and 5-methylcytidine in ssDNA substrates in vitro IF: 4,847
    Autorzy:
    L. Budzko, P. Jackowiak, K. Kamel, J. Sarzynska, J.M. Bujnicki, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 3873), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-03936-x - link do publikacji
  5. Phylogeny and molecular evolution of the hepatitis C virus IF: 3,015
    Autorzy:
    P. Jackowiak, K. Kuls, L. Budzko, A. Mania, M. Figlerowicz, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    Infection, Genetics and Evolution (rok: 2014, tom: 21, strony: 67-82), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
  6. Effects of G-quadruplex topology on translational inhibition by tRNA fragments in mammalian and plant systems in vitro IF: 4,092
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A. Hojka-Osinska, K. Gasiorek, M. Stelmaszczuk, D. Gudanis, Z. Gdaniec, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    The International Journal of Biochemistry & Cell Biology (rok: 2017, tom: 92, strony: 148-154), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
  7. Protein interactome of small RNA fragments: identification and functional implications IF: 3,926
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A. Lis, M. Luczak, M. Figlerowicz
    Czasopismo:
    Journal of Proteomics (rok: 2018, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  1. Structural requirements of translational inhibition by tRNA fragments in vitro
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A. Hojka-Osinska, K. Sowinska, M. Stelmaszczuk, M. Figlerowicz
    Konferencja:
    BIO 2016 Congress (rok: 2016, ), Wydawca: Polish Biochemical Society
    Data:
    konferencja 13-16.09 2016
    Status:
    Opublikowana
  2. Identification of novel non-coding RNAs in human cells infected with hepatitis C virus
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A. Hojka-Osińska, A. Philips, A. Żmieńko, L. Budzko, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz
    Konferencja:
    BIO 2014 Congress (rok: 2014, ), Wydawca: Polish Biochemical Society and Committee of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
    Data:
    konferencja 9-12.09.2014
    Status:
    Opublikowana
  3. Short RNAs derived from multiple RNA classes are as abundant as miRNA in human cells infected with hepatitis C virus
    Autorzy:
    P. Jackowiak, A. Hojka-Osinska, A. Philips, A. Zmienko, L. Budzko, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz
    Konferencja:
    20th Annual Meeting of the RNA Society (rok: 2015, ), Wydawca: RNA Society
    Data:
    konferencja 25-31.05.2015
    Status:
    Opublikowana