Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Oszczędne pamięciowo algorytmy przetwarzania i analizy danych z sekwencjonowania genomów

2012/05/B/ST6/03148

Słowa kluczowe:

analiza genomu sekwencjonowanie algorytmy zewnętrzne kompresja danych

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_8: Biologia obliczeniowa
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Sebastian Deorowicz 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 463 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-02-15

Zakończenie projektu: 2017-02-14

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (7)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
  1. KMC 2: fast and resource-frugal k-mer counting IF: 8,138
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Marek Kokot, Szymon Grabowski, Agnieszka Debudaj-Grabysz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2015, tom: 31, strony: 1569-1576), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btv022 - link do publikacji
  2. Data compression for sequencing data IF: 2
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Szymon Grabowski
    Czasopismo:
    Algorithms for Molecular Biology (rok: 2013, tom: 8, strony: 44939), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1748-7188-8-25 - link do publikacji
  3. RECKONER: Read Error Corrector Based on KMC IF: 8,136
    Autorzy:
    Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2017, tom: 33, strony: 1086-1089), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btw746 - link do publikacji
  4. DSRC 2—Industry-oriented compression of FASTQ files IF: 6,968
    Autorzy:
    Łukasz Roguski, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2014, tom: 30, strony: 2213-2215), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btu208 - link do publikacji
  5. Indexing arbitrary-length k-mers in sequencing reads IF: 4,015
    Autorzy:
    Tomasz Kowalski, Szymon Grabowski, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    PLOS One (rok: 2015, tom: 10, strony: e0133198), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0133198 - link do publikacji
  6. CoMeta: Classification of metagenomes using k-mers IF: 4,015
    Autorzy:
    Jolanta Kawulok, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: e0121453: 1-23), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0121453 - link do publikacji
  7. Disk-based compression of data from genome sequencing IF: 8,136
    Autorzy:
    Szymon Grabowski, Sebastian Deorowicz, Łukasz Roguski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2015, tom: 31, strony: 1389-1395), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btu844 - link do publikacji
  1. Robust mapping of whole genome sequencing data
    Autorzy:
    S. Deorowicz, A. Debudaj-Grabysz, Sz. Grabowski, A. Gudyś
    Konferencja:
    The Biology of Genomes (rok: 2017, ), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Data:
    konferencja 9-13 maja
    Status:
    Złożona
  2. An Improved Algorithm for Fast and Accurate Classification of Sequences
    Autorzy:
    Jolanta Kawulok, Sebastian Deorowicz
    Konferencja:
    Beyond Databases, Architectures, and Structures (rok: 2014, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 27-30 maja 2014
    Status:
    Opublikowana