Wyszukiwarka projektów

Optimal pathway reconstruction on 3D NMR maps

Autorzy:

Marta Szachniuk, Maria Cristina De Cola, Giovanni Felici, Dominique de Werra, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Discrete Applied Mathematics (rok: 2015, tom: 182, strony: 134-149), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.dam.2014.04.010 – link do publikacji

Selection of reference genes for qPCR- and ddPCR-based analyses of gene expression in senescing barley leaves

Autorzy:

Agnieszka Żmieńko, Anna Samelak-Czajka, Michał Góralski, Ewa Sobieszczuk- Nowicka, Piotr Kozłowski, Marek Figlerowicz

Czasopismo:

PLoS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: Article ID e0118226), Wydawca: Public Library of Science

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1371/journal.pone.0118226 – link do publikacji

Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach

Autorzy:

Tomasz Żok, Maciej Antczak, Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmann, Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk

Czasopismo:

International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (rok: 2015, tom: 25, strony: 689-700), Wydawca: Uniwersytet Zielonogórski

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1515/amcs-2015-0050 – link do publikacji

RNAssess - a web server for quality assessment of RNA 3D structures

Autorzy:

Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Marta Szachniuk, Mariusz Popenda, Ryszard W. Adamiak, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Nucleic Acids Research (rok: 2015, tom: 43, strony: W502-W506), Wydawca: Oxford University Press

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/nar/gkv557 – link do publikacji

Inferring mathematical equations using crowdsourcing

Autorzy:

Szymon Wąsik, Filip Frątczak, Jakub Krzyśków, Jarosław Wulnikowski

Czasopismo:

PLoS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: Article ID e0145557), Wydawca: Public Library of Science

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1371/journal.pone.0145557 – link do publikacji

Computer Representations of Bioinformatics Models

Autorzy:

Tomasz Prejzendanc, Szymon Wąsik, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Current Bioinformatics (rok: 2016, tom: 11, strony: 551-560), Wydawca: Bentham Science Publishers

Status:

Opublikowana

DOI:

10.2174/1574893610666150928193510 – link do publikacji

Unified encoding for hyper-heuristics with application to bioinformatics

Autorzy:

Aleksandra Świercz, Edmund K. Burke, Mateusz Cicheński, Grzegorz Pawlak, Sanja Petrovic, Tomasz Żurkowski, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Central European Journal of Operations Research (rok: 2014, tom: 22, strony: 567-589), Wydawca: Springer

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1007/s10100-013-0321-8 – link do publikacji

Assigning NMR spectra of irregular RNAs by heuristic algorithms

Autorzy:

Marta Szachniuk

Czasopismo:

Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical Sciences (rok: 2015, tom: 63, strony: 329-338), Wydawca: Polska Akademia Nauk, Wydział IV Nauk Technicznych

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1515/bpasts-2015-0037 – link do publikacji

New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs

Autorzy:

Agnieszka Rybarczyk, Natalia Szóstak, Maciej Antczak, Tomasz Żok, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk

Czasopismo:

BMC Bioinformatics (rok: 2015, tom: 16, strony: Article ID 276), Wydawca: BioMed Central

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1186/s12859-015-0718-6 – link do publikacji

Graph algorithms for DNA sequencing - origins, current models and the future

Autorzy:

Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak, Michał Kierzynka, Wojciech Frohmberg, Aleksandra Świercz, Paweł Wojciechowski, Piotr Żurkowski

Czasopismo:

European Journal of Operational Research (rok: 2018, tom: 264, strony: 799-812), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.ejor.2016.06.043 – link do publikacji

Tabu search for the RNA Partial Degradation Problem

Autorzy:

Agnieszka Rybarczyk, Alain Hertz, Marta Kasprzak, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (rok: 2017, tom: 27, strony: 401-415), Wydawca: Uniwersytet Zielonogórski

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1515/amcs-2017-0028 – link do publikacji

AmiRNA Designer - new method of artificial miRNA design

Autorzy:

Agnieszka Mickiewicz, Agnieszka Rybarczyk, Joanna Sarzyńska, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, strony: Article ID 2015_989), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne

Status:

Opublikowana

DOI:

10.18388/abp.2015_989 – link do publikacji

A gene expression microarray for Nicotiana benthamiana based on de novo transcriptome sequence assembly

Autorzy:

Michał Góralski, Paula Sobieszczańska, Aleksandra Obrępalska-Stęplowska, Aleksandra Świercz, Agnieszka Żmieńko, Marek Figlerowicz

Czasopismo:

Plant Methods (rok: 2016, tom: 12, strony: Article ID 28), Wydawca: BioMed Central

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1186/s13007-016-0128-4 – link do publikacji

G-MAPSEQ - a new method for mapping reads to a reference genome

Autorzy:

Paweł Wojciechowski, Wojciech Frohmberg, Michał Kierzynka, Piotr Żurkowski, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Foundations of Computing and Decision Sciences (rok: 2016, tom: 41, strony: 123-142), Wydawca: Politechnika Poznańska

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1515/fcds-2016-0007 – link do publikacji

DomGen - graph based method for protein domain delineation

Autorzy:

Maciej Miłostan, Piotr Łukasiak

Czasopismo:

RAIRO Operations Research (rok: 2016, tom: 50, strony: online), Wydawca: EDP Sciences

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1051/ro/2015040 – link do publikacji

High-order statistical compressor for long-term storage of DNA sequencing data

Autorzy:

Marek Chłopkowski, Maciej Antczak, Michał Ślusarczyk, Aleksander Wdowiński, Michał Zajączkowski, Marta Kasprzak

Czasopismo:

RAIRO Operations Research (rok: 2016, tom: 50, strony: online), Wydawca: EDP Sciences

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1051/ro/2015039 – link do publikacji

Computational prediction of non-enzymatic RNA degradation patterns

Autorzy:

Agnieszka Rybarczyk, Paulina Jackowiak, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, strony: 745-751), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne

Status:

Opublikowana

DOI:

10.18388/abp.2016_1331 – link do publikacji

Classification of de Bruijn-based labeled digraphs

Autorzy:

Marta Kasprzak

Czasopismo:

Discrete Applied Mathematics (rok: 2018, tom: 234, strony: 86-92), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.dam.2016.10.014 – link do publikacji

ModeLang: A New Approach for Experts-Friendly Viral Infections Modeling

Autorzy:

Szymon Wąsik, Tomasz Prejzendanc, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Computational and Mathematical Methods in Medicine (rok: 2013, tom: 2013, strony: Article ID 320715), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1155/2013/320715 – link do publikacji

MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures

Autorzy:

Tomasz Żok, Mariusz Popenda, Marta Szachniuk

Czasopismo:

Central European Journal of Operations Research (rok: 2014, tom: 22, strony: 457-473), Wydawca: Springer

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1007/s10100-013-0296-5 – link do publikacji

G-DNA – a highly efficient multi-GPU/MPI tool for aligning nucleotide reads

Autorzy:

Wojciech Frohmberg, Michał Kierzynka, Jacek Błażewicz, Piotr Gawron, Paweł Wojciechowski

Czasopismo:

Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical Sciences (rok: 2013, tom: 61, strony: 989-992), Wydawca: Polska Akademia Nauk, Wydział IV Nauk Technicznych

Status:

Opublikowana

DOI:

10.2478/bpasts-2013-0106 – link do publikacji

Structural alignment of protein descriptors - a combinatorial model

Autorzy:

Maciej Antczak, Marta Kasprzak, Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

BMC Bioinformatics (rok: 2016, tom: 17, strony: Article ID 383), Wydawca: BioMed Central

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1186/s12859-016-1237-9 – link do publikacji

MLP accompanied beam search for the resonance assignment problem

Autorzy:

Marta Szachniuk, Mikołaj Małaczyński, Erwin Pesch, Edmund K. Burke, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Journal of Heuristics (rok: 2013, tom: 19, strony: 443-464), Wydawca: Springer

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1007/s10732-013-9220-3 – link do publikacji

DNA sequence assembly involving an acyclic graph model

Autorzy:

Jacek Błażewicz, Wojciech Frohmberg, Piotr Gawron, Marta Kasprzak, Michał Kierzynka, Aleksandra Świercz, Paweł Wojciechowski

Czasopismo:

Foundations of Computing and Decision Sciences (rok: 2013, tom: 38, strony: 25-34), Wydawca: Politechnika Poznańska

Status:

Opublikowana

DOI:

10.2478/v10209-011-0019-4 – link do publikacji

Preprocessing and storing high-throughput sequencing data

Autorzy:

Aleksandra Świercz, Bartosz Bosak, Marek Chłopkowski, Arkadiusz Hoffa, Marta Kasprzak, Krzysztof Kurowski, Tomasz Piontek, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Computational Methods in Science and Technology (rok: 2014, tom: 20, strony: 46285), Wydawca: Ośrodek Wydawnictw Naukowych

Status:

Opublikowana

DOI:

10.12921/cmst.2014.20.01.9-20 – link do publikacji

Multi-agent model of hepatitis C virus infection

Autorzy:

Szymon Wąsik, Paulina Jackowiak, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Artificial Intelligence in Medicine (rok: 2014, tom: 60, strony: 123-131), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.artmed.2013.11.001 – link do publikacji

RNAlyzer - novel approach for quality analysis of RNA structural models

Autorzy:

Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Janusz M. Bujnicki, Marta Szachniuk, Ryszard W. Adamiak, Mariusz Popenda, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Nucleic Acids Research (rok: 2013, tom: 41, strony: 5978-5990), Wydawca: Oxford University Press

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/nar/gkt318 – link do publikacji

An integrated approach (CLuster Analysis Integration Method) to combine expression data and protein-protein interaction networks in agrigenomics: application on Arabidopsis thaliana

Autorzy:

Daniele Santoni, Aleksandra Świercz, Agnieszka Żmieńko, Marta Kasprzak, Marek Błażewicz, Paola Bertolazzi, Giovanni Felici

Czasopismo:

OMICS A Journal of Integrative Biology (rok: 2014, tom: 18, strony: 155-165), Wydawca: Mary Ann Liebert

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1089/omi.2013.0050 – link do publikacji

Reference alignment based methods for quality evaluation of multiple sequence alignment - a survey

Autorzy:

Paweł Wojciechowski, Piotr Formanowicz, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

Current Bioinformatics (rok: 2014, tom: 9, strony: 44-56), Wydawca: Bentham Science Publishers

Status:

Opublikowana

DOI:

10.2174/15748936113080990005 – link do publikacji

The orderly colored longest path problem – a survey of applications and new algorithms

Autorzy:

Marta Szachniuk, Maria Cristina De Cola, Giovanni Felici, Jacek Błażewicz

Czasopismo:

RAIRO - Operations Research (rok: 2014, tom: 48, strony: 25-51), Wydawca: EDP Sciences

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1051/ro/2013046 – link do publikacji

Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles

Autorzy:

Natalia Szóstak, Felix Royo, Agnieszka Rybarczyk, Marta Szachniuk, Jacek Błażewicz, Antonio del Sol, Juan M. Falcon-Perez

Czasopismo:

RNA Biology (rok: 2014, tom: 11, strony: 836-844), Wydawca: Landes Bioscience

Status:

Opublikowana

DOI:

10.4161/rna.29305 – link do publikacji

SphereGrinder - reference structure-based tool for quality assessment of protein structural models

Autorzy:

Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Jacek Błażewicz

Konferencja:

2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) (rok: 2015, strony: 665-668), Wydawca: IEEE (Institute of Electrical and Electronics Engineers)

Data:

konferencja 9-12.11.2015

Status:

Opublikowana

Turning data into folds using RNAComposer

Autorzy:

Marta Szachniuk, Joanna Sarzyńska, Jacek Błażewicz

Konferencja:

2013 International Symposium on Computational Models for Life Sciences (rok: 2013, strony: AIP Conference Proceedings, Volume 1559, 353-354), Wydawca: AIP Publishing, DOI: 10.1063/1.4825029

Data:

konferencja 27–29.11.2013

Status:

Opublikowana