Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

RNomika strukturalna

2012/04/A/NZ2/00455

Słowa kluczowe:

RNA analiza sekwencji przewidywanie struktury doświadczalne rozwiązywanie struktury ewolucja molekularna

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ1_2: Biochemia

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Janusz Bujnicki 

Liczba wykonawców projektu: 13

Konkurs: MAESTRO 2 - ogłoszony 2011-12-15

Przyznana kwota: 3 000 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-10-08

Zakończenie projektu: 2018-04-07

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Dedykowany serwer obliczeniowy wraz z systemem wspierającym bazę danych - uzupełnienie.
  2. Dedykowany serwer obliczeniowy wraz z systemem wspierającym bazę danych. Za kwotę 200 000 PLN
  3. Zbiornik Dewara do przewożenia kryształów w ciekłym azocie.
  4. Inkubator do automatycznego systemu monitorowania prób krystalizacji. Za kwotę 300 000 PLN
  5. Rozbudowa rozproszonego systemu dyskowego ISILON. Za kwotę 152 151 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (14)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Characterization of the termini of the West Nile virus genome and their interactions with the small isoform of the 2' 5'-Oligoadenylate Synthetase family.
    Autorzy:
    Deo S, Patel TR, Chojnowski G, Koul A, Dzananovic E, McEleney K, Bujnicki JM, McKenna SA
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2015, tom: Volume 190, strony: 236-249), Wydawca: RNA Society/Cold Spring Harbor
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jsb.2015.04.005 - link do publikacji
  2. MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update
    Autorzy:
    Boccaletto P, Machnicka MA, Purta E, Piatkowski P, Baginski B, Wirecki T, de Crécy-Lagard V, Ross R, Limbach P, Kotter A, Helm M, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: D303–D307), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx1030 - link do publikacji
  3. RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures
    Autorzy:
    Miao Z, Adamiak RW, Blanchet MF, Boniecki M, Bujnicki JM, Chen SJ, Cheng C, Chojnowski G, Chou FC, Cordero P, Cruz JA, Ferré-D'amaré AR, Das R, Ding F, Dokholyan NV, Dunin-Horkawicz S, Kladwang W, Krokhotin A, Lach G, Magnus M, Major F, Mann TH, Masquida B, Matelska D, Meyer M, Peselis A, Popenda M, Purzycka KJ, Serganov A, Stasiewicz J, Szachniuk M, Tandon A, Tian S, Wang J, Xiao Y, Xu X, Zhang J, Zhao P, Zok T, Westhof E
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2015, tom: Vol 21, strony: 1066-84), Wydawca: RNA Society/Cold Spring Harbour
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.049502.114. - link do publikacji
  4. Impact of the structural integrity of the three-way junction of adenovirus VAI RNA on PKR inhibition
    Autorzy:
    Dzananovic E, Astha, Chojnowski G, Deo S, Booy EP, Padilla-Meier P, McEleney K, Bujnicki JM, Patel TR, McKenna SA
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2017, tom: online, strony: published online), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0186849 - link do publikacji
  5. SupeRNAlign: a new tool for flexible superposition of homologous RNA structures and inference of accurate structure-based sequence alignments
    Autorzy:
    Piatkowski P, Jablonska J, Zyla A, Niedzialek D, Matelska D, Jankowska E, Walen T, Dawson WK, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 150), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx631 - link do publikacji
  6. Coarse-grained modeling of RNA 3D structure
    Autorzy:
    Wayne K. Dawson, Maciej Maciejczyk, Elzbieta J. Jankowska, Michal J. Boniecki, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2016, tom: 103, strony: 138-156), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2016.04.026 - link do publikacji
  7. Computational modeling of RNA 3D structures and interactions
    Autorzy:
    Dawson WK, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Current Opinion in Structural Biology (rok: 2016, tom: 37, strony: 22-28), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.sbi.2015.11.007 - link do publikacji
  8. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme
    Autorzy:
    Petrov AI, Kay SJE, Kalvari I, Howe KL, Gray KA, Bruford EA, Kersey PJ, Cochrane G, Finn RD, Bateman A, Kozomara A, Griffiths-Jones S, Frankish A, Zwieb CW, Lau BY, Williams KP, Chan PP, Lowe TM, Cannone JJ, Gutell RR, Machnicka MA, Bujnicki JM, Yoshihama M, Kenmochi N, Chai B, Cole JR, Szymanski M, Karlowski WM, Wood V, Huala E, Berardini TZ, Zhao Y, Chen R, Zhu W, Paraskevopoulou MD, Vlachos IS, Hatzigeorgiou AG, SILVA team , Ma L, Zhang Z, Puetz J, Stadler PF, McDonald D, Basu S, Fey P, Engel SR, Cherry JM, Volders P, Mestdagh P, Wower J, Clark M, Quek XC, Dinger ME
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2017, tom: 23, strony: 655–672), Wydawca: Cold Spring Harbor
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.060368.116 - link do publikacji
  9. RNArchitecture: a database and a classification system of RNA families, with a focus on structural information
    Autorzy:
    Boccaletto P, Magnus M, Almeida C, Zyla A, Astha, Pluta R, Baginski B, Jankowska E, Dunin-Horkawicz S, Wirecki T, Boniecki M, Stefaniak F, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: D202-D205), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx966 - link do publikacji
  10. Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com.
    Autorzy:
    Nowacka M, Fernandes H, Kiliszek A, Bernat A, Lach G, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2019, tom: 14(4), strony: e0214481), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0214481 - link do publikacji
  11. Matching tRNA modifications in humans to their known and predicted enzymes
    Autorzy:
    de Crécy-Lagard V, Boccaletto P, Mangleburg CG, Sharma P, Lowe TM, Leidel SA, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2019, tom: 47(5), strony: 2143-2159), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkz011 - link do publikacji
  12. Occurrence and stability of lone pair–π stacking interactions between ribose and nucleobases in functional RNAs
    Autorzy:
    Chawla M, Chermak E, Zhang Q, Bujnicki JM, Oliva R, Cavallo L
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 11019-11032), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx757 - link do publikacji
  13. Structural studies of RNA-protein complexes: A hybrid approach involving hydrodynamics, scattering, and computational methods
    Autorzy:
    Patel T, Chojnowski G, Astha, Koul A, McKenna S, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2016, tom: Volumes 118–119, strony: 146-162), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2016.12.002 - link do publikacji
  14. tRNAmodpred: a computational method for predicting posttranscriptional modifications in tRNAs Methods
    Autorzy:
    Magdalena A. Machnicka, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Valerie de Crécy-Lagard, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2016, tom: 107, strony: 34-41), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2016.03.013 - link do publikacji
  1. RNA 3D Structure Modeling by Combination of Template-Based Method ModeRNA, Template-Free Folding with SimRNA, and Refinement with QRNAS
    Autorzy:
    Pawel Piatkowski, Joanna M. Kasprzak, Deepak Kumar, Marcin Magnus, Grzegorz Chojnowski, Janusz M. Bujnicki
    Książka:
    RNA Structure Determination (rok: 2016, tom: 1490, strony: 217-235), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana