Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Inżynieria i biologia systemów w analizie odpowiedzi komórek ludzkich na stres. Geneza różnorodności, regulacja parakrynna i analiza ewolucyjna.

2012/04/A/ST7/00353

Słowa kluczowe:

regulacja transkrypcji regulacja cyklu komórkowego sieci regulatorowe carcinogeneza modele matematyczne heterogeniczność

Deskryptory:

  • ST7_4: Inżynieria systemów, sensoryka, automatyka
  • ST7_11: Inżynieria biomedyczna
  • NZ2_9: Biologia systemowa

Panel:

ST7 - Inżynieria systemów i komunikacji: elektronika, komunikacja, optoelektronika

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Marek Kimmel 

Liczba wykonawców projektu: 10

Konkurs: MAESTRO 2 - ogłoszony 2011-12-15

Przyznana kwota: 2 258 517 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-09-26

Zakończenie projektu: 2017-09-25

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. komputer przenośny (6 szt.). Za kwotę 36 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (26)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (13)
  • Publikacje książkowe (7)
  1. Crosstalk between cytokine and hyperthermia induced pathways: identification of different subsets of NFkappaB-dependent genes regulated by TNF-alfa and heat shock IF: 2,831
    Autorzy:
    Janus P, Stokowy T, Jaksik R, Szoltysek K, Handschuh L, Podkowinski J, Widlak W, Kimmel M, Widlak P
    Czasopismo:
    Molecular Genetics and Genomics (rok: 2015, tom: 290(5), strony: 1979-1990), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00438-015-1055-1 - link do publikacji
  2. Stochastic Hypothesis of Transition from Inborn Neutropenia to AML: Interactions of Cell Population Dynamics and Population Genetics
    Autorzy:
    Marek Kimmel, Seth Corey
    Czasopismo:
    Frontiers in Oncology (rok: 2013, tom: 3, strony: 44568), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fonc.2013.00089 - link do publikacji
  3. The meaning of sensitivity functions in signaling pathways analysis IF: 0,88
    Autorzy:
    Jarosław Śmieja, Małgorzata Kardyńska, Arkadiusz Jamróz
    Czasopismo:
    Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B (rok: 2014, tom: 10 (8), strony: 2697-2707), Wydawca: AIMS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3934/dcdsb.2014.19.2697 - link do publikacji
  4. Comparison of Simple Models of Periodic Protocols for Combined Anticancer Therapy IF: 0,791
    Autorzy:
    Marzena Dołbniak, Andrzej Świerniak
    Czasopismo:
    Computational and Mathematical Methods in Medicine (rok: 2013, tom: 2013, strony: 44572), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2013/567213 - link do publikacji
  5. Dynamic cross talk model of the epithelial innate immune response to double-stranded rna stimulation: coordinated dynamics emerging from cell-level noise IF: 3,73
    Autorzy:
    R. Bertolusso, B. Tian, Y. Zhao, L. Vergara, A. Sabree, M. Iwanaszko, T. Lipniacki, A.R Brasier, M. Kimmel
    Czasopismo:
    PLOS One (rok: 2014, tom: 9(4), strony: 44582), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0093396 - link do publikacji
  6. EMQIT: a machine learning approach for energy based PWM matrix quality improvement IF: 2,856
    Autorzy:
    K. Smolińska, M. Pacholczyk
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2017, tom: 0,511805555555556, strony: 44569), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13062-017-0189-y - link do publikacji
  7. Radionuclides in radiation-induced bystander effect; may it share in radionuclide therapy? IF: 1,871
    Autorzy:
    M. Wideł
    Czasopismo:
    Neoplasma (rok: 2017, tom: 64 (5), strony: 641-654), Wydawca: AEPress
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.4149/neo_2017_501 - link do publikacji
  8. A multitype infinite-allele branching process with applications to cancer evolution IF: 0,69
    Autorzy:
    Thomas O. McDonald, Marek Kimmel
    Czasopismo:
    Journal of Applied Probability (rok: 2015, tom: 52, strony: 864–876), Wydawca: Applied Probability Trust
    Status:
    Opublikowana
  9. Cancer heterogeneity and multilayer spatial evolutionary games IF: 3,016
    Autorzy:
    A. Świerniak, M. Krześlak
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2016, tom: 11, strony: 53 (1-16)), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13062-016-0156-z - link do publikacji
  10. Mathematical modelling reveals unexpected inheritance and variability patterns of cell cycle parameters in mammalian cells IF: 4,587
    Autorzy:
    M. Mura, C. Feillet, F. Delauney, R, Bertolusso, M. Kimmel
    Czasopismo:
    PLOS Computational Biology (rok: 2019, tom: 15(6), strony: e1007054), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1007054 - link do publikacji
  11. Microarray experiments and factors which affect their reliability IF: 4,04
    Autorzy:
    Roman Jaksik, Marta Iwanaszko, Joanna Rzeszowska, Marek Kimmel
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2015, tom: 10, strony: 44589), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13062-015-0077-2 - link do publikacji
  12. Modeling epigenetic regulation of PRC1 protein accumulation in the cell cycle IF: 4,658
    Autorzy:
    Dołbniak M., Kimmel M., Śmieja J.
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2015, tom: 10, strony: 44576), Wydawca: Biomed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13062-015-0078-1 - link do publikacji
  13. Multidimensional Extended Spatial Evolutionary Games IF: 1,547
    Autorzy:
    Michał Krześlak, Andrzej Świerniak
    Czasopismo:
    Computers in Biology and Medicine (rok: 2016, tom: 69, strony: 315-327), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiomed.2015.08.003 - link do publikacji
  14. Mutation, drift and selection in single-driver hematologic malignancy: Example of secondary myelodysplastic syndrome following treatment of inherited neutropenia. IF: 4,587
    Autorzy:
    T. Wojdyla, H. Mehta, T. Glaubach, R. Bertolusso, M. Iwanaszko, R. Braun, S.J. Corey , M. Kimmel
    Czasopismo:
    PLoS Computational Biology (rok: 2019, tom: 15(1), strony: e1006664), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1006664 - link do publikacji
  15. Detection of DNA replication origins based on somatic mutation patterns IF: 11,922
    Autorzy:
    R. Jaksik, M. Kimmel
    Czasopismo:
    Genome Research (rok: 2017, tom: brak, strony: 44584), Wydawca: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS
    Status:
    Złożona
  16. Cell fate in antiviral response is decided in the crosstalk of the IRF, NF-kBa;B and JAK/STAT pathways IF: 12,124
    Autorzy:
    M. Czerkies, Z. Korwek, W. Prus, M. Kochańczyk, J. Jaruszewicz-Błońska, K. Tudelska, S. Błoński, M. Kimmel, AR. Brasier, T. Lipniacki
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2018, tom: 9(1), strony: 493), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-017-02640-8 - link do publikacji
  17. Coalescence computations for large samples drawn from populations of time-varying sizes IF: 2,806
    Autorzy:
    A. Polanski, A. Szczesna, M. Garbulowski, M. Kimmel
    Czasopismo:
    PLOS One (rok: 2017, tom: 12(2), strony: e0170701), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0170701 - link do publikacji
  18. Development of a population of cancer cells: Observation and modeling by a Mixed Spatial Evolutionary Games approach IF: 2,049
    Autorzy:
    A. Świerniak, M. Krzeslak, S. Student, J. Rzeszowska-Wolny
    Czasopismo:
    Journal of Theoretical Biology (rok: 2016, tom: 405, strony: 94-103), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jtbi.2016.05.027 - link do publikacji
  19. Genetic demographic networks: Mathematical model and applications IF: 1,452
    Autorzy:
    M. Kimmel, T. Wojdyła
    Czasopismo:
    Theoretical Population Biology (rok: 2016, tom: 111, strony: 75-86), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.tpb.2016.06.004 - link do publikacji
  20. Klasyfikacja, budowa i funkcjonowanie białek Ago u Eukariontów IF: 0,769
    Autorzy:
    A. Poterała, J. Rzeszowska-Wolny
    Czasopismo:
    Postępy Higieny i Medycyny Doświadczalnej (rok: 2016, tom: 70, strony: 1005-1016), Wydawca: Index Copernicus International S.A.
    Status:
    Opublikowana
  21. Multitype Bellman-Harris branching model provides biological predictors of early stages of adult hippocampal neurogenesis IF: 2,05
    Autorzy:
    Li B, Sierra A, Deudero J, Semerci F, Laitman A, Kimmel M, Maletic-Savatic M
    Czasopismo:
    BMC Systems Biology (rok: 2017, tom: 11(Suppl 5), strony: 90), Wydawca: Biomed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12918-017-0468-3 - link do publikacji
  22. Multitype infinite-allele branching processes in continuous time IF: 0,69
    Autorzy:
    Thomas O. McDonald, Marek Kimmel
    Czasopismo:
    Journal of Applied Probability (rok: 2017, tom: 54, strony: 550-568), Wydawca: Applied Probability Trust
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1017/jpr.2017.17 - link do publikacji
  23. NF-κB and IRF pathways: cross-regulation on target genes promoter level. IF: 4,04
    Autorzy:
    Iwanaszko M, Kimmel M
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2015, tom: 16, strony: 307), Wydawca: Biomed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12864-015-1511-7 - link do publikacji
  24. Sensitivity of signaling pathway dynamics to plasmid transfection and its consequences IF: 0,84
    Autorzy:
    Śmieja J., Dołbniak M.
    Czasopismo:
    Mathematical Biosciences and Engineering (rok: 2016, tom: 13(6), strony: 1207-1222), Wydawca: AIMS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3934/mbe.2016039 - link do publikacji
  25. Stability of bacterial toggle switches is enhanced by cell-cycle lengthening by several orders of magnitude IF: 2,326
    Autorzy:
    Joanna Jaruszewicz, Marek Kimmel, Tomasz Lipniacki
    Czasopismo:
    Physical Review E (rok: 2014, tom: 89 (2), strony: 22710), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1103/PhysRevE.89.022710 - link do publikacji
  26. Stable feature selection and classification algorithms for multiclass microarray data IF: 2,72
    Autorzy:
    Sebastian Student, Krzysztof Fujarewicz
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2012, tom: 7, strony: 44581), Wydawca: Biomed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1745-6150-7-33 - link do publikacji
  1. ADFIT - narzędzie do estymacji parametrów modeli matematycznych przy użyciu sprzężonej analizy wrażliwości i środowiska Matlab
    Autorzy:
    Krzystof Łakomiec, Krzysztof Fujarewicz
    Konferencja:
    XV Jubileuszowe Sympozjum Podstawowe Problemy Energoelektroniki, Elektromechaniki i Mechatroniki PPEEm (rok: 2012, ), Wydawca: brak
    Data:
    konferencja 11-13.12.2012
    Status:
    Opublikowana
  2. Chaos versus randomness in cell cycle dynamics: correlation dimension analysis
    Autorzy:
    M. Dołbniak, M. Kimmel
    Konferencja:
    XXII Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie (rok: 2016, ), Wydawca: Politechnika Świętokrzyska
    Data:
    konferencja 5-9.09.2016
    Status:
    Opublikowana
  3. Distribution of PRC1 protein in a cell population originated by a single ancestor
    Autorzy:
    Marzena Dołbniak, Jarosław Śmieja
    Konferencja:
    Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie (rok: 2013, ), Wydawca: Gdański Uniwersytet Medyczny
    Data:
    konferencja 16 – 20.09.2013
    Status:
    Opublikowana
  4. Four phenotype model of interaction between tumour cells
    Autorzy:
    Andrzej Świerniak, Michał Krześlak, Jarosław Śmieja
    Konferencja:
    IASTED International Conference Biomedical Engineering (rok: 2013, ), Wydawca: ACTA Press
    Data:
    konferencja 13-15.02.2013
    Status:
    Opublikowana
  5. Changes in heat shock duration infuence regulatory schemes of HSF1 activity
    Autorzy:
    Marta Iwanaszko, Patryk Janus, Tomasz Stokowy, Piotr Widłak, Marek Kimmel
    Konferencja:
    IWBBIO 2014: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (rok: 2014, ), Wydawca: brak
    Data:
    konferencja 7-9.04.2014
    Status:
    Opublikowana
  6. Control properties of two- and three-compartmental models of combined anticancer therapy
    Autorzy:
    Andrzej Świerniak, Marzena Dołbniak
    Konferencja:
    IASTED International Conference Modelling, Identification and Control (rok: 2014, ), Wydawca: ACTA Press
    Data:
    konferencja 17-19.02.2014
    Status:
    Opublikowana
  7. Deterministic modeling of stochastic gene transcription processes
    Autorzy:
    Jarosław Śmieja
    Konferencja:
    IASTED International Conference Modelling, Identification and Control (MIC 2014) (rok: 2014, ), Wydawca: ACTA Press
    Data:
    konferencja 17-19.02.2014
    Status:
    Opublikowana
  8. Experimental Data In Modeling Of Intracellular Processes
    Autorzy:
    Jarosław Śmieja, Marzena Dołbniak
    Konferencja:
    34th IASTED International Conference on Modelling, Identification and Control (rok: 2015, ), Wydawca: ACTA Press
    Data:
    konferencja 16-17.02.2015
    Status:
    Opublikowana
  9. Finite absorbing Markov chain as a model of small ligand binding process
    Autorzy:
    Marcin Pacholczyk, Damian Borys, Marek Kimmel
    Konferencja:
    International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (rok: 2013, ), Wydawca: IWBBIO 2013. Proceedings
    Data:
    konferencja 18-20 March
    Status:
    Opublikowana
  10. Development of Multi-Null-Hypotheses Method for Detection of Selective Forces at Molecular Level in Evolution of Human Genes involved in DNA-Repair Mechanism Impaired in Cancer Progression
    Autorzy:
    Krzysztof Cyran, Marek Kimmel
    Konferencja:
    19th World Congress The International Federation of Automatic Control (rok: 2014, ), Wydawca: International Federation of Automatic Control
    Data:
    konferencja 24-29.08.2014
    Status:
    Opublikowana
  11. Application of the stochastic Moran Model of population genetics to understanding the timing of a driver mutation in Myelodysplastic Syndrome (MDS)
    Autorzy:
    Tomasz Wojdyła, Taly Glaubach, Steh J. Corey, Marek Kimmel
    Konferencja:
    19th World Congress The International Federation of Automatic Control (rok: 2014, ), Wydawca: International Federation of Automatic Control
    Data:
    konferencja 24-29.02.2014
    Status:
    Opublikowana
  12. Multilayer evolutionary games – a new tool for modelling cancer cell heterogeneity
    Autorzy:
    Swierniak A, Krzeslak M
    Konferencja:
    12th IASTED International Conference, Biomedical Engineering (BioMed 2016) (rok: 2016, ), Wydawca: IASTED
    Data:
    konferencja 15-16.02.2016
    Status:
    Opublikowana
  13. Stem cell division strategies against cancerogenesis in colon crypts. A 2D cellular automaton model.
    Autorzy:
    M. Dolbniak
    Konferencja:
    XXI Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie (rok: 2015, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 22-26.09.2015
    Status:
    Opublikowana
  1. Cancer – a Story on Fault Propagation in Gene-Cellular Networks
    Autorzy:
    Damian Borys, Roman Jaksik, Michał Krześlak, Jarosław Śmieja, Andrzej Świerniak
    Książka:
    Propagation Phenomena in Real World Networks (rok: 2015, tom: 85, strony: 225-256), Wydawca: Springer Verlag
    Status:
    Opublikowana
  2. Detection and repair of faults in cell cycle - Is it perfect?
    Autorzy:
    Smieja J, Jaksik R, Swierniak A
    Książka:
    Advanced Systems for Automation and Diagnostics (rok: 2015, tom: n.d., strony: 63-72), Wydawca: Pomorskie Wydawnictwo Naukowo-Techniczne PWNT
    Status:
    Opublikowana
  3. System Engineering Approach to Planning Anticancer Therapies
    Autorzy:
    Swierniak A, Kimmel M, Smieja J, Puszynski K, Psiuk-Maksymowicz K
    Książka:
    System Engineering Approach to Planning Anticancer Therapies (rok: 2016, tom: nie dotyczy, strony: 1-235), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  4. Reporterowy system FUCCI w przyżyciowej obserwacji proliferacji komórek nowotworowych
    Autorzy:
    P. Bil, S. Kała, K. Gajda, M. Skonieczna, J. Rzeszowska-Wolny
    Książka:
    Automatyzacja Procesów Dyskretnych Teoria i Zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 44756), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  5. An Operator Semigroup in Mathematical Genetics
    Autorzy:
    Bobrowski A, Kimmel M
    Książka:
    An Operator Semigroup in Mathematical Genetics (rok: 2015, tom: n.d., strony: 32143), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  6. Searching for Cancer Signatures Using Data Mining Techniques
    Autorzy:
    Micek M, Pacholczyk M
    Książka:
    Man-Machine Interactions 5. ICMMI 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing (rok: 2018, tom: 659, strony: 154-162), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  7. Modelowanie matematyczne jako narzędzie planowania terapii antynowotworowych
    Autorzy:
    Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja
    Książka:
    Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna - Podstawy i Zastosowania (rok: 2014, tom: 10 Bioinf., strony: 177-211), Wydawca: Akademicka Oficyna Wykładnicza Exit
    Status:
    Opublikowana