Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Struktura, dynamika i ewolucja roślinnego genomu jądrowego z perspektywy badań cytomolekularnych

2012/04/A/NZ3/00572

Słowa kluczowe:

Brachypodium B. distachyon cytogenetyka molekularna roślin epigenetyka ewolucja genomu jądrowego FISH malowanie chromosomów mejoza mutageneza terytoria chromosomowe

Deskryptory:

  • NZ2_5: Cytogenetyka
  • NZ3_1: Biologia komórki
  • NZ1_1: Biologia molekularna

Panel:

NZ3 - Biologia na poziomie komórki: biologia komórkowa, biologia rozwoju i starzenia, neurobiologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Śląski w Katowicach, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Robert Hasterok 

Liczba wykonawców projektu: 13

Konkurs: MAESTRO 2 - ogłoszony 2011-12-15

Przyznana kwota: 2 691 135 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-08-21

Zakończenie projektu: 2018-05-20

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Homogenizator ultradźwiękowy przystosowany do próbek o małej objętości w zamkniętych probówkach. Za kwotę 85 000 PLN
  2. Laptop Asus G750JH-T4100H.
  3. Tablet Aspire P3-171.
  4. Termocykler do PCR z trzema niezależnymi blokami.
  5. Wirówka z rotorem na probówki 5 ml.
  6. Mikroskop epifluorescencyjny szerokiego pola wyposażony w ośmiopozycyjny uchwyt filtrów wraz z zestawami wąskopasmowych filtrów fluorescencyjnych oraz kamerą cyfrową wysokiej czułości i oprogramowaniem do akwizycji i cyfrowej obróbki obrazu. Za kwotę 495 000 PLN
  7. Termocykler do PCR z blokiem na 96 probówek 0,2 ml / płytkę PCR z 96 studzienkami i gradientem temperatury. Za kwotę 35 000 PLN
  8. Specjalistyczne oprogramowanie do rekonstrukcji obrazu mikroskopowego 3-D i 4-D. Za kwotę 160 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (19)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. Spatial distribution of centromeres and telomeres at interphase varies among Brachypodium species IF: 5,677
    Autorzy:
    Dominika Idziak, Ewa Robaszkiewicz, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Journal of Experimental Botany (rok: 2015, tom: 66, strony: 6623-6634), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    0.1093/jxb/erv369 - link do publikacji
  2. Karyotyping of Brachypodium pinnatum (2n = 18) chromosomes using cross-species BAC–FISH IF: 1,558
    Autorzy:
    Elzbieta Wolny, Wojciech Fidyk, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Genome (rok: 2013, tom: 56, strony: 239-243), Wydawca: NRC Research Press Journal
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1139/gen-2013-001 - link do publikacji
  3. Reconstructing the evolution of Brachypodium genomes using comparative chromosome painting IF: 3,234
    Autorzy:
    Alexander Betekhtin, Glyn Jenkins, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2014, tom: 9, strony: e115108 (1-26)), Wydawca: Public Library od Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0115108 - link do publikacji
  4. Ribosomal DNA loci derived from Brachypodium stacei are switched off for major parts of the life cycle of Brachypodium hybridum IF: 5,354
    Autorzy:
    Natalia Borowska-Zuchowska, Ewa Robaszkiewicz, Elzbieta Wolny, Alexander Betekhtin, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Journal of Experimental Botany (rok: 2019, tom: 70, strony: 805–815), Wydawca: Oxford University Press on behalf of the Society for Experimental Biology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/jxb/ery425 - link do publikacji
  5. The arrangement of Brachypodium distachyon chromosomes in interphase nuclei IF: 5,83
    Autorzy:
    Ewa Robaszkiewicz, Dominika Idziak-Helmcke, Magdalena A. Tkacz, Kornel Chrominski, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Journal of Experimental Botany (rok: 2016, tom: 67, strony: 5571–5583), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/jxb/erw325 - link do publikacji
  6. Cytomolecular analysis of ribosomal DNA evolution in a natural allotetraploid Brachypodium hybridum and its putative ancestors — dissecting complex repetitive structure of intergenic spacers IF: 4,291
    Autorzy:
    Natalia Borowska-Zuchowska, Miroslaw Kwasniewski, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Frontiers in Plant Science (rok: 2016, tom: 7, strony: 1499 (1-15)), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fpls.2016.01499 - link do publikacji
  7. Histone H3 and H4 acetylation patterns are more dynamic than those of DNA methylation in Brachypodium distachyon embryos during seed maturation and germination IF: 2,87
    Autorzy:
    Elzbieta Wolny, Agnieszka Braszewska-Zalewska, Daria Kroczek, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Protoplasma (rok: 2017, tom: 254, strony: 2045–2052), Wydawca: Springer Wien
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00709-017-1088-x - link do publikacji
  8. Insight into the karyotype evolution of Brachypodium species using comparative chromosome barcoding IF: 3,234
    Autorzy:
    Dominika Idziak, Iwona Hazuka, Beata Poliwczak, Anna Wiszynska, Elzbieta Wolny, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2014, tom: 9, strony: e93503 (1-10)), Wydawca: Public Library od Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0093503 - link do publikacji
  9. Update on genomics and basic biology of Brachypodium IF: 12,929
    Autorzy:
    International Brachypodium Initiative (IBI): Pilar Catalan, Boulos Chalhoub, Vincent Chochois, David F. Garvin, Robert Hasterok, Antonio J. Manzaneda, Luis A.J. Mur, Nicola Pecchioni, Søren K. Rasmussen, John P. Vogel, Aline Voxeur
    Czasopismo:
    Trends in Plant Science (rok: 2014, tom: 19, strony: 414-418), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.tplants.2014.05.002 - link do publikacji
  10. Detecting Brachypodium distachyon chromosomes Bd4 and Bd5 in MH- and X-ray-induced micronuclei using mcFISH IF: 4,556
    Autorzy:
    Arita Kus, Joanna Szymanowska-Pułka, Jolanta Kwasniewska, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20, strony: 2848 (1-13)), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms20112848 - link do publikacji
  11. Brachypodium distachyon - a useful model in the qualification of mutagen-induced micronuclei using multicolor FISH IF: 2,806
    Autorzy:
    Arita Kus, Jolanta Kwasniewska, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2017, tom: 12, strony: e0170618-1-e0170618-13), Wydawca: Public Library od Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0170618 - link do publikacji
  12. Chromosome identification and reconstruction of evolutionary rearrangements in Brachypodium distachyon, B. stacei and B. hybridum IF: 4,041
    Autorzy:
    Joanna Lusinska, Joanna Majka, Alexander Betekhtin, Karolina Susek, Elzbieta Wolny, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Annals of Botany (rok: 2018, tom: 122, strony: 445–459), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/aob/mcy086 - link do publikacji
  13. Epigenetics of the preferential silencing of Brachypodium stacei-originated 35S rDNA loci in the allotetraploid grass Brachypodium hybridum IF: 4,259
    Autorzy:
    Natalia Borowska-Zuchowska, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 5260 (1-12)), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-05413-x - link do publikacji
  14. Spatial distribution of epigenetic modifications in Brachypodium distachyon embryos during seed maturation and germination IF: 3,234
    Autorzy:
    Elzbieta Wolny, Agnieszka Braszewska-Zalewska, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2014, tom: 9, strony: e101246 (1-10)), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0101246 - link do publikacji
  15. Chromosome territory modeller and viewer IF: 2,806
    Autorzy:
    Magdalena A. Tkacz, Kornel Chrominski, Dominika Idziak-Helmcke, Ewa Robaszkiewicz, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2016, tom: 11, strony: e0160303 (1-20)), Wydawca: Public Library od Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal. - link do publikacji
  16. Comparatively barcoded chromosomes of Brachypodium perennials tell the story of their karyotype structure and evolution IF: 4,556
    Autorzy:
    Joanna Lusinska, Alexander Betekhtin, Diana Lopez-Alvarez, Pilar Catalan, Glyn Jenkins, Elzbieta Wolny, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20, strony: 5557 (1-19)), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms20225557 - link do publikacji
  17. Dissecting the chromosomal composition of mutagen-induced micronuclei in Brachypodium distachyon using multicolour FISH IF: 4,041
    Autorzy:
    Arita Kus, Jolanta Kwasniewska, Joanna Szymanowska-Pulka, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Annals of Botany (rok: 2018, tom: 122, strony: 1161–1171), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/aob/mcy115 - link do publikacji
  18. In situ analysis of epigenetic modifications in the chromatin of Brachypodium distachyon embryos
    Autorzy:
    Elzbieta Wolny, Agnieszka Braszewska-Zalewska, Daria Kroczek, Robert Hasterok
    Czasopismo:
    Plant Signaling & Behavior (rok: 2015, tom: 10, strony: e1011948 (1-2)), Wydawca: Taylor & Francis Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15592324.2015.1011948 - link do publikacji
  19. Gradual polyploid genome evolution revealed by a pan-genomic analysis of Brachypodium hybridum and its diploid progenitors IF: 12,121
    Autorzy:
    Sean P. Gordon, Bruno Contreras-Moreira, Joshua J. Levy, Armin Djamei, Angelika Czedik-Eysenberg, Virginia S. Tartaglio, Adam Session, Joel Martin, Amy Cartwright, Andrew Katz, Vasanth R. Singan, Eugene Goltsman, Kerrie Barry, Vinh Ha Dinh-Thi, Boulos Chalhoub, Antonio Diaz-Perez, Ruben Sancho, Joanna Lusinska, Elzbieta Wolny, Candida Nibau, John H. Doonan, Luis Mur, Chris Plott, Jerry Jenkins, Samuel P. Hazen, Scott J. Lee, Shenquaing Shu, David Goodstein, Daniel Rokhsar, Jeremy Schmutz, Robert Hasterok, Pilar Catalan, John P. Vogel
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2020, ), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Przyjęta do publikacji
  1. Methods for cytogenetic chromosome barcoding and chromosome iainting in Brachypodium distachyon and its relative species
    Autorzy:
    Dominika Idziak-Helmcke, Alexander Betekhtin
    Książka:
    Brachypodium Genomics (Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology) (rok: 2018, tom: 1667, strony: 44580), Wydawca: Springer Science+Business Media LLC
    Status:
    Opublikowana
  2. Molecular cytogenetics in the genus Brachypodium
    Autorzy:
    Robert Hasterok, Alexander Betekhtin, Natalia Borowska-Zuchowska, Agnieszka Braszewska-Zalewska, Dominika Idziak-Helmcke, Ewa Robaszkiewicz, Elzbieta Wolny
    Książka:
    Genetics and Genomics of Brachypodium (Plant Genetics and Genomics: Crops Models) (rok: 2015, tom: 18, strony: 39-54), Wydawca: Springer International Publishing Switzerland
    Status:
    Opublikowana