Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Analiza podobieństwa struktur przestrzennych biopolimerów przy użyciu deskryptorów lokalnej struktury.

2011/03/D/NZ2/02004

Słowa kluczowe:

lokalne deskryptory struktury uliniowienia strukturalne porównywanie struktur NP-zupełność fragmenty strukturalne przestawienia sekwencyjne permutacje cyrkularne multi-uliniowienia wyszukiwanie klik twierdzenie Motzkina-Strausa algorytmy ewolucyjne

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • ST6_9: Obliczenia naukowe
  • NZ2_3: Proteomika

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Paweł Daniluk 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: SONATA 2 - ogłoszony 2011-09-15

Przyznana kwota: 390 875 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-10-08

Zakończenie projektu: 2017-10-07

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Stacja robocza. Za kwotę 7 408 PLN
  2. Stacja robocza o dużej mocy obliczeniowej wyposażona w monitor LCD o wysokiej częstotliwości odświeżania umożliwiający wyświetlanie obrazów 3D z odpowiednimi okularami. Za kwotę 29 750 PLN
  3. Zestaw do wyświetlania w technologii 3D (karta graficzna klasy nVidia GTX 580, monitor, okulary) z urządzeniem haptycznym (np. Novint Falcon) (2 szt.). Za kwotę 12 500 PLN
  4. Urządzenia do wizualizacji i interaktywnej pracy z obiektami trójwymiarowymi.
  5. Przenośna stacja robocza z kartą graficzną umożliwiającą prowadzenie obliczeń w technologii CUDA. Za kwotę 9 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (3)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. WeBIAS: a web server for publishing bioinformatics applications IF: 1,39
    Autorzy:
    Paweł Daniluk, Bartek Wilczyński, Bogdan Lesyng
    Czasopismo:
    BMC Research Notes (rok: 2015, tom: 8, strony: 628), Wydawca: BioMed Central Ltd
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13104-015-1622-x - link do publikacji
  2. Implementation of a maximum clique search procedure on CUDA IF: 1,807
    Autorzy:
    Paweł Daniluk, Grzegorz Firlik, Bogdan Lesyng
    Czasopismo:
    Journal of Heuristics (rok: 2019, tom: 25, strony: 247–271), Wydawca: Springer US
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s10732-018-9393-x - link do publikacji
  3. ResiCon: a method for the identification of dynamic domains, hinges and interfacial regions in proteins. IF: 4,981
    Autorzy:
    Maciej Dziubiński, Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32, strony: 25-34), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btv525 - link do publikacji
  1. Theoretical and Computational Aspects of Protein Structural Alignment
    Autorzy:
    Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
    Książka:
    Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2014, tom: 1, strony: 557-598), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Opublikowana