Analiza podobieństwa struktur przestrzennych biopolimerów przy użyciu deskryptorów lokalnej struktury.
2011/03/D/NZ2/02004
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_7: Bioinformatyka
- ST6_9: Obliczenia naukowe
- NZ2_3: Proteomika
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs
SONATA 2 – ogłoszony 2011-09-15
- Przyznana kwota
- 390 875 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2012-10-08
- Zakończenie projektu
- 2017-10-07
- Planowany czas trwania projektu
- 60 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Przenośna stacja robocza z kartą graficzną umożliwiającą prowadzenie obliczeń w technologii CUDA. Za kwotę 9 000 PLN
- Stacja robocza. Za kwotę 7 408 PLN
- Stacja robocza o dużej mocy obliczeniowej wyposażona w monitor LCD o wysokiej częstotliwości odświeżania umożliwiający wyświetlanie obrazów 3D z odpowiednimi okularami. Za kwotę 29 750 PLN
- Urządzenia do wizualizacji i interaktywnej pracy z obiektami trójwymiarowymi.
- Zestaw do wyświetlania w technologii 3D (karta graficzna klasy nVidia GTX 580, monitor, okulary) z urządzeniem haptycznym (np. Novint Falcon) (2 szt.). Za kwotę 12 500 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (3)
-
Implementation of a maximum clique search procedure on CUDA
- Autorzy:
- Paweł Daniluk, Grzegorz Firlik, Bogdan Lesyng
- Czasopismo:
- Journal of Heuristics (rok: 2019, tom: 25, strony: 247–271), Wydawca: Springer US
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/s10732-018-9393-x – link do publikacji
-
WeBIAS: a web server for publishing bioinformatics applications
- Autorzy:
- Paweł Daniluk, Bartek Wilczyński, Bogdan Lesyng
- Czasopismo:
- BMC Research Notes (rok: 2015, tom: 8, strony: 628), Wydawca: BioMed Central Ltd
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13104-015-1622-x – link do publikacji
-
ResiCon: a method for the identification of dynamic domains, hinges and interfacial regions in proteins.
- Autorzy:
- Maciej Dziubiński, Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32, strony: 25-34), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btv525 – link do publikacji
Publikacje książkowe (1)
-
Theoretical and Computational Aspects of Protein Structural Alignment
- Autorzy:
- Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
- Książka:
- Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2014, tom: 1, strony: 557-598), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- link do publikacji