Projekty finansowane przez NCN
Analiza podobieństwa struktur przestrzennych biopolimerów przy użyciu deskryptorów lokalnej struktury.
2011/03/D/NZ2/02004
Słowa kluczowe:
lokalne deskryptory struktury uliniowienia strukturalne porównywanie struktur NP-zupełność fragmenty strukturalne przestawienia sekwencyjne permutacje cyrkularne multi-uliniowienia wyszukiwanie klik twierdzenie Motzkina-Strausa algorytmy ewolucyjne
Deskryptory:
- NZ2_7: Bioinformatyka
- ST6_9: Obliczenia naukowe
- NZ2_3: Proteomika
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN
woj. mazowieckie
Konkurs: SONATA 2 - ogłoszony 2011-09-15
Przyznana kwota: 390 875 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2012-10-08
Zakończenie projektu: 2017-10-07
Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Stacja robocza. Za kwotę 7 408 PLN
- Stacja robocza o dużej mocy obliczeniowej wyposażona w monitor LCD o wysokiej częstotliwości odświeżania umożliwiający wyświetlanie obrazów 3D z odpowiednimi okularami. Za kwotę 29 750 PLN
- Zestaw do wyświetlania w technologii 3D (karta graficzna klasy nVidia GTX 580, monitor, okulary) z urządzeniem haptycznym (np. Novint Falcon) (2 szt.). Za kwotę 12 500 PLN
- Urządzenia do wizualizacji i interaktywnej pracy z obiektami trójwymiarowymi.
- Przenośna stacja robocza z kartą graficzną umożliwiającą prowadzenie obliczeń w technologii CUDA. Za kwotę 9 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- Publikacje książkowe (1)
- ResiCon: a method for the identification of dynamic domains, hinges and interfacial regions in proteins.Autorzy:Maciej Dziubiński, Paweł Daniluk, Bogdan LesyngCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32, strony: 25-34), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btv525 - link do publikacji
- Implementation of a maximum clique search procedure on CUDAAutorzy:Paweł Daniluk, Grzegorz Firlik, Bogdan LesyngCzasopismo:Journal of Heuristics (rok: 2019, tom: 25, strony: 247–271), Wydawca: Springer USStatus:OpublikowanaDoi:10.1007/s10732-018-9393-x - link do publikacji
- WeBIAS: a web server for publishing bioinformatics applicationsAutorzy:Paweł Daniluk, Bartek Wilczyński, Bogdan LesyngCzasopismo:BMC Research Notes (rok: 2015, tom: 8, strony: 628), Wydawca: BioMed Central LtdStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s13104-015-1622-x - link do publikacji
- Theoretical and Computational Aspects of Protein Structural AlignmentAutorzy:Paweł Daniluk, Bogdan LesyngKsiążka:Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2014, tom: 1, strony: 557-598), Wydawca: Springer Berlin HeidelbergStatus:Opublikowana