Change language

Wyszukiwarka projektów

Wysokorozdzielcza mapa pęknięć dsDNA w genomie człowieka

2011/02/A/NZ2/00014

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ1_1: Biologia molekularna

Panel

NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

dr hab. Krzysztof Flawiusz Ginalski

Liczba wykonawców projektu: 15

Konkurs

MAESTRO 1 – ogłoszony 2011-06-15

Przyznana kwota
3 000 000 PLN
Rozpoczęcie projektu
2012-05-24
Zakończenie projektu
2018-05-24
Planowany czas trwania projektu
72 miesiące (z wniosku)
Status projektu
Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Drobny sprzęt laboratoryjny: rozbudowa systemu do PCR (podstawa do termobloku), cieplarka. Za kwotę 15 000 PLN
  2. Inkubator do hodowli komórkowych (2 szt.). Za kwotę 60 000 PLN
  3. Mikroskop.
  4. Rozbudowa laptopa.
  5. Rozbudowa systemu do sekwencjonowania nowej generacji HiSeq 2000 (do HiSeq 2500).
  6. Serwer bioinformatyczny do przechowywania i przetwarzania danych. Za kwotę 140 000 PLN
  7. System do sekwencjonowania nowej generacji MiSeq.
  8. System oczyszczania wody z kompletem filtrów. Za kwotę 35 000 PLN
  9. Wirówka z kompletem rotorów. Za kwotę 20 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (21)

  1. Genome-wide co-localization of active EGFR and downstream ERK pathway kinases mirrors mitogen-inducible RNA polymerase 2 genomic occupancy

    Autorzy:
    Mikula, M., Skrzypczak, M., Goryca, K., Paczkowska, K., Ledwon, J.K., Statkiewicz, M., Kulecka, M., Grzelak, M., Dabrowska, M., Kuklinska, U., Karczmarski, J., Rumienczyk, I., Jastrzebski, K., Miaczynska, M., Ginalski, K., Bomsztyk, K., Ostrowski, J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 10150-10164), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkw763 – link do publikacji

  2. Biochemical and structural bioinformatics studies of fungal CutA nucleotidyltransferases explain their unusual specificity towards CTP and increased tendency for cytidine incorporation at the 3'-terminal positions of synthesized tails

    Autorzy:
    Kobylecki, K., Kuchta, K., Dziembowski, A., Ginalski, K., Tomecki, R.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2017, tom: 23, strony: 1902-1926), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1261/rna.061010.117 – link do publikacji

  3. FAM46 proteins are novel eukaryotic non-canonical poly(A) polymerases

    Autorzy:
    Kuchta, K., Muszewska, A., Knizewski, L., Steczkiewicz, K., Wyrwicz, L.S., Pawlowski, K., Rychlewski, L., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 3534-3548), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkw222 – link do publikacji

  4. Diverse cap-binding properties of Drosophila eIF4E isoforms

    Autorzy:
    Zuberek, J., Kuchta, K., Hermandez, G., Sonenberg, N., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics (rok: 2016, tom: 1864, strony: 1292-1303), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.bbapap.2016.06.015 – link do publikacji

  5. Towards engineering novel PE-based immunotoxins by targeting them to the nucleus

    Autorzy:
    Borowiec, M., Gorzkiewicz, M., Grzesik, J., Walczak-Drzewiecka, A., Salkowska, A., Rodakowska, E., Steczkiewicz, K., Rychlewski, L., Dastych, J., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Toxins (rok: 2016, tom: 8, strony: E321), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/toxins8110321 – link do publikacji

  6. Ssb1 and Ssb2 cooperate to regulate mouse hematopoietic stem and progenitor cells by resolving replicative stress

    Autorzy:
    Shi, W., Vu, T., Boucher, D., Biernacka, A., Nde, J., Pandita, R.K., Straube, J., Boyle, G.M., Al-Ejeh, F., Nag, P., Jeffery, J., Harris, J.L., Bain, A.L., Grzelak, M., Skrzypczak, M., Mitra, A., Dojer, N., Crosetto, N., Cloonan, N., Becherel, O.J., Finnie, J., Skaar, J.R., Walkley, C.R., Pandita, T.K., Rowicka, M., Ginalski, K., Lane, S.W., Khanna, K.K.
    Czasopismo:
    Blood (rok: 2017, tom: 129, strony: 2479-2492), Wydawca: American Society of Hematology
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1182/blood-2016-06-725093 – link do publikacji

  7. Systematic classification of the His-Me finger superfamily

    Autorzy:
    Jablonska, J., Matelska, D., Steczkiewicz, K., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 11479-11494), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkx924 – link do publikacji

  8. Overactive BRCA1 affects presenilin 1 in induced pluripotent stem cell-derived neurons in Alzheimer's disease

    Autorzy:
    Wezyk, M., Szybinska, A., Wojsiat, J., Szczerba, M., Day, K., Ronnholm, H., Kele, M., Berdynski, M., Peplonska, B., Fichna, J.P., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Bojakowski, K., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Wojda, U., Falk, A., Zekanowski, C.
    Czasopismo:
    Journal of Alzheimer's Disease (rok: 2018, tom: 62, strony: 175-202), Wydawca: IOS Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3233/JAD-170830 – link do publikacji

  9. Genome-wide mapping of long-range contacts unveils clustering of DNA double-strand breaks at damaged active genes

    Autorzy:
    Aymard, F., Aguirrebengoa, M., Guillou, E., Javierre, B.M., Bugler, B., Arnould, C., Rocher, V., Iacovoni, J.S., Biernacka, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Rowicka, M., Fraser, P., Legube, G.
    Czasopismo:
    Nature Structural & Molecular Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 353-361), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/nsmb.3387 – link do publikacji

  10. Hypermethylation of TRIM59 and KLF14 influences cell death signaling in familial Alzheimer's disease

    Autorzy:
    Wezyk, M., Spolnicka, M., Pospiech, E., Peplonska, B., Zbiec-Piekarska, R., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Branicki, W., Zekanowski, C.
    Czasopismo:
    Oxidative Medicine and Cellular Longevity (rok: 2018, tom: 2018, strony: 6918797), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1155/2018/6918797 – link do publikacji

  11. Histone H1 variants in Arabidopsis are subject to numerous post-translational modifications, both conserved and previously unknown in histones, suggesting complex functions of H1 in plants

    Autorzy:
    Kotlinski M, Rutowicz K, Knizewski L, Palusinski A, Oledzki J, Fogtman A, Rubel T, Koblowska M, Dadlez M, Ginalski K, Jerzmanowski A
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0147908), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1371/journal.pone.0147908 – link do publikacji

  12. The RNase H-like superfamily: new members, comparative structural analysis and evolutionary classification

    Autorzy:
    Majorek KA, Dunin-Horkawicz S, Steczkiewicz K, Muszewska A, Nowotny M, Ginalski K, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 4160-4179), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkt1414 – link do publikacji

  13. Probabilistic approach to predicting substrate specificity of methyltransferases

    Autorzy:
    Szczepinska T, Kutner J, Kopczynski M, Pawlowski K, Dziembowski A, Kudlicki A, Ginalski K, Rowicka M
    Czasopismo:
    PLoS Computational Biology (rok: 2014, tom: 10, strony: e1003514), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1371/journal.pcbi.1003514 – link do publikacji

  14. Strategies for achieving high sequencing accuracy for low diversity samples and avoiding sample bleeding using Illumina platform

    Autorzy:
    Mitra A, Skrzypczak M, Ginalski K, Rowicka M
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2015, tom: 10, strony: e0120520), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1371/journal.pone.0120520 – link do publikacji

  15. The histone deacetylases sir2 and rpd3 act on ribosomal DNA to control the replication program in budding yeast

    Autorzy:
    Yoshida K, Bacal J, Desmarais D, Padioleau I, Tsaponina O, Chabes A, Pantesco V, Dubois E, Parrinello H, Skrzypczak M, Ginalski K, Lengronne A, Pasero P
    Czasopismo:
    Molecular Cell (rok: 2014, tom: 54, strony: 691-697), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.molcel.2014.04.03 – link do publikacji

  16. Five eIF4E isoforms from Arabidopsis thaliana are characterized by distinct features of cap analogs binding

    Autorzy:
    Kropiwnicka A, Kuchta K, Lukaszewicz M, Kowalska J, Jemielity J, Ginalski K, Darzynkiewicz E, Zuberek J
    Czasopismo:
    Biochemical and Biophysical Research Communications (rok: 2015, tom: 456, strony: 47-52), Wydawca: Academic Press, Elsevier Science
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.bbrc.2014.11.032 – link do publikacji

  17. Nucleotide-resolution DNA double-strand break mapping by next-generation sequencing

    Autorzy:
    Crosetto N, Mitra A, Silva MJ, Bienko M, Dojer N, Wang Q, Karaca E, Chiarle R, Skrzypczak M, Ginalski K, Pasero P, Rowicka M, Dikic I
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2013, tom: 10, strony: 361-365), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/nmeth.2408 – link do publikacji

  18. Phylogeny-based systematization of Arabidopsis proteins with histone H1 globular domain (GH1)

    Autorzy:
    Kotlinski, M., Knizewski, L., Muszewska, A., Rutowicz, K., Lirski, M., Schmidt, A., Baroux, C., Ginalski, K., Jerzmanowski, A.
    Czasopismo:
    Plant Physiology (rok: 2017, tom: 174, strony: 27-34), Wydawca: American Society of Plant Biologists
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1104/pp.16.00214 – link do publikacji

  19. Comprehensive classification of the PIN domain-like superfamily

    Autorzy:
    Matelska, D., Steczkiewicz, K., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 6995-7020), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkx494 – link do publikacji

  20. Identification of a novel human mitochondrial endo-/exonuclease Ddk1/c20orf72 necessary for maintenance of proper 7S DNA levels

    Autorzy:
    Szczesny RJ, Hejnowicz MS, Steczkiewicz K, Muszewska A, Borowski LS, Ginalski K, Dziembowski A
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2013, tom: 41, strony: 3144-3161), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkt029 – link do publikacji

  21. A specialized histone H1 variant is required for adaptive responses to complex abiotic stress and related DNA methylation in Arabidopsis

    Autorzy:
    Rutowicz K, Puzio M, Halibart-Puzio J, Lirski M, Kotlinski M, Kroten MA, Knizewski L, Lange B, Muszewska A, Sniegowska-Swierk K, Koscielniak J, Iwanicka-Nowicka R, Buza K, Janowiak F, Zmuda K, Joesaar I, Laskowska-Kaszub K, Fogtman A, Kollist H, Zielenkiewicz P, Tiuryn J, Siedlecki P, Swiezewski S, Ginalski K, Koblowska M, Archacki R, Wilczynski B, Rapacz M, Jerzmanowski A
    Czasopismo:
    Plant Physiology (rok: 2015, tom: 169, strony: 2080-2101), Wydawca: American Society of Plant Biologists
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1104/pp.15.00493 – link do publikacji

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski