Projekty finansowane przez NCN
Badanie własności konformacyjnych i termodynamicznych ludzkiego rybosomalnego miejsca A i jego oddziaływań z antybiotykami aminoglikozydowymi z wykorzystaniem metod modelowania molekularnego.
2011/01/N/NZ1/01558
Słowa kluczowe:
antybiotyki aminoglikozydowe własności fizykochemiczne RNA modelowanie biomolekularne biofizyka teoretyczna
Deskryptory:
- NZ1_1: Biologia molekularna
- NZ1_3: Biofizyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego
woj. mazowieckie
Konkurs: PRELUDIUM 1 - ogłoszony 2011-03-15
Przyznana kwota: 57 750 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2011-12-06
Zakończenie projektu: 2014-01-05
Planowany czas trwania projektu: 25 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- komputer przenośny. Za kwotę 2 730 PLN
- wielordzeniowa stacja robocza. Za kwotę 4 600 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
- Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation StudyAutorzy:Joanna Panecka, Marek Havrila, Kamila Réblová, Jiri Šponer, Joanna TrylskaCzasopismo:Journal of Physical Chemistry B (rok: 2014, tom: 118, strony: 6687-6701), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/jp5030685 - link do publikacji
- Conformational dynamics of bacterial and human cytoplasmic models of the ribosomal A-siteAutorzy:Joanna Panecka, Jiří Šponer, Joanna TrylskaCzasopismo:Biochimie (rok: 2015, tom: 112, strony: 96-110), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.biochi.2015.02.021 - link do publikacji
- Interplay of the Bacterial Ribosomal A-Site, S12 Protein Mutations and Paromomycin Binding: A Molecular Dynamics StudyAutorzy:Joanna Panecka, Cameron Mura, Joanna TrylskaCzasopismo:PLOS ONE (rok: 2014, tom: 9, strony: e111811), Wydawca: Public Library of ScienceStatus:OpublikowanaDoi:10.1371/journal.pone.0111811 - link do publikacji
- Molecular Dynamics Techniques in the Studies of the Bacterial RibosomeAutorzy:Joanna Panecka, Joanna TrylskaKonferencja:Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC-2012) (rok: 2012, ), Wydawca: AIP Publishing LLCData:konferencja 2-7.09.2012Status:Opublikowana